Mmea/wanyama de novo genome mpangilio
De novoUtaratibu unahusu ujenzi wa genome la spishi kwa kutumia teknolojia za mpangilio kwa kukosekana kwa genome la kumbukumbu. Utangulizi na kupitishwa kwa mpangilio wa kizazi cha tatu, ulio na usomaji mrefu zaidi, umeongeza sana mkutano wa genome kwa kuongeza mwingiliano kati ya usomaji. Uimarishaji huu ni muhimu sana wakati wa kushughulika na genomes ngumu, kama ile inayoonyesha heterozygosity kubwa, uwiano mkubwa wa mikoa inayorudiwa, polyploids, na mikoa iliyo na vitu vya kurudia, yaliyomo ya GC, au ugumu wa hali ya juu ambao kawaida hukusanyika kwa kutumia njia fupi zilizosomwa kwa muda mfupi peke yake.
Suluhisho letu la kusimamisha moja hutoa huduma za mpangilio wa pamoja na uchambuzi wa bioinformatic ambao hutoa genome ya hali ya juu iliyokusanyika. Uchunguzi wa awali wa genome na Illumina hutoa makadirio ya ukubwa wa genome na ugumu, na habari hii hutumiwa kuongoza hatua inayofuata ya mpangilio wa kusoma kwa muda mrefu na Pacbio Hifi, ikifuatiwa nade novoMkutano wa Contigs. Matumizi ya baadaye ya mkutano wa HIC huwezesha kushikilia kwa contigs kwenye genome, kupata mkutano wa kiwango cha chromosome. Mwishowe, genome hiyo inafafanuliwa na utabiri wa jeni na kwa mpangilio wa jeni ulioonyeshwa, unaamua maandishi na usomaji mfupi na mrefu.
Huduma za huduma
● Ujumuishaji wa huduma nyingi na huduma za bioinformatic katika suluhisho la kuacha moja:
Uchunguzi wa genome na Illumina kukadiria ukubwa wa genome na mwongozo wa hatua za baadaye;
Soma kwa muda mrefude novoMkutano wa Contigs;
Utaratibu wa Hi-C kwa nanga ya chromosome;
mpangilio wa mRNA kwa ufafanuzi wa jeni;
Uthibitisho wa mkutano.
● Huduma inayofaa kwa genomes ya riwaya au uboreshaji wa genomes zilizopo za kumbukumbu kwa spishi za kupendeza.
Faida za huduma
Maendeleo ya majukwaa ya mpangilio na bioinformatics katikade novoMkutano wa genome
(Amarasinghe Sl et al.,Biolojia ya genome, 2020)
●Utaalam wa kina na rekodi ya uchapishaji: BMKGENE imekusanya uzoefu mkubwa katika mkutano wa hali ya juu wa aina tofauti, pamoja na genomes ya diploid na genomes ngumu sana ya aina ya polyploid na allopolyploid. Tangu 2018, tumechangia zaidiMachapisho 300 yenye athari kubwa, na 20+ kati yao yamechapishwa katika maumbile ya maumbile.
● Suluhisho la kuacha moja: Njia yetu iliyojumuishwa inachanganya teknolojia nyingi za mpangilio na uchambuzi wa bioinformatic kuwa kazi ya kushikamana, ikitoa genome iliyokusanyika ya hali ya juu.
●Iliyoundwa na mahitaji yako: Utiririshaji wetu wa huduma ni wa kawaida, kuruhusu kukabiliana na genomes zilizo na huduma tofauti na mahitaji maalum ya utafiti. Hii ni pamoja na kubeba genomes kubwa, genomes ya polyploid, genomes ya heterozygous, na zaidi.
●Timu ya bioinformatics yenye ustadi na maabara: Pamoja na uzoefu mzuri katika majaribio ya majaribio na bioinformatics ya makusanyiko tata ya genome na safu ya ruhusu na hakimiliki za programu.
