Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Ingia

Bidhaa

Mwingiliano wa Chromatin kulingana na Hi-C

Picha Iliyoangaziwa ya Chromatin yenye msingi wa Hi-C

Hi-C ni mbinu iliyoundwa ili kunasa usanidi wa jeni kwa kuchanganya uchunguzi wa mwingiliano unaotegemea ukaribu na mpangilio wa matokeo ya juu. Mbinu hiyo inategemea uunganishaji wa chromatin na formaldehyde, ikifuatiwa na usagaji chakula na kuunganisha tena kwa njia ambayo vipande ambavyo vimeunganishwa kwa ushirikiano pekee ndivyo vitaunda bidhaa za kuunganisha. Kwa kupanga bidhaa hizi za kuunganisha, inawezekana kujifunza shirika la 3D la genome. Hi-C huwezesha kusoma usambazaji wa sehemu za jenomu ambazo zimejaa kidogo (A compartments, euchromatin) na ambazo zina uwezekano mkubwa wa kufanya kazi kwa maandishi, na maeneo ambayo yamejaa zaidi (vipande B, Heterochromatin). Hi-C pia inaweza kutumika kubainisha Vikoa Vinavyohusishwa Kitopolojia (TADs), maeneo ya jenomu ambayo yana miundo iliyokunjwa na kuna uwezekano wa kuwa na mifumo ya usemi sawa, na kutambua vitanzi vya kromatini, maeneo ya DNA ambayo yameunganishwa pamoja na protini. mara nyingi hutajiriwa katika vipengele vya udhibiti. Huduma ya kupanga mpangilio ya Hi-C ya BMKGene huwapa watafiti uwezo wa kuchunguza vipimo vya anga vya jenomiki, na kufungua njia mpya za kuelewa udhibiti wa jenomu na athari zake katika afya na magonjwa.

Wasiliana Nasi

Maelezo ya Huduma

Bioinformatics

Matokeo ya onyesho

Machapisho yaliyoangaziwa

Vipengele vya Huduma

● Kufuatana kwenye Illumina NovaSeq na PE150.

● Huduma inahitaji sampuli za tishu, badala ya asidi nucleic zilizotolewa, ili kuunganisha na formaldehyde na kuhifadhi mwingiliano wa DNA-protini.

● Jaribio la Hi-C linahusisha kuzuia na kumalizia ukarabati wa ncha zinazonata kwa kutumia biotini, ikifuatwa na mduara wa ncha butu zinazotokana wakati wa kuhifadhi miingiliano. DNA kisha vunjwa chini na shanga streptavidin na kusafishwa kwa ajili ya maandalizi maktaba baadae.

Faida za Huduma

●Muundo Bora wa Kizuizi cha Enzyme: kuhakikisha ufanisi wa juu wa Hi-C kwa spishi tofauti zenye hadi 93% ya jozi za mwingiliano halali.

●Rekodi za Kina za Utaalam na Uchapishaji:BMKGene ina uzoefu mkubwa na > miradi 2000 ya kupanga mpangilio wa Hi-C kutoka kwa spishi 800 tofauti na hataza mbalimbali. Zaidi ya kesi 100 zilizochapishwa zilizo na sababu ya limbikizo la zaidi ya 900.

●Timu ya Bioinformatics yenye ujuzi wa hali ya juu:na hataza za ndani na hakimiliki za programu za majaribio ya Hi-C na uchanganuzi wa data na programu ya data ya taswira iliyojitengenezea.

●Usaidizi wa Baada ya Mauzo:Ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha huduma cha miezi 3 baada ya kuuza. Katika wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.

●Ufafanuzi wa Kina: tunatumia hifadhidata nyingi ili kufafanua jeni kwa utofauti uliotambuliwa na kufanya uchanganuzi unaolingana wa uboreshaji, kutoa maarifa kuhusu miradi mingi ya utafiti.

Vipimo vya huduma

Maktaba

Mkakati wa Kuratibu

Toleo la data linalopendekezwa

Azimio la Mawimbi ya Hi-C

Maktaba ya Hi-C

Illumina PE150

Kitanzi cha Chromatin: 150x

TAD: 50x

Kitanzi cha Chromatin: 10Kb

TAD: 40Kb

Mahitaji ya Huduma

Aina ya sampuli	Kiasi kinachohitajika
Tishu za wanyama	≥2g
Damu Nzima	≥2mL
Kuvu	≥1g
Mimea - tishu vijana	1g/aliquot, aliquotes 2-4 zinazopendekezwa
Seli za Utamaduni	≥1x10⁷

Iliyotangulia: TGuide Smart Magnetic Plant RNA Kit

Inayofuata: DNBSEQ maktaba zilizotengenezwa mapema

Inajumuisha Uchambuzi Ufuatao:

● Data ghafi QC;

● Kuweka ramani na maktaba ya Hi-C QC: jozi halali za mwingiliano na Vielelezo vya Uharibifu wa Mwingiliano (IDE);

● Maelezo mafupi ya Mwingiliano wa Genome: uchambuzi wa cis/trans na ramani ya mwingiliano ya Hi-C;

● Uchambuzi wa usambazaji wa compartment A/B;

● Utambulisho wa TAD na loops za chromatin;

● Uchanganuzi tofauti kwenye vipengele vya muundo wa kromatini ya 3D kati ya sampuli na ufafanuzi wa kiutendaji unaolingana wa jeni zinazohusiana.

Cis na usambazaji wa uwiano wa trans

Ramani ya joto ya mwingiliano wa kromosomu kati ya sampuli

Usambazaji kwa upana wa genome wa sehemu za A/B

Usambazaji mzima wa genome wa loops za chromatin

Taswira ya TADs

Chunguza maendeleo ya utafiti yanayowezeshwa na huduma za mpangilio wa Hi-C za BMKGene kupitia mkusanyiko ulioratibiwa wa machapisho.

Meng, T. et al. (2021) 'Uchanganuzi linganishi uliojumuishwa wa omics nyingi hubainisha CA2 kama shabaha ya riwaya ya chordoma',Neuro-Oncology, 23(10), ukurasa wa 1709-1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

Xu, L. et al. (2021) 'Kutenganishwa kwa 3D na upangaji upya wa jenomu hutoa maarifa juu ya pathogenesis ya NAFLD kwa kuunganishwa kwa Hi-C, Nanopore na RNA',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), ukurasa wa 3150-3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.