Nanopore Nanopore ya urefu kamili

Mfuatano wa nukuu ya Nanopore ni mbinu thabiti ya kupanga cDNA za urefu kamili, kubainisha kwa usahihi na kubainisha isoform za manukuu. Bomba la Nukuu ya Urefu Kamili wa BMKCloud Nanopore imeundwa kuchanganua data ya RNA-Seq inayozalishwa kwenye jukwaa la Nanopore dhidi ya jenomu ya marejeleo yenye maelezo ya hali ya juu, ikitoa uchanganuzi wa ubora na kiasi katika kiwango cha jeni na manukuu. Baada ya udhibiti wa ubora, mifuatano ya urefu kamili isiyo ya chimeric (FLNC) hupatikana na mifuatano ya maafikiano hupangwa kwenye jenomu ya marejeleo ili kuondoa nakala zisizohitajika. Kutoka kwa seti hii ya nakala, usemi huhesabiwa na jeni zilizoonyeshwa kwa njia tofauti na nakala hutambuliwa na kufafanuliwa kiutendaji. Bomba hilo pia linajumuisha uchanganuzi mbadala wa polyadenylation (APA), uchanganuzi mbadala wa uunganishaji, uchanganuzi rahisi wa mfuatano wa kurudia (SSR), utabiri wa lncRNA na malengo yanayolingana, utabiri wa mfuatano wa usimbaji (CDS), uchanganuzi wa familia ya jeni, uchanganuzi wa sababu za maandishi, utabiri wa jeni za riwaya. na ufafanuzi wa utendaji wa nakala.