mRNA-seq (NGS) na genome ya kumbukumbu

mRNA-seq (NGS) na genome ya kumbukumbu

RNA-seq ni zana ya kawaida katika maisha na sayansi ya mazao, kufunga pengo kati ya genomes na proteni. Nguvu yake iko katika kugundua maandishi mapya na kuainisha usemi wao katika assay moja. Inatumika sana kwa masomo ya kulinganisha ya maandishi, kutoa mwanga juu ya jeni zinazohusiana na sifa au phenotypes, kama kulinganisha mutants na aina ya mwitu au kufunua usemi wa jeni chini ya hali maalum. BMKCloud mRNA (Rejea) APP inajumuisha ufafanuzi wa usemi, uchambuzi wa kujieleza tofauti (DEG), na muundo wa mlolongo unachambua ndani ya bomba la mRNA-seq (NGS) na hujumuisha nguvu za programu inayofanana, kuhakikisha urahisi na urafiki wa watumiaji. Watumiaji wanaweza kupakia data yao ya RNA-seq kwenye wingu, ambapo programu hutoa suluhisho kamili, la kusimamisha bioinformatic. Kwa kuongeza, inaweka kipaumbele uzoefu wa wateja, kutoa shughuli za kibinafsi zinazolingana na mahitaji maalum ya watumiaji. Watumiaji wanaweza kuweka vigezo na kuwasilisha utume wa bomba peke yao, angalia ripoti inayoingiliana, angalia data/michoro na madini kamili ya data, kama vile: uteuzi wa jeni unaolenga, nguzo za kazi, mchoro, nk.

Matokeo ya Demo

Uchimbaji wa data

Mahitaji ya kuagiza

Uchambuzi kuu

Kumbukumbu

Matokeo ya Demo

Uchimbaji wa data

Mahitaji ya kuagiza

Jukwaa:Illumina, MGI
Mkakati:RNA-Seq
Mpangilio: Paried, safi-data.
Aina ya Maktaba:FR-isiyo na maana, Fr-Firststrand au Fr-Secondstrand
Soma Urefu:150 bp
Aina ya faili:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz au *.fq.gz. Mfumo utafanyaPanga kiotomatiki faili za .fastq kulingana na majina ya faili ya thier,eg *_1.fastq iliyowekwa na *._ 2.fastq.
Idadi ya sampuli:Hakuna vizuizi kwa nambariya sampuli, lakini wakati wa uchambuzi utaongezeka kadiri idadi yaSampuli hukua.
Kiasi cha data kilichopendekezwa:6g kwa sampuli

Uchambuzi kuu

Uchambuzi kuu na zana za bioinformatic za mRNA-seq (kumbukumbu)Bomba ni kama ifuatavyo:

1. Udhibiti wa ubora wa Rawdata:

• Kuondolewa kwa mlolongo wa hali ya chini, mlolongo wa adapta,nk;

• Vyombo: Bomba la ndani la nyumba;

2. Ulinganisho wa data kwa genome ya kumbukumbu:

• Kupatanisha kusoma na algorithm inayojua splice dhidi yaRejea genome.

• Zana:Hisat2, Samtools

3. Uchambuzi wa ubora wa maktaba:

• Ingiza uchambuzi wa urefu, uchambuzi wa kueneza mpangilio, nk;

• Zana:Samtools;

4. Mchanganuo wa muundo wa muundo:

• Uchambuzi mbadala wa splicing, muundo wa muundo wa jeni,utabiri wa jeni wa riwaya, nk;

• Zana:Stringtie, gffcompare, Gatk.Almasi, Interproscan, naHmmer.

5. Uchambuzi wa kujieleza tofauti:

• Uchunguzi wa DEG, uchambuzi wa uhusiano wa pamoja, kaziutajiri;

•Matokeo anuwai ya kuona;

•RnaSegseq, DESEQ2, ggplot2, Dexseq

Kumbukumbu

1. Kim, Daehwan et al. "Marekebisho ya genome ya msingi wa graph nagenotyping na Hisat2 na Hisat-genotype. "AsiliBaiolojia37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. "Zana ya Uchambuzi wa Genome: aMfumo wa Ramani ya kuchambua DNA ya kizazi kijachoKuweka data. "Utafiti wa genome20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. "Mlolongo wa mpangilio/muundo wa ramani naSamtools. "Bioinformatics25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea, Mihaela et al. "Stringtie inawezesha kuboreshwaUrekebishaji upya wa maandishi kutoka kwa RNA-seq inasomeka. "AsiliBaiolojia33 (2015): 290-295.

5. Upendo, Michael I. et al. "Makadirio ya wastani ya mabadiliko ya mara naUtawanyiko wa data ya RNA-seq na DESEQ2. "GenomeBaiolojia15 (2014): n. pag.

6. Eddy, Sean r .. "Utaftaji wa Profaili wa Haraka wa HMM."Plos Baiolojia ya computational7 (2011): n. pag.

mRNA-seq (NGS) na genome ya kumbukumbu

mRNA-seq (NGS) na genome ya kumbukumbu

Pata nukuu

Tuma ujumbe wako kwetu: