Genome nzima inaendelea tena
Ufuatiliaji wa genomics wa SARS-CoV-2 hufunua lahaja ya kufuta NSP1 ambayo hurekebisha aina ya I Interferon majibu
Nanopore | Illumina | Uboreshaji mzima wa genome | Metagenomics | RNA-Seq | Sanger
Teknolojia za Biomarker zilitoa msaada wa kiufundi juu ya mpangilio wa mfano katika utafiti huu.
Mambo muhimu
1.Sars-CoV-2 mpangilio wa genome na uchambuzi wa phylognetic hugundua mabadiliko 35 ya kawaida ikiwa ni pamoja na 31 SNPs na indels 4.
Ushirikiano na phenotypes za kliniki 117 zinaonyesha uwezekano
mabadiliko muhimu.
∆500-532 katika mkoa wa coding wa NSP1 na virusi vya chini
3. Pakua na serum IFN-β.
4.Viral hutenga na ∆500-532 mabadiliko husababisha chini IFN-I
majibu katika seli zilizoambukizwa.
Ubunifu wa majaribio
Mafanikio
1. Covid-19 uchunguzi wa uchunguzi wa ugonjwa na genomic
Takwimu za kliniki zilikusanywa katika Mkoa wa Sichuan, Uchina katika kipindi chote cha kuzuka kutoka Januari 22, 2020 hadi Februari 20, 2020. Jumla ya kesi 538 za COVID-19 zilithibitishwa na vipimo vya qPCR huko Sichuan, 28.8% yao walikuwa kutoka jimbo hilo mtaji. Kesi zilizothibitishwa huko Sichuan ziliongezeka sana, zikiongezeka Januari 30. Pia, data iliunga mkono kuwa umbali wa kijamii unaweza kuwa sababu kuu ya kuzuia kuenea kwa virusi.
Kielelezo 1. Utafiti wa Epidemiological wa Covid-19 katika Mkoa wa Sichuan, Uchina
2. SARS-CoV-2 Ujenzi wa genome na kitambulisho cha anuwai
Na uboreshaji wa PCR nyingi ikifuatiwa na mpangilio wa nanopore, jumla ya genomes 310 karibu au sehemu kamili kutoka kwa wagonjwa 248 walitolewa na takriban. 80% ya genomes iliyofunikwa na usomaji 10 (maana ya kina: 0.39 m inasoma kwa sampuli).
Kielelezo 2. Frequency ya kila anuwai katika kikundi cha Sichuan
Jumla ya SNPs 104 na indels 18 ziligunduliwa kutoka kwa SARS-CoV-2 genomes, ambayo SNPs 31 na indels 4 ziligunduliwa kama anuwai ya maumbile ya kawaida. Kwa kuwafananisha na sampuli 169 kutoka Wuhan na na mlolongo wa hali ya juu wa 81,391 wa Gisaid, 29 kati ya anuwai 35 zilizopatikana katika mabara mengine. Kwa kweli, anuwai nne ikiwa ni pamoja na ∆500-532, ACC18108at, ∆729-737 na T13243c, zilipatikana tu katika Sichuan na Wuhan na hayupo katika data ya Gisaid, ikionyesha kuwa tofauti hizi zilikuwa na uwezekano mkubwa kutoka kwa Wuhan, ambazo zinakutana na za Rekodi za kusafiri za wagonjwa.
Mchanganuo wa mabadiliko na njia ya kiwango cha juu (ML) na njia za saa za Bayesian zilisindika kwa virusi 88 mpya SFrom Sichuan na genomes 250 zilizopitishwa kutoka mikoa mingine. Genomes na ∆500-532 (kufutwa katika mkoa wa coding wa NSP1) zilipatikana zikisambazwa kidogo katika mti wa phylogenetic. Uchambuzi wa Haplotype juu ya lahaja za NSP1 zilizoainishwa 5 kati yao kutoka miji mingi. Matokeo haya yalionyesha kuwa ∆500-532 ilitokea katika miji mingi na inaweza kuingizwa mara kadhaa kutoka kwa Wuhan.
