Mageuzi ya genome
PNA
Asili ya Mageuzi na Historia ya Homestication ya Goldfish (Carassius auratus)
Pacbio | Illumina | Ramani ya Bionano genome | Hi-C genome Assembly | Ramani ya maumbile | GWAS | RNA-Seq
Mambo muhimu
1.Goldfish genome ilisasishwa na toleo la juu la mkutano, nanga 95.75% ya contigs ndani ya pseudochromosomes 50 (Scaffold N50 = 31.84 MB). Subgenomes mbili zilitengwa.
Mikoa 2.GENOMIC ya kufagia kwa kuchagua wakati wa kutengwa iligunduliwa kutoka kwa data ya watu 201, kufunua zaidi ya aina 390 za mgombea ambazo zinaweza kuhusishwa na sifa za nyumbani.
3.Gwas kwenye faini ya dorsal katika samaki wa dhahabu wa nyumbani ilifunua jeni 378 za mgombea ambazo zinaweza kuhusishwa. Mwandishi wa tyrosine-protini kinase alitambuliwa kama gene la mgombea anayehusishwa na uwazi
Asili
Goldfish (Carassius auratus) ni moja ya samaki muhimu zaidi wa kilimo, ambao walitengwa kutoka kwa Crucian Carp huko China ya zamani. Walitolewa maoni na Charles Darwin kama "kupita juu ya utofauti wa rangi, tunakutana na marekebisho ya ajabu zaidi ya muundo". Vipengele tofauti sana na historia ndefu ya kutengenezea na kuzaliana hufanya samaki wa dhahabu kuwa mfumo bora wa maumbile kwa fiziolojia ya samaki na mageuzi.
Mafanikio
Goldfish genome
JUchambuzi wa OINT wa data ya Pacbio na Illumina jozi-mwisho inatoa mkutano wa kwanza wa rasimu ya 1.657 g (Contig N50 = 474 kb). Ramani ya macho ya Bionano ilitolewa na kusahihishwa kusanyiko kuwa 1.73 GB kwa ukubwa (saizi ya wastani ya genome: 1.8 GB). Mkutano wa msingi wa Hi-C uliboresha zaidi Scaffold N50 kutoka 606 kb hadi 31.84 MB na kufanikiwa 95.75% (1.65 GB) iliyoelekezwa na kuamuru kiwango cha nanga. Genome inajumuisha jeni 56,251 za kuweka alama na nakala 10,098 zisizo na maandishi. Kwa kuongezea, mikoa 38 ya centromeric inayoweza kutabiriwa kati ya chromosomes 50.
Mtini.1 Genome ya Samaki ya Dhahabu
TSeti za wazi za subgenomes ziligunduliwa katika chromosomes 50 za dhahabu ambazo zilitokana na tukio la zamani la mseto. Seti ya chromosomes zilizo na idadi kubwa ya usomaji uliowekwa kati ya Goldfish na Barbinae zilifafanuliwa kama subgenome A (Chra01 ~ A25), yaani subgenome kawaida kwa Barbinae, na mabaki kama subgenome B (CHRB01 ~ B25).
Uwezo wa nyumbani na sweep za kuchagua
AJumla ya carps za aina 16 za mwituni na anuwai ya mwakilishi wa dhahabu 185 zilikuwa za kawaida na wastani wa mpangilio wa takriban 12.5x, ikitoa data 4.3 za data. Ujenzi wa phylogenetic na uchambuzi wa PCA ulithibitisha uhusiano wa karibu kati ya samaki wa kawaida wa samaki na carp ya crucian kuliko samaki wengine wa dhahabu, ambao mwisho umegawanywa katika safu mbili.
LD Uchambuzi wa kuoza juu ya subpopulations nne uliunga mkono uwepo wa chupa ya maumbile ya idadi ya watu wakati wa utengenezaji wa nyumba na uteuzi mkubwa wa bandia katika Goldfish. Kuongeza utofauti wa maumbile (π) kutoka kwa carp ya crucian hadi samaki wa kawaida wa dhahabu zaidi kwa samaki wa dhahabu na samaki wa dhahabu walionyesha mkusanyiko mkubwa wa tofauti za maumbile wakati wa kutengwa kwao. Mikoa 50 ya kuchagua ya kufagia genomic inayofunika 25.2 MB na jeni 946 ziligunduliwa kutoka kwa data ya mwakilishi (33 Goldfish na 16 Crucian crap). Kupanua uchambuzi kwa watu 201, jeni 393 zilionyesha mikoa ya kufagia kamili. Jeni hizi zilipatikana za utofauti wa chini, ambazo zinaweza kuchangiwa kwa phenotypes zinazohusiana na sifa kuu za nyumbani katika dhahabu.
Mchoro.3 Uchambuzi unaohusiana na umoja wa genome
GWAS juu ya samaki wa dhahabu wa nyumbani
DFin ya Orsal ni sehemu muhimu hutofautisha wen dhahabu kutoka kwa samaki wa dhahabu. GWAS ya dorsal Fin kwenye 96 Wen Goldfish na Goldfish yai 87 ilifunua jeni 378 za mgombea zilizoenea katika chromosomes 13 na usambazaji usio sawa wa jeni hizi kati ya subgenomes ulizingatiwa. Mchanganuo wa kazi juu ya jeni hizi za mgombea zilionyesha michakato ya kibaolojia ikiwa ni pamoja na "saini ya seli ya seli", "usafirishaji wa transmembrane", "maendeleo ya mfumo wa mifupa", nk.
Mtini.4 GWAS ya dorsal faini kwenye samaki wa dhahabu wa nyumbani
IN GWAS ya sifa zinazohusiana na uwazi, kilele kimoja cha ushirika kiligunduliwa. Jeni inayojumuisha receptor ya tyrosine-protini kinase iligunduliwa katika moja ya mikoa ya wagombea.
Mtini.5 GWAS ya sifa zinazohusiana na kiwango
Kumbukumbu
CHen D et al. Asili ya mabadiliko na historia ya nyumba ya samaki wa dhahabu (Carassius auratus). PNA (2020)
Habari inakusudia kushiriki kesi za hivi karibuni zilizofanikiwa na teknolojia za biomarker, kukamata mafanikio ya kisayansi na mbinu maarufu zinazotumika wakati wa utafiti.
Wakati wa chapisho: Jan-04-2022