Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Ingia

Bidhaa

Jenetiki ya Mageuzi

Jenetiki ya Mageuzi ni huduma ya kina ya mpangilio iliyoundwa ili kutoa ufafanuzi wa kina wa mageuzi ndani ya kundi kubwa la watu binafsi, kulingana na tofauti za kijeni, ikiwa ni pamoja na SNP, InDels, SVs, na CNVs. Huduma hii inajumuisha uchanganuzi wote muhimu unaohitajika ili kufafanua mabadiliko ya mabadiliko na sifa za kijeni za idadi ya watu, ikiwa ni pamoja na tathmini ya muundo wa idadi ya watu, uanuwai wa kijeni, na uhusiano wa filojenetiki. Zaidi ya hayo, inaangazia tafiti juu ya mtiririko wa jeni, kuwezesha makadirio ya saizi ya idadi ya watu na wakati wa tofauti. Masomo ya mabadiliko ya kijenetiki yanatoa maarifa muhimu kuhusu asili na urekebishaji wa spishi.

Katika BMKGENE, tunatoa njia mbili za kufanya tafiti za mabadiliko ya jenetiki kwa makundi makubwa: kutumia mpangilio wa jenomu nzima (WGS) au kuchagua mbinu iliyopunguzwa ya mpangilio wa jenomu ya uwakilishi, Kipande Kilichokuzwa cha Mahali Mahususi (SLAF). Ingawa WGS inafaa jenomu ndogo, SLAF inaibuka kama njia mbadala ya gharama nafuu ya kusoma idadi kubwa ya watu walio na jenomu refu, kwa ufanisi kupunguza gharama za mfuatano.

Wasiliana Nasi

Maelezo ya Huduma

Bioinformatics

Matokeo ya Onyesho

Machapisho yaliyoangaziwa

Faida za Huduma

Takagi et al.,Jarida la mmea, 2013

●Uchambuzi wa kina wa kibayolojia:kuwezesha ukadiriaji wa anuwai ya kijeni, ambayo inaonyesha uwezo wa mabadiliko ya spishi, na kufichua uhusiano wa kuaminika wa kifilojenetiki kati ya spishi zilizo na ushawishi mdogo wa mageuzi ya kubadilika na mageuzi sambamba.

●Uchambuzi wa hiari uliobinafsishwa: kama vile makadirio ya muda na kasi ya mseto kulingana na tofauti katika kiwango cha nyukleotidi na amino asidi.

●Rekodi za Utaalam na uchapishaji wa kina: BMKGene imekusanya uzoefu mkubwa katika miradi ya idadi ya watu na mabadiliko ya jenetiki kwa zaidi ya miaka 15, inayoshughulikia maelfu ya spishi, n.k. na imechangia zaidi ya miradi 1000 ya kiwango cha juu iliyochapishwa katika Mawasiliano ya Asili, Mimea ya Molekuli, Jarida la Baiolojia ya Mimea, n.k.

● Timu yenye ujuzi wa juu wa bioinformatics na mzunguko mfupi wa uchambuzi: yenye uzoefu mkubwa katika uchanganuzi wa hali ya juu wa jeni, timu ya BMKGene hutoa uchanganuzi wa kina kwa wakati wa haraka wa kurekebisha.

● Usaidizi wa Baada ya Mauzo:Ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha huduma cha miezi 3 baada ya kuuza. Katika wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.

Vigezo na mahitaji ya huduma

Aina ya mpangilio

Kiwango cha idadi ya watu kilichopendekezwa

Mkakati wa mpangilio

Mahitaji ya Nucleotide

Mpangilio Mzima wa Genome

≥ watu 30, na ≥ watu 10 kutoka kwa kila kikundi

10x

Kuzingatia: ≥ 1 ng/µL

Jumla ya kiasi≥ 30ng

Kikomo au hakuna uharibifu au uchafuzi

Sehemu Maalum ya Kikuzaji cha Locus (SLAF)

Kina cha lebo:

10x

Idadi ya lebo:

