Transcripttomics
asili
Mawasiliano
Tabia kamili ya maandishi ya mabadiliko ya sf3b1 katika leukemia sugu ya lymphocytic inaonyesha kupungua kwa introns zilizohifadhiwa
Nakala za urefu kamili | Mpangilio wa nanopore | Uchambuzi mbadala wa isoform
Asili
SMabadiliko ya omatic katika splicing factor SF3B1 yameripotiwa sana kuhusishwa na saratani kadhaa, pamoja na leukemia sugu ya lymphocytic (CLL), melanoma ya uveal, saratani ya matiti, nk Kwa kuongezea, tafiti zilizosomwa kwa muda mfupi zimeonyesha mifumo ya splicing ya abiria iliyosababishwa na mabadiliko ya SF3B1. Walakini, tafiti juu ya mifumo hii mbadala ya splicing imekuwa mdogo kwa kiwango cha tukio na ukosefu wa maarifa juu ya kiwango cha isoform kwa sababu ya kiwango cha juu cha maandishi yaliyokusanywa kwa muda mfupi. Hapa, jukwaa la mpangilio wa nanopore lilianzishwa ili kutoa maandishi ya urefu kamili, ambayo yaliwezesha nguvu ya kuingiliana kama isoforms.
Ubunifu wa majaribio
Majaribio
Kundi:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (K700E mabadiliko); 3. Seli za kawaida za B.
Mkakati wa Kuweka:Utaratibu wa Maktaba ya Minion 2D, Utaratibu wa Maktaba ya Promethion 1D; Takwimu zilizosomwa kwa muda mfupi kutoka kwa sampuli sawa
Jukwaa la Kuweka:Minion ya ont; Ont Promethion;
Uchambuzi wa bioinformatic
Matokeo
AJumla ya wasomaji milioni 257 walitolewa kutoka sampuli 6 za CLL na seli 3 B. Kwa wastani wa 30.5% ya wasomaji huu waligundulika kama maandishi ya urefu kamili.
FUchambuzi mbadala wa isoform ya ULL ya RNA (Flair) ilitengenezwa ili kutoa seti ya isoforms ya ujasiri wa juu. Flair inaweza kufupishwa kama:
NAnopore inasoma alignment: tambua muundo wa maandishi ya jumla kulingana na genome ya kumbukumbu;
SMarekebisho ya makutano ya Plice: Makosa sahihi ya mlolongo (nyekundu) na tovuti ya splice kutoka kwa introns zilizofafanuliwa, introns kutoka kwa data iliyosomwa kwa muda mfupi au zote mbili;
COllapse: muhtasari wa isoforms za mwakilishi kulingana na minyororo ya makutano ya splice (seti ya kupita kwanza). Chagua Isofrom ya ujasiri wa juu kulingana na idadi ya usomaji unaounga mkono (kizingiti: 3).
Kielelezo 1. Uchambuzi wa FLAIR ili kubaini isoforms kamili ya kumi inayohusiana na mabadiliko ya SF3B1 katika CLL
FLair aligundua isoforms 326,699 za kujiamini zilizo na ujasiri, 90% ambazo ni riwaya isoforms. Wengi wa isoforms hizi ambazo hazikuonekana zilipatikana kuwa mchanganyiko wa riwaya wa vijiti vinavyojulikana vya splice (142,971), wakati riwaya ya riwaya iliyobaki ilikuwa na intron iliyobaki (21,700) au riwaya exon (3594).
LMlolongo wa kusoma-ONG unawezesha kitambulisho cha maeneo ya splice ya mutant SF3B1-K700E-iliyowekwa katika kiwango cha isoform. 35 Mbadala 3'SSS na 10 mbadala 5'SSS zilipatikana kuwa tofauti kati ya SF3B1-K700E na SF3B1-WT. Mabadiliko 33 kati ya 35 yaligunduliwa mpya na mlolongo wa kusoma kwa muda mrefu. Katika data ya nanopore, usambazaji wa umbali kati ya SF3B1-K700E-kubadilishwa 3'SSS kwa maeneo ya Canonical Peaks ni karibu -20 bp, ambayo ni tofauti sana na usambazaji wa udhibiti, sawa na ile iliyoripotiwa katika mpangilio mfupi wa kusoma kwa CLL. Isoforms ya jeni la ERGIC3 ilichambuliwa, ambapo riwaya isoform iliyo na tovuti ya splice ilipatikana zaidi katika SF3B1-K700E. Wote wa karibu na wa distal 3's walihusishwa na tofauti kama mifumo inayozalisha isoforms nyingi.
Kielelezo 2. Njia mbadala 3 ′ za splicing zilizotambuliwa na data ya mpangilio wa nanopore
Uchambuzi wa matumizi ya hafla ya IR umekuwa mdogo katika uchambuzi wa msingi wa kusoma kwa muda mfupi kwa sababu ya ujasiri katika kitambulisho cha IR na usahihi. Uonyeshaji wa isoforms za IR katika SF3B1-K700E na SF3B1-WT zilikamilishwa kwa msingi wa mlolongo wa nanopore, ikifunua kanuni ya chini ya isoforms ya IR katika SF3B1-K700E.
Kielelezo 4. Uzani wa kilimo na unganisho la mtandao katika mifumo mitatu ya kilimo (A na B); Uchambuzi wa misitu bila mpangilio (c) na uhusiano kati ya kiwango cha kilimo na ukoloni wa AMF (D)
Kielelezo 3. Matukio ya kukodisha ya ndani yanadhibitiwa zaidi katika CLL SF3B1-K700E
Teknolojia
Utaratibu wa kusoma kwa muda mrefu wa Nanopore
NUtaratibu wa Anopore ni teknolojia moja ya mpangilio wa umeme wa molekuli.
DDNA iliyo na waya au RNA itaunganisha kwa protini ya nanoporous iliyoingia kwenye biofilm na kufunguliwa chini ya risasi ya protini ya gari.
DKamba za Na/RNA hupita kupitia protini ya kituo cha nanopore kwa kiwango fulani chini ya hatua ya tofauti ya voltage.
MOlecules hutoa ishara tofauti za umeme kulingana na muundo wa kemikali.
RUgunduzi wa wakati wa EAL wa mlolongo hupatikana kwa wito wa msingi.
Utendaji wa mpangilio kamili wa maandishi
√ Kueneza data
7-Fold chache husoma inahitajika kufikia kueneza data kulinganishwa.
√ Kitambulisho cha muundo wa maandishi
Utambulisho wa anuwai anuwai ya muundo na makubaliano ya usomaji kamili wa kila maandishi
√ Uchambuzi wa tofauti ya kiwango cha maandishi -Revel hubadilika na kusoma kwa muda mfupi
Kumbukumbu
Tang AD, Sourette CM, Baren MJV, et al. Tabia kamili ya maandishi ya mabadiliko ya SF3B1 katika leukemia sugu ya lymphocytic inaonyesha kuteremka kwa introns zilizohifadhiwa [J]. Mawasiliano ya asili.
Teknolojia na mambo muhimu Inakusudia kushiriki matumizi ya hivi karibuni ya mafanikio ya teknolojia tofauti za mpangilio wa juu katika uwanja tofauti wa reseach na maoni mazuri katika muundo wa majaribio na madini ya data.
Wakati wa chapisho: Jan-08-2022