Genomics ya kibinadamu
genetics ya asili
Utaratibu wa kusoma kwa muda mrefu unaainisha upanuzi wa kurudia wa GGC katika Notch2NLC inayohusishwa na ugonjwa wa kuingizwa kwa neuronal ya nyuklia
ONT RESEQUENTION | Illumina | Utaratibu kamili wa | CRISPR-CAS9 ONT inayolenga mpangilio | RNA-Seq | ONT 5MC methylation wito
Mambo muhimu
Uchambuzi wa uhusiano wa 1.By juu ya familia kubwa ya NIID, mikoa miwili iliyounganishwa iligunduliwa.
Utaratibu wa kusoma kwa muda mrefu uliosomwa kwa muda mrefu na mpangilio wa upatanishi wa CAS-9 uligundua sababu ya maumbile ya NIID, upanuzi wa kurudia wa GGC katika 5 ′ UTR ya Notch2NLC. Utafiti huu uliripoti upanuzi wa kurudia katika jeni maalum za kibinadamu kwa mara ya kwanza ambayo ilibadilika kupitia nakala za sehemu.
Utaratibu wa 3.RNA ulifunua maandishi ya kawaida ya antisense mwanzoni au ndani ya GGC kurudia mikoa ya upanuzi katika Notch2nlc.
Asili
NUgonjwa wa ujumuishaji wa intranuclear ya Euronal (NIID) ni ugonjwa unaoendelea na mbaya wa neurodegenerative, ambao unaonyeshwa na uwepo wa eosinophilic hyaline intranuclear inclusions katika mifumo ya kati na ya pembeni. Udhihirisho wake wa kliniki unaobadilika sana huongeza ugumu mkubwa katika utambuzi hadi kuanzishwa kwa biopsy ya ngozi. Walakini, njia za msingi wa histopathology bado zinaugua ugonjwa mbaya, ambayo inataka uelewa wa maumbile ya NIID.
Mafanikio
Uchambuzi wa uhusiano
SUtaratibu wa kusoma kwa msingi wa Hort-Soma Msingi wote (WGS) na mpangilio kamili wa (WES) ulifanywa kwa familia kubwa ya NIID (13 walioathirika na washiriki 7 ambao hawakuathiriwa). Uchambuzi wa uhusiano juu ya SNPs zilizotolewa kutoka kwa data hizi zilifunua mikoa miwili tu iliyounganishwa: mkoa wa 3.5 MB kwa 1p36.31-p36.22 (kiwango cha juu cha LOD = 2.32) na mkoa wa 58.1 MB saa 1p22.1-Q21.3 (kiwango cha juu cha LOD: 4.21 ). Walakini, hakuna SNPs za pathogenic au CNV zilizotambuliwa katika maeneo haya yaliyounganishwa.
GGC kurudia upanuzi katika notch2nlc
NUtaratibu wa msingi wa Anopore ulishughulikiwa kwa washiriki 13 walioathirika na 4 ambao hawakuathiriwa kutoka kwa familia 8 (mwanachama mwingine aliyeathirika alifuatwa na jukwaa la mpangilio wa Pacbio Long Read.). Takwimu zilizosomwa kwa muda mrefu zilifunua ugonjwa unaohusiana na GGC unaohusiana na upanuzi wa 5 ′ UTR ya ramani ya jeni ya Notch2NLC hadi mkoa uliounganishwa wa 58.1 MB (Kielelezo 1). Matangazo haya ya kurudia pia yaligunduliwa katika kesi zote 40 za Sporadic NIID zilizopimwa na RP-PCR.
CMpangilio wa lengo la AS-9 kwenye jukwaa la Nanopore uliajiriwa kufikia chanjo ya juu ya kusoma juu ya kurudiwa kwa Notch2NLC (100 x-1,795 x). Utaratibu huu wa makubaliano ulikubaliana vizuri na matokeo ya zamani juu ya upanuzi wa kurudia wa GGC. Kwa kuongezea, {(GGA) n (GGC) n} n kurudia ziligunduliwa kama alama ya maumbile kwa phenotype ya udhaifu (Kielelezo 2).
Kielelezo 1. Ugonjwa unaohusiana na upanuzi wa kurudia unaotambuliwa kwenye exon 1 ya isoforms ya Notch2NLC.
