De Novo FUNGAL GENOME ASSEMBLY
BMKGENE inatoa suluhisho za aina nyingi kwa genomes ya kuvu, inahudumia mahitaji tofauti ya utafiti na ukamilifu wa genome. Kutumia mpangilio wa Illumina-kusoma kwa muda mfupi inaruhusu kizazi cha rasimu ya genome. Usomaji mfupi na mpangilio wa kusoma kwa muda mrefu kwa kutumia Nanopore au Pacbio umejumuishwa kwa genome iliyosafishwa zaidi ya kuvu na viboreshaji virefu zaidi. Kwa kuongezea, kuunganisha mpangilio wa HI-C huongeza uwezo zaidi, kuwezesha kupatikana kwa genome kamili ya kiwango cha chromosome.
Huduma za huduma
Na chaguzi tatu zinazowezekana za kuchagua kutoka kulingana na kiwango unachotaka cha ukamilifu wa genome:
● Chaguo la genome ya rasimu: Utaratibu wa kusoma kwa muda mfupi na Illumina Novaseq PE150.
● Chaguo nzuri ya genome:
Uchunguzi wa Genome: Illumina Novaseq PE150.
Mkutano wa Genome: Pacbio Revio (Hifi anasoma) au Nanopore Promethion 48.
● genome ya kiwango cha chromosome:
Uchunguzi wa Genome: Illumina Novaseq PE150.
Mkutano wa Genome: Pacbio Revio (Hifi anasoma) au Nanopore Promethion 48.
Contig nanga na mkutano wa Hi-C.
Faida za huduma
●Mikakati mingi ya mpangilio inapatikanaKwa malengo tofauti ya utafiti na mahitaji ya ukamilifu wa genome
●Utiririshaji kamili wa bioinformatics:Hii ni pamoja na mkutano wa genome na utabiri wa vitu vingi vya genomic, maelezo ya jeni ya kazi, na nanga ya contig.
●Utaalam mkubwa: Pamoja na genomes zaidi ya 12,000 zilizokusanyika, tunaleta zaidi ya muongo mmoja wa uzoefu, timu ya uchambuzi wenye ujuzi, yaliyomo kamili, na msaada bora wa mauzo.
●Msaada wa baada ya mauzo:Kujitolea kwetu kunaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi na kipindi cha huduma ya baada ya miezi 3. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, msaada wa utatuzi, na vikao vya Q&A kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
Uainishaji wa huduma
| Huduma | Mkakati wa mpangilio | Udhibiti wa ubora |
| Rasimu ya genome | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Genome nzuri | Uchunguzi wa Genome: Illumina PE150 50 x Mkutano: Pacbio Hifi 30x au Nanopore 100x | Contig N50 ≥1MB （pacbio unicellular） Contig N50 ≥2MB （ont unicellular） Contig N50 ≥500kb （wengine） |
| Genome ya kiwango cha chromosome | Uchunguzi wa Genome: Illumina PE150 50 x Mkutano: Pacbio Hifi 30x au Nanopore 100x HI-C ASSEMBLY 100X | Uwiano wa nanga wa Contig> 90%
|
Mahitaji ya huduma
| Mkusanyiko (ng/µl) | Jumla ya kiasi (µg) | Kiasi (µl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Kuvu ya unicellular: ≥3.5x1010 seli
Kuvu ya Macro: ≥10 g
Mtiririko wa kazi ya huduma
Uwasilishaji wa mfano
Ujenzi wa maktaba
Mpangilio
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
Ni pamoja na uchambuzi ufuatao:
Utafiti wa Genome:
- Kuweka udhibiti wa ubora wa data
- Makadirio ya genome: saizi, heterozygosity, vitu vya kurudia
Mkutano mzuri wa genome:
- Kuweka udhibiti wa ubora wa data
- De novoMkutano
- Uchambuzi wa sehemu ya genome: Utabiri wa CD na vitu vingi vya genomic
- UTAFITI WA KAZI na hifadhidata nyingi za jumla (Nenda, KEGG, nk) na hifadhidata za hali ya juu (kadi, VFDB, nk)
HI-C ASSEMBLY:
- Tathmini ya Maktaba ya Hi-C.
- Contigs kushikilia nguzo, kuagiza na mwelekeo
- Tathmini ya Mkutano wa Hi-C: Kulingana na genome ya kumbukumbu na ramani ya joto
Uchunguzi wa Genome: Usambazaji wa K-Mer
Mkutano wa Genome: Maelezo ya Gene Homologous (Database ya NR)
Mkutano wa Genome: Maelezo ya jeni ya kazi (Nenda)
Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na Huduma za Bunge za Kuvu za BMKgene kupitia mkusanyiko wa machapisho.
Hao, J. et al. .BMC genomics, 24 (1), uk. 1-12. Doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/takwimu/3.
Lu, L. et al. .Jarida la mazao, 11 (2), Uk. 405-416. Doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. .Ugonjwa wa mmea, 107 (3), Uk. 929-934. Doi: 10.1094/pdis-08-22-1921-a
Zhang, SS et al. .Jarida la Kuvu, 9 (10), p. 959. Doi: 10.3390/jof9100959/s1.
