Mkutano wa Genome wa Hi-C
Hi-C ni mbinu iliyoundwa ili kunasa usanidi wa kromosomu kwa kuchanganya uchunguzi wa mwingiliano unaotegemea ukaribu na mpangilio wa matokeo ya juu. Nguvu ya mwingiliano huu inaaminika kuwa ina uhusiano hasi na umbali wa kimwili kwenye kromosomu. Kwa hivyo, data ya Hi-C inatumiwa kuongoza uunganishaji, upangaji, na uelekezaji wa mfuatano uliokusanywa katika rasimu ya jenomu na kuziunganisha kwenye idadi fulani ya kromosomu. Teknolojia hii huwezesha mkusanyiko wa jenomu ya kiwango cha kromosomu bila kuwepo kwa ramani ya kijenetiki inayotegemea idadi ya watu. Kila jenomu moja inahitaji Hi-C.
Vipengele vya Huduma
● Kufuatana kwenye Illumina NovaSeq na PE150.
● Huduma inahitaji sampuli za tishu, badala ya asidi nucleic zilizotolewa, ili kuunganisha na formaldehyde na kuhifadhi mwingiliano wa DNA-protini.
● Jaribio la Hi-C linahusisha kuzuia na kumalizia ukarabati wa ncha zinazonata kwa kutumia biotini, ikifuatwa na mduara wa ncha butu zinazotokana wakati wa kuhifadhi miingiliano. DNA kisha vunjwa chini na shanga streptavidin na kusafishwa kwa ajili ya maandalizi maktaba baadae.
Faida za Huduma
Muhtasari wa Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Sayansi, 2009)
●Kuondoa Haja ya Data ya Idadi ya Jenetiki:Hi-C inachukua nafasi ya maelezo muhimu yanayohitajika kwa uwekaji nanga wa contig.
●Msongamano mkubwa wa alama:na kusababisha uwiano wa juu wa kutia nanga wa contig zaidi ya 90%.
●Rekodi za Utaalam na uchapishaji wa kina:BMKGene ina uzoefu mkubwa na zaidi ya kesi 2000 za Hi-C Genome Assembly kutoka kwa aina 1000 tofauti na hataza mbalimbali. Zaidi ya kesi 200 zilizochapishwa zina athari ya zaidi ya 2000.
●Timu yenye ujuzi wa juu wa bioinformatics:ikiwa na hataza za ndani na hakimiliki za programu za majaribio ya Hi-C na uchanganuzi wa data, programu ya data ya taswira iliyojitengenezea huwezesha uzuiaji wa mwongozo kusonga, kutendua, kubatilisha, na kufanya upya.
●Usaidizi wa Baada ya Mauzo:Ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha huduma cha miezi 3 baada ya kuuza. Katika wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
●Ufafanuzi wa Kina: tunatumia hifadhidata nyingi ili kufafanua jeni kwa utofauti uliotambuliwa na kufanya uchanganuzi unaolingana wa uboreshaji, kutoa maarifa kuhusu miradi mingi ya utafiti.
Vipimo vya huduma
| Maandalizi ya maktaba | Mkakati wa mpangilio | Toleo la data linalopendekezwa | Udhibiti wa ubora |
| Maktaba ya Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Mahitaji ya Sampuli
| Tishu | Kiasi kinachohitajika |
| Viscera ya Wanyama | ≥ 2 g |
| Misuli ya Wanyama | |
| Damu ya Mamalia | ≥ 2 ml |
| Damu ya kuku/Samaki | |
| Mmea- Jani Safi | ≥ 3 g |
| Seli za Utamaduni | ≥ 1x107 |
| Mdudu | ≥ 2 g |
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Muundo wa majaribio
Utoaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Kufuatana
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
1) Data ghafi QC
2) QC ya maktaba ya Hi-C: makadirio ya mwingiliano halali wa Hi-C
3) Mkusanyiko wa Hi-C: mkusanyiko wa contig katika vikundi, ikifuatiwa na kuagiza contig ndani ya kila kikundi na kugawa mwelekeo wa contig
4) Tathmini ya Hi-C
Maktaba ya Hi-C QC - makadirio ya jozi za mwingiliano halali za Hi-C
Mkutano wa Hi-C - takwimu
Tathmini ya baada ya mkusanyiko - ramani ya joto ya ukubwa wa ishara kati ya mapipa
Kagua maendeleo yanayowezeshwa na huduma za mkusanyiko wa Hi-C za BMKGene kupitia mkusanyiko ulioratibiwa wa machapisho.
Tian, T. et al. (2023) 'Mkusanyiko wa genome na mgawanyo wa kijeni wa mbegu maarufu ya mahindi inayostahimili ukame', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), uk. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL na wengine. (2020) 'Mkutano wa Mizani ya Chromosome wa Asian Honeybee Apis cerana Genome', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Kufichua mabadiliko ya tropane alkaloid biosynthesis kwa kuchanganua jenomu mbili katika familia ya Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), uk. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genomes of the Banyan Tree and Pollinator Nyigu Hutoa Maarifa kuhusu Fig-Nyigu Coevolution', Cell, 183(4), uk. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