Kielelezo 2. Utaratibu wa makubaliano ya kurudia kwa NPTCH2NLC kwa wagonjwa wa NIID na (*) au bila udhaifu mkubwa wa phenotype
NJeni za OTCH2NL ni aina maalum ya kibinadamu, ambayo inaaminika kuchukua jukumu muhimu katika mageuzi ya ubongo wa binadamu na magonjwa ya neva. Walakini, jeni tatu zinazohusiana na Notch2 (notch2nla, notch2nlb na notch2nlc) na> kitambulisho cha mlolongo wa 99.1% hakijatatuliwa hadi mkutano wa hivi karibuni wa mwanadamu. Utaratibu wa bure na wa kusoma kwa muda mrefu kwenye jukwaa la nanopore umeonyesha faida kubwa katika kutatua mikoa ya kufanana sana na (GGC) n inarudia na 100% GC-tajiri.
GGC kurudia upanuzi katika notch2nlc
TUtaratibu wa Ranscriptome ulisindika kwa washiriki 2 walioathirika na 2 ambao hawakuathiriwa. Kina cha kusoma cha kawaida kilihesabiwa kwa maana na kamba za antisense katika mitihani ya kwanza ya paralogs za Notch2NL. Nakala zisizo za kawaida za kupambana na hisia zilipatikana tu katika kesi zilizoathirika, ambazo hukaa mwanzoni au ndani ya mkoa wa upanuzi wa kurudia (Peaks zambarau katika F1-14 na F1-16 kwenye Kielelezo 3.). Kwa kuongezea, DEG 54 ziligunduliwa na zote zilijazwa katika GO na masharti ya MPO yanayohusiana na kazi za neuronal.
Kielelezo 3. Kurekebishwa kwa kina cha juu cha juu cha exon ya kwanza ya notch2nlc katika kesi ambazo hazikuathiriwa (hapo juu) na zilizoathiriwa (chini).
Teknolojia
Teghnologies ya Oxford Nanopore (ONT)
NUtaratibu wa Anopore hujitofautisha na majukwaa mengine ya mpangilio, kwa kuwa nuksi zinasomwa moja kwa moja bila mchakato wa awali wa DNA. Kama DNA moja ya kamba hupita kupitia pore ya protini ya ukubwa wa nano (nanopore), nuksi tofauti hutoa mikondo tofauti ya ioniki, ambayo inaweza kutekwa na kuhamishiwa kwa mlolongo wa besi. Jukwaa la mpangilio wa ONT yenyewe haionyeshi kikomo cha kiufundi dhahiri juu ya urefu wa usomaji wa DNA. Kwa hivyo, usomaji wa muda mrefu (ULRs) zinapatikana kwa mkutano wa genome wa hali ya juu. Kwa kuongezea, usomaji huu mrefu sana, ambao ni wa kutosha kuvuka huduma za mlolongo ngumu au tofauti za kimuundo, kusaidia kuondokana na mapungufu ya mpangilio wa kusoma kwa muda mfupi hapa.
Utaratibu wa Nanopore
Utambulisho wa muundo (SV)
SUtaratibu wa bure wa ynthesis uliohifadhiwa kwa kiasi kikubwa cha methylation ya DNA kwenye template. Methylated A, T, C na G hutoa mikondo tofauti ya ioniki kutoka kwa zile ambazo hazina methylated, ambazo zinaweza kusomwa moja kwa moja na jukwaa. Nanopore mpangilio wa nguvu ya genome ya jumla ya 5MC na 6mA katika azimio moja la nucleotide.
Kumbukumbu
Jun sone, et. al. Utaratibu wa kusoma kwa muda mrefu unaainisha upanuzi wa kurudia wa GGC katika Notch2NLC inayohusishwa na ugonjwa wa kuingizwa kwa neuronal. Maumbile ya maumbile (2019)
Teknolojia na mambo muhimu Inakusudia kushiriki matumizi ya hivi karibuni ya mafanikio ya teknolojia tofauti za mpangilio wa juu katika uwanja tofauti wa reseach na maoni mazuri katika muundo wa majaribio na madini ya data.
Wakati wa chapisho: Jan-06-2022