<400 Mb: WGS inapendekezwa

<1Gb: Lebo 100K

1Gb

>2Gb: Lebo za 300K

Lebo zisizozidi 500k

Kuzingatia ≥ 5 ng/µL

Jumla ya kiasi ≥ 80 ng

Nanodrop OD260/280=1.6-2.5

Geli ya Agarose: hakuna au uharibifu mdogo au uchafuzi

Mtiririko wa Kazi ya Huduma

Muundo wa majaribio

Utoaji wa sampuli

Ujenzi wa maktaba

Kufuatana

Uchambuzi wa data

Huduma za baada ya kuuza

Iliyotangulia: Uchambuzi wa Kutenganisha kwa wingi

Inayofuata: Metabolomics

Huduma inajumuisha uchanganuzi wa muundo wa idadi ya watu (mti wa phylogenetic, PCA, chati ya utabaka wa idadi ya watu), anuwai ya idadi ya watu, na uteuzi wa idadi ya watu (kutokuwa na usawa wa uhusiano, uteuzi wa kufagia kwa kuchagua wa tovuti zenye faida). Huduma pia inaweza kujumuisha uchanganuzi uliobinafsishwa (kwa mfano, wakati wa tofauti, mtiririko wa jeni).

*Matokeo ya onyesho yaliyoonyeshwa hapa yote yanatoka kwa jenomu zilizochapishwa na BMKGENE

1.Uchambuzi wa mageuzi una ujenzi wa mti wa phylogenetic, muundo wa idadi ya watu na PCA kulingana na tofauti za maumbile.

Mti wa filojenetiki unawakilisha uhusiano wa kitaksonomia na mageuzi kati ya spishi na babu wa kawaida.
PCA inalenga kuibua ukaribu kati ya idadi ndogo ya watu.
Muundo wa idadi ya watu unaonyesha uwepo wa idadi ndogo ya kinasaba tofauti kulingana na masafa ya aleli.

3-1 Phylogenetic-mti 3-2PCA 3-3Muundo wa idadi ya watu

Chen, na wengine. al.,PNAS, 2020

2.Kufagia kwa kuchagua

Kufagia kwa kuchagua kunarejelea mchakato ambao tovuti yenye faida huchaguliwa na masafa ya tovuti zisizoegemea upande wowote huongezeka na zile za tovuti ambazo hazijaunganishwa hupunguzwa, na hivyo kusababisha kupunguzwa kwa eneo.

Ugunduzi wa jenomu kote kwenye maeneo maalum ya kufagia huchakatwa kwa kukokotoa faharasa ya kijenetiki ya idadi ya watu（π，Fst, Tajima's D) ya SNP zote ndani ya dirisha linaloteleza (Kb 100) kwa hatua fulani (Kb 10).

Utofauti wa Nucleotidi (π)
4 Nucleotidi-anuwai(π)

Tajima D
5Tajima's-D

Kielezo cha kurekebisha (Fst)

6 Faharasa ya Kurekebisha (Mwisho)

Wu, na. al.,Kiwanda cha Masi, 2018

3.Mtiririko wa Jeni

7Mtiririko wa jeni

Wu, na. al.,Kiwanda cha Masi, 2018

4.Historia ya idadi ya watu

8Historia ya idadi ya watu

Zhang na wengine. al.,Ikolojia ya Asili & Mageuzi, 2021

5.Wakati wa tofauti

9Wakati wa tofauti

Zhang na wengine. al.,Ikolojia ya Asili & Mageuzi, 2021

Gundua maendeleo yanayowezeshwa na huduma za mageuzi za BMKGene za jeni kupitia mkusanyiko ulioratibiwa wa machapisho:

Hassanyar, AK na al. (2023) 'Ugunduzi wa Alama za Molekuli za SNP na Jeni za Mgombea Zinazohusishwa na Upinzani wa Virusi vya Sacbrood katika Apis cerana cerana Larvae kwa Kufuatana kwa Jeni Mzima',Jarida la kimataifa la sayansi ya molekuli, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.

Chai, J. na wengine. (2022) 'Ugunduzi wa salamanda mkubwa wa Kichina wa mwituni, na asili safi hutengeneza fursa mpya za uhifadhi',Utafiti wa Zoolojia, 2022, Vol. 43, Toleo la 3, Kurasa: 469-480, 43 (3), ukurasa wa 469-480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.

Han, M. et al. (2022) 'Muundo wa Kifilojiografia na Historia ya Mageuzi ya Idadi ya Watu ya Asilia Elymus sibiricus L. kwenye Uwanda wa Qinghai-Tibet',Mipaka katika Sayansi ya Mimea, 13, uk. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.

Wang, J. na wengine. (2022) 'Maarifa ya kijinomia katika mageuzi ya muda mrefu kutoka kwa mkusanyiko wa genomu wa kiwango cha kromosomu na genomics ya idadi ya watu waliojiunga na longan',Utafiti wa Kilimo cha bustani, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.