Kielelezo 2. Lahaja za maumbile za kawaida na uchambuzi wa phylogenetic katika genomes ya SARS-CoV-2
3. Chama cha anuwai ya maumbile ya kawaida na athari za kliniki
Phenotypes za kliniki zilihusishwa na ukali wa covid-19, ambapo phenotypes 19 zinazohusiana na ukali ziliainishwa kuwa sifa kali na zisizo kali. Urafiki kati ya sifa hizi na anuwai 35 za maumbile zilibadilishwa katika joto la nguzo ya bi-nguzo. Mchanganuo wa uboreshaji wa kiwango cha GSEA ulionyesha kuwa ∆500-532 imeunganishwa vibaya na ESR, serum IFN-β andCD3+ CD8+ T seli za damu. Kwa kuongezea, vipimo vya qPCR vilionyesha kuwa wagonjwa walioambukizwa na virusi vya kubeba ∆500-532 walikuwa na thamani ya juu zaidi ya CT, yaani, mzigo wa chini wa virusi.
Kielelezo 3. Vyama vya anuwai 35 ya maumbile ya kawaida na phenotypes za kliniki
4. Uthibitisho juu ya mabadiliko ya virusi yanayohusiana na phenotypes za kliniki
Ili kuelewa athari za ∆500-532 kwenye kazi za NSP1, seli za HEK239T zilihamishwa na plasmids zinazoelezea urefu kamili, WT NSP1 na fomu za kufuta na kufutwa. Profaili za maandishi ya kila seli zilizotibiwa za HEK239T zilichakatwa kwa uchambuzi wa PCA, kuonyesha kwamba mabadiliko ya kufuta yalishikamana karibu na yalikuwa tofauti sana na WT NSP1. Jeni ambazo ziliorodheshwa kwa kiasi kikubwa katika mutants zilitajirika sana katika "biosynthetic/mchakato wa metabolic", "ribonucleoprotein tata biogeneis", "protini inayolenga membrane/er", nk. Zaidi ya hayo, kufutwa mbili zilionyesha muundo tofauti wa extssion kutoka WT.
Kielelezo 4. Uchambuzi wa maandishi juu ya seli za HEK239T zilizohamishwa na WT NSP1 na hiyo kwa kufutwa
Uathiriwa wa kufutwa kwa majibu ya IFN-1 pia ulijaribiwa katika utafiti uliozidiwa. Kuondolewa kwa majaribio yote yalionyeshwa ili kupunguza repsonse ya IFN-1 katika seli zilizohamishwa za HEK239T na A549 katika kiwango cha maandishi na kiwango cha protini. Kwa kufurahisha, jeni zilizowekwa chini katika kufutwa zili utajiri katika "majibu ya utetezi kwa virusi", "replication ya genome", "kanuni ya maandishi na RNA polymerase II" na "majibu ya aina ya I Interferon".
Kielelezo 5. Udhibiti wa njia za kuashiria interferon katika ∆500-532 mutant
Katika utafiti huu, athari za kufutwa hizi kwenye virusi zilithibitishwa zaidi na masomo ya maambukizi ya virusi. Virusi zilizo na mutants fulani zilitengwa na sampuli za kliniki na zilizoambukizwa kwa seli za Calu-3. Matokeo ya kina juu ya utafiti wa maambukizi ya virusi yanaweza kusomwa kwenye karatasi.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
Kumbukumbu
Lin J, Tang C, Wei H, et al. Ufuatiliaji wa genomic wa SARS-CoV-2 hufunua lahaja ya kufuta NSP1 ambayo hurekebisha aina ya I Interferon [J]. Mwenyeji wa Kiini & Microbe, 2021.
Habari na muhtasari inakusudia kushiriki kesi za hivi karibuni zilizofanikiwa na teknolojia za biomarker, kukamata mafanikio ya kisayansi na mbinu maarufu zinazotumika wakati wa utafiti.
Wakati wa chapisho: Jan-06-2022