Mmea/mnyama mzima wa genome
Huduma za huduma
● Maandalizi ya maktaba yanaweza kuwa ya kawaida au ya PCR
● Inapatikana katika majukwaa 4 ya mpangilio: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, au Pacbio Revio.
● Uchambuzi wa bioinformatic ulilenga ugunduzi wa anuwai: SNP, INDEL, SV na CNV
Faida za huduma
●Utaalam wa kina na rekodi za uchapishaji: Uzoefu uliokusanywa katika mpangilio wa genome kwa spishi zaidi ya 1000 umesababisha kesi zaidi ya 1000 zilizochapishwa na sababu ya athari ya zaidi ya 5000.
●Uchambuzi kamili wa bioinformatics: Pamoja na tofauti ya wito na maelezo ya kazi.
● Msaada wa baada ya mauzo:Kujitolea kwetu kunaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi na kipindi cha huduma ya baada ya miezi 3. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, msaada wa utatuzi, na vikao vya Q&A kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
●Maelezo kamili: Tunatumia hifadhidata nyingi kufafanua jeni na tofauti zilizoainishwa na kufanya uchambuzi wa uboreshaji unaofanana, kutoa ufahamu juu ya miradi mingi ya utafiti.
Uainishaji wa huduma
| Lahaja kutambuliwa | Mkakati wa mpangilio | Kina kilichopendekezwa |
| SNP na INDEL | Illumina Novaseq PE150 au MGI T7 | 10x |
| SV na CNV (sio sahihi) | 30x | |
| SV na CNV (sahihi zaidi) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV na CNV | Pacbio Revio | 10x |
Mahitaji ya mfano
| Tishu au asidi ya kiini iliyotolewa | Illumina/MGI | Nanopore | Pacbio
| ||
| Viscera ya wanyama | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Misuli ya wanyama | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Damu ya mamalia | 1.5 ml | ≥ 0.5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Kuku/damu ya samaki | ≥ 0.1 ml
| ≥ 0.5 ml
| |||
| Mimea-jani safi | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Seli zilizoinuliwa |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Wadudu tishu laini/mtu binafsi | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNA iliyotolewa
| Mkusanyiko: ≥ 1 ng/ µl Kiasi: ≥ 30 ng Uharibifu mdogo au hakuna
| Ukolezi Kiasi
OD260/280
OD260/230
Uharibifu mdogo au hakuna
| ≥ 40 ng/ µl 4 µg/seli ya mtiririko/sampuli
1.7-2.2
≥1.5 | Ukolezi Kiasi
OD260/280
OD260/230
Uharibifu mdogo au hakuna | ≥ 50 ng/ µl 10 µg/mtiririko wa seli/sampuli
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Maandalizi ya maktaba ya bure ya PCR: Mkusanyiko wa 40 ng/ µl Kiasi chenye 500 ng | |||||
Mtiririko wa kazi ya huduma
Uwasilishaji wa mfano
Uchimbaji wa DNA
Ujenzi wa maktaba
Mpangilio
Uchambuzi wa data
Utoaji wa data
Ni pamoja na uchambuzi ufuatao:
- Udhibiti wa ubora wa data mbichi
- Takwimu za alignment kwa kumbukumbu ya genome
- Kitambulisho cha lahaja: SNP, INDEL, SV na CNV
- Kazi ya ufafanuzi wa anuwai
Takwimu za Alignment kwa Rejea genome - Utaratibu wa usambazaji wa kina
SNP kupiga simu kati ya sampuli nyingi
Kitambulisho cha INDEL-Takwimu za urefu wa indel katika mkoa wa CDS na mkoa wa genome
Usambazaji tofauti katika genome - njama ya circOS
Utumiaji wa kazi ya jeni na anuwai zilizotambuliwa - gene ontology
Chai, Q. et al. . 433. Doi: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. et al. . Doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. . Doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. . Doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
