Mipangilio ya mRNA isiyo ya Marejeleo-NGS
Vipengele
● Kunasa poly mRNA kabla ya kutayarisha maktaba
● Haijalishi jenomu yoyote ya marejeleo: kulingana na mkusanyiko wa de novo wa manukuu, inayozalisha orodha ya unijeni ambazo zimebainishwa na hifadhidata nyingi (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Uchanganuzi wa kina wa kibayolojia wa usemi wa jeni na muundo wa nakala
Faida za Huduma
●Utaalamu wa Kina: yenye rekodi ya kuchakata zaidi ya sampuli 600,000 kwenye BMKGENE, inayojumuisha aina mbalimbali za sampuli kama vile tamaduni za seli, tishu na vimiminiko vya mwili, timu yetu huleta uzoefu mwingi kwa kila mradi. Tumefaulu kufunga zaidi ya miradi 100,000 ya mRNA-Seq katika nyanja mbalimbali za utafiti.
●Udhibiti Madhubuti wa Ubora: tunatekeleza vipengele vya udhibiti katika hatua zote, kuanzia sampuli na utayarishaji wa maktaba hadi upangaji na maelezo ya kibiolojia. Ufuatiliaji huu wa kina huhakikisha utoaji wa matokeo ya ubora wa juu kila wakati.
● Ufafanuzi wa Kina: tunatumia hifadhidata nyingi ili kufafanua kiutendaji Jeni Zilizoonyeshwa kwa Tofauti (DEGs) na kufanya uchanganuzi unaolingana wa uboreshaji, kutoa maarifa juu ya michakato ya seli na molekuli msingi wa majibu ya nakala.
●Usaidizi wa Baada ya Mauzo: Ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha huduma cha miezi 3 baada ya kuuza. Katika wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
| Maktaba | Mkakati wa mpangilio | Data iliyopendekezwa | Udhibiti wa Ubora |
| Poly A iliyoboreshwa | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Mahitaji ya Sampuli:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Kiasi (μg) | Usafi | Uadilifu |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Uchafuzi wa protini au DNA umepunguzwa au haujaonyeshwa kwenye jeli. | Kwa mimea: RIN≥4.0; Kwa wanyama: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; mwinuko mdogo au hakuna msingi |
● Mimea:
Mizizi, shina au petal: 450 mg
Majani au Mbegu: 300 mg
Matunda: 1.2 g
● Mnyama:
Moyo au utumbo: 300 mg
Viscera au Ubongo: 240 mg
Misuli: 450 mg
Mifupa, Nywele au Ngozi: 1g
● Arthropoda:
Wadudu: 6g
Crustacea: 300 mg
● Damu nzima: bomba 1
● Seli: 106 seli
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Chombo: 2 ml centrifuge tube (bati foil haifai)
Sampuli ya kuweka lebo: Kundi+ kunakili mfano A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Usafirishaji:
1. Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kuingizwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.
2. Mirija ya RNAstable: Sampuli za RNA zinaweza kukaushwa kwenye mirija ya kusawazisha ya RNA (km RNAstable®) na kusafirishwa kwenye joto la kawaida.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Muundo wa majaribio
Utoaji wa sampuli
Uchimbaji wa RNA
Ujenzi wa maktaba
Kufuatana
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
Bioinformatics
Mkutano wa nakala na uteuzi wa unigene
Ufafanuzi usio wa kawaida
Sampuli ya uwiano na tathmini ya nakala za kibiolojia
Jeni Zilizoonyeshwa kwa Tofauti (DEGs)
Ufafanuzi wa Utendaji wa DEGs
Uboreshaji wa Kitendaji wa DEGs
Gundua maendeleo yanayowezeshwa na huduma za mpangilio wa mpangilio wa yukariyoti ya BMKGene NGS mRNA kupitia mkusanyiko ulioratibiwa wa machapisho.
Shen, F. na wengine. (2020) 'Mkusanyiko wa maandishi ya De novo na usemi wa jeni unaopendelea ngono katika gonadi za kambare wa Amur (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), uk. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Uchambuzi wa nakala ya kimetaboliki ya sucrose wakati wa uvimbe wa balbu na ukuzaji wa kitunguu (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7(Septemba), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'De novo assembly, characterization and annotation for the transcriptome of Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Uchanganuzi wa nakala ya De novo hutoa maarifa kuhusu ustahimilivu wa chumvi ya Podocarpus macrophyllus chini ya mkazo wa chumvi', BMC Plant Biology, 21(1), uk. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
