Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Ingia

Bidhaa

Upangaji wa Urefu Kamili wa mRNA-Nanopore

Picha Iliyoangaziwa ya mRNA ya Urefu Kamili-Nanopore

Ingawa mpangilio wa mRNA unaotegemea NGS ni zana yenye matumizi mengi ya kukadiria usemi wa jeni, utegemezi wake katika usomaji mfupi huzuia ufanisi wake katika uchanganuzi changamano wa nukuu. Kwa upande mwingine, mpangilio wa nanopore hutumia teknolojia iliyosomwa kwa muda mrefu, kuwezesha upangaji wa nakala za urefu kamili za mRNA. Mbinu hii hurahisisha uchunguzi wa kina wa uunganishaji mbadala, uunganishaji wa jeni, uunganishaji wa aina nyingi, na ukadiriaji wa isoform za mRNA.

Mfuatano wa Nanopore, mbinu ambayo inategemea mawimbi ya umeme ya wakati halisi ya nanopore, hutoa matokeo katika muda halisi. Ikiongozwa na protini za injini, DNA yenye nyuzi mbili hufungamana na protini za nanopore zilizopachikwa kwenye filamu ya kibayolojia, inajifungua inapopitia mkondo wa nanopore chini ya tofauti ya voltage. Ishara bainifu za umeme zinazozalishwa na besi tofauti kwenye uzi wa DNA hugunduliwa na kuainishwa katika muda halisi, kuwezesha mpangilio sahihi na endelevu wa nyukleotidi. Mbinu hii bunifu inashinda vizuizi vya kusoma kwa muda mfupi na hutoa jukwaa thabiti la uchanganuzi wa kina wa jenomiki, ikijumuisha masomo changamano ya maandishi, yenye matokeo ya haraka.

Jukwaa: Nanopore PromethION 48

Wasiliana Nasi

Maelezo ya Huduma

Bioinformatics

Matokeo ya Onyesho

Machapisho Yanayoangaziwa

Vipengele

● Kunasa poly-A mRNA ikifuatiwa na usanisi wa cDNA na utayarishaji wa maktaba

● Mpangilio wa manukuu ya urefu kamili

● Uchanganuzi wa habari za kibiolojia kulingana na upatanishi wa jenomu ya marejeleo

● Uchanganuzi wa kibiolojia haujumuishi tu kujieleza katika kiwango cha jeni na isoform bali pia uchanganuzi wa lncRNA, muunganisho wa jeni, uunganishaji wa aina nyingi na muundo wa jeni.

Faida za Huduma

●Ukadiriaji wa kujieleza katika kiwango cha isoform: kuwezesha uchanganuzi wa kina na sahihi wa usemi, kufichua mabadiliko ambayo yanaweza kufichwa wakati wa kuchanganua usemi mzima wa jeni

●Mahitaji ya Data Yaliyopunguzwa:Ikilinganishwa na Mipangilio ya Kizazi Kinachofuata (NGS), mpangilio wa Nanopore unaonyesha mahitaji ya chini ya data, kuruhusu viwango sawa vya ujazo wa ujanibishaji wa usemi wa jeni na data ndogo.

●Usahihi wa juu wa ujanibishaji wa kujieleza: katika kiwango cha jeni na isoform

●Utambulisho wa maelezo ya ziada ya maandishi: polyadenylation mbadala, jeni mchanganyiko na lcnRNA na jeni lengwa zao

●Utaalamu wa Kina: Timu yetu huleta uzoefu mwingi kwa kila mradi, ikiwa imekamilisha zaidi ya miradi 850 ya Nanopore ya urefu kamili na kuchakata zaidi ya sampuli 8,000.

●Usaidizi wa Baada ya Mauzo: Ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha huduma cha miezi 3 baada ya kuuza. Katika wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.

Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji

Maktaba	Mkakati wa mpangilio	Data iliyopendekezwa	Udhibiti wa Ubora
Poly A iliyoboreshwa	Illumina PE150	6/12 Gb	Alama ya wastani ya ubora: Q10

Mahitaji ya Sampuli:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Kiasi (μg)

Usafi

Uadilifu

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Uchafuzi wa protini au DNA umepunguzwa au haujaonyeshwa kwenye jeli.

Kwa mimea: RIN≥7.0;

Kwa wanyama: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

mwinuko mdogo au hakuna msingi

● Mimea:

Mizizi, shina au petal: 450 mg

Majani au Mbegu: 300 mg

Matunda: 1.2 g

● Mnyama:

Moyo au utumbo: 300 mg

Viscera au Ubongo: 240 mg

Misuli: 450 mg

Mifupa, Nywele au Ngozi: 1g

● Arthropoda:

Wadudu: 6g

Crustacea: 300 mg

● Damu nzima: bomba 1

● Seli: 10⁶seli

Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa

Chombo: 2 ml centrifuge tube (bati foil haifai)

Sampuli ya kuweka lebo: Kundi+ kunakili mfano A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Usafirishaji:

1. Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kuingizwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.

2. Mirija ya RNAstable: Sampuli za RNA zinaweza kukaushwa kwenye mirija ya kusawazisha ya RNA (km RNAstable®) na kusafirishwa kwenye joto la kawaida.

Mtiririko wa Kazi ya Huduma

Nucleotides:

Utoaji wa sampuli

Ujenzi wa maktaba

Kufuatana

Uchambuzi wa data

Huduma za baada ya kuuza

Mtiririko wa Kazi ya Huduma

Tishu:

Muundo wa majaribio

Utoaji wa sampuli

Uchimbaji wa RNA

Ujenzi wa maktaba

Kufuatana

Uchambuzi wa data

Huduma za baada ya kuuza

Iliyotangulia: Mpangilio wa urefu wa mRNA -PacBio

Inayofuata: 10x Genomics Visium Transcriptome

● Uchakataji wa data ghafi

● Utambulisho wa nakala

● Kuunganisha mbadala

● Ukadiriaji wa usemi katika kiwango cha jeni na kiwango cha isoform

● Uchambuzi wa usemi tofauti

● Ufafanuzi wa utendakazi na uboreshaji (DEGs na DETs)

Uchambuzi mbadala wa kuunganisha Uchambuzi Mbadala wa Polyadenylation (APA)

utabiri wa lncRNA

Ufafanuzi wa jeni za riwaya

Kuunganishwa kwa DET

Mitandao ya Protini-Protini katika DEGs

Gundua maendeleo yanayowezeshwa na huduma za mpangilio kamili za mRNA za BMKGene za Nanopore kupitia mkusanyiko ulioratibiwa wa machapisho.

Gong, B. na wengine. (2023) 'Epijenetiki na uanzishaji wa maandishi ya siri ya kinase FAM20C kama onkojeni katika glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), uk. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.

Yeye, Z. na wenzake. (2023) 'Mfuatano wa unukuzi wa urefu kamili wa lymphocyte hujibu IFN-γ unaonyesha mwitikio wa kinga uliopinda Th1 katika flounder (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.

Ma, Y. na wengine. (2023) 'Uchambuzi linganishi wa mbinu za mpangilio wa PacBio na ONT RNA kwa utambuzi wa sumu ya Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Yu, D. na wengine. (2023) 'Uchambuzi wa Nano-seq unaonyesha mwelekeo tofauti wa utendaji kazi kati ya exosomes na microvesicles inayotokana na hUMSC', Utafiti wa Kiini cha Shina na Tiba, 14(1), ukurasa wa 1-13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.