●Msaada wa baada ya mauzo:Kujitolea kwetu kunaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi na kipindi cha huduma ya baada ya miezi 3. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, msaada wa utatuzi, na vikao vya Q&A kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
Uainishaji wa huduma
| Utafiti wa Genome | Mkutano wa genome | Kiwango cha chromosome | Maelezo ya genome |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x Pacbio CCS Hifi anasoma | 100x Hi-C | RNA-Seq Illumina PE150 10 GB + (Hiari) Urefu kamili RNA-seq pacbio 40 GB au Nanopore 12 GB |
Mahitaji ya huduma
Kwa Utafiti wa Genome, Mkutano wa Genome na Mkutano wa Hi-C:
| Tishu au asidi ya kiini iliyotolewa | Utafiti wa Genome | Mkutano wa Genome na Pacbio | HI-C ASSEMBLY |
| Viscera ya wanyama | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Misuli ya wanyama | ≥ 5 g | ||
| Damu ya mamalia | 1.5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Kuku/damu ya samaki | ≥ 0.5 ml | ||
| Mimea-jani safi | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Seli zilizoinuliwa |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Wadudu | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| DNA iliyotolewa | Mkusanyiko: ≥1 ng/ µl Kiasi ≥ 30 ng Uharibifu mdogo au hakuna | Mkusanyiko: ≥ 50 ng/ µl Kiasi: 10 µg/seli ya mtiririko/sampuli OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 Uharibifu mdogo au hakuna |
-
|
Kwa maelezo ya genome na transcripttomics:
| Tishu au asidi ya kiini iliyotolewa | Illumina Transcriptome | Nakala ya Pacbio | Nanopore Transcriptome |
| Mmea- mzizi/shina/petal | 450 mg | 600 mg | |
| Mmea - jani/mbegu | 300 mg | 300 mg | |
| Mmea - matunda | 1.2 g | 1.2 g | |
| Moyo wa wanyama/utumbo | 300 mg | 300 mg | |
| Viscera ya wanyama/ubongo | 240 mg | 240 mg | |
| Misuli ya wanyama | 450 mg | 450 mg | |
| Mifupa ya wanyama/nywele/ngozi | 1 g | 1 g | |
| Arthropod - wadudu | 6 | 6 | |
| Arthropod -crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Damu nzima | 1 Tube | 1 Tube | |
| Kutolewa RNA | Mkusanyiko: ≥ 20 ng/ µl Kiasi ≥ 0.3 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Rin≥ 6 5≥28s/18s≥1 | Mkusanyiko: ≥ 100 ng/ µl Kiasi ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Rin≥ 8 5≥28s/18s≥1 | Mkusanyiko: ≥ 100 ng/ µl Kiasi ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Rin≥ 7.5 5≥28s/18s≥1 |
Uwasilishaji wa mfano uliopendekezwa
Chombo: 2 ml centrifuge tube (foil ya bati haifai)
(Kwa sampuli nyingi, tunapendekeza usihifadhi katika ethanol.)
Uandishi wa sampuli: Sampuli lazima ziwe na alama wazi na zinafanana na fomu ya habari ya sampuli iliyowasilishwa.
Usafirishaji: Ice-Ice: Sampuli zinahitaji kubeba katika mifuko ya kwanza na kuzikwa katika barafu kavu.
Mtiririko wa kazi
Mtiririko wa kazi ya huduma
Ubunifu wa majaribio
Uwasilishaji wa mfano
Uchimbaji wa DNA
Ujenzi wa maktaba
Mpangilio
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
Uchambuzi kamili wa bioinformatic, uliotengwa katika hatua 4:
1) Uchunguzi wa genome, kulingana na uchambuzi wa K-Mer na NGS inasoma:
Makadirio ya saizi ya genome
Makadirio ya heterozygosity
Makisio ya mikoa inayorudiwa
2) Mkutano wa Genome na Pacbio Hifi:
De novomkutano
Tathmini ya Bunge: pamoja na Uchambuzi wa Busco kwa ukamilifu wa genome na uchoraji wa ramani nyuma ya NGS na Pacbio Hifi anasoma
3) Mkutano wa Hi-C:
Hi-C Library QC: Makadirio ya mwingiliano halali wa Hi-C
Mkutano wa Hi-C: Kuunganisha kwa Contigs katika Vikundi, ikifuatiwa na kuagiza kwa Contig ndani ya kila kikundi na kugawa mwelekeo wa Contig
Tathmini ya Hi-C
4) Maelezo ya genome:
Utabiri usio na rekodi wa RNA
Utaftaji wa Utaratibu wa Kurudia (Transposons na Tandem hurudia)
Utabiri wa Gene
§De novo: algorithms ya ab
§ Kulingana na Homology
§ Kulingana na maandishi, na usomaji mrefu na mfupi: inasomwa nide novowamekusanyika au kuorodheshwa kwenye rasimu ya genome
§ Maelezo ya jeni zilizotabiriwa na hifadhidata nyingi
1) Uchunguzi wa genome- uchambuzi wa k-mer
2) Mkutano wa genome
2) Mkutano wa Genome - Pacbio Hifi anasoma ramani kwenye mkutano wa rasimu
2) Mkutano wa Hi-C-Makadirio ya jozi halali za mwingiliano
3) Tathmini ya HI-C baada ya mkutano
4) Maelezo ya genome - ujumuishaji wa jeni zilizotabiriwa
4) Maelezo ya genome - Utabiri wa jeni uliotabiriwa
Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za mkutano wa BMKGENE's De Novo Genome kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyokadiriwa:
Li, C. et al. . Doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. . Doi: 10.1093/molbev/msad006.
Tian, T. et al. . Doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. . Doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Masomo ya changamoto:
Mkutano wa Telomere-to-Telomere:Fu, A. et al. . Doi: 10.1093/hr/uhac228.
Mkutano wa haplotype:Hu, W. et al. . Doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Mkutano mkubwa wa genome:Yuan, J. et al. . Doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Mkutano wa genome wa polyploid:Zhang, Q. et al. . Doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
