Exclusive Agency for Korea

BMKCloud ingia

Bidhaa

Mpangilio wa DNA/RNA -Pacbio

DNA/RNA mpangilio -Pacbio Sequencer picha iliyoonyeshwa

Jukwaa la mpangilio wa Pacbio ni jukwaa la mpangilio wa muda mrefu, ambalo pia hujulikana kama moja ya teknolojia ya mpangilio wa kizazi cha tatu (TGS). Teknolojia ya msingi, wakati wa kweli wa molekuli (SMRT), inawezesha kizazi cha kusomwa na makumi ya msingi wa kilo kwa urefu. Kwa msingi wa "mpangilio-na-synthesis", azimio moja la nucleotide linapatikana na sifuri-mode WaveGuide (ZMW), ambapo kiwango kidogo tu chini (tovuti ya muundo wa molekuli), imeangaziwa. Kwa kuongezea, mpangilio wa SMRT kwa kiasi kikubwa huepuka upendeleo maalum katika mfumo wa NGS, kwa kuwa hatua nyingi za kukuza PCR hazihitajiki katika mchakato wa ujenzi wa maktaba.

Jukwaa: Sequel II, Revio

Wasiliana nasi

Maelezo ya huduma

Matokeo ya Demo

Vipengee

Njia mbili za mpangilio kwenye Pacbio Sequencer: Kuendelea Kusoma kwa muda mrefu (CLR) na makubaliano ya mviringo yaliyosomwa (CCS)

Njia ya kufuata

Saizi ya maktaba

Takwimu za kinadhariaMavuno (kwa kila seli)

Msingi mmojaUsahihi

Maombi

Clr

20kb, 30kb, nk.

80 GB hadi 130 GB

Takriban. 85%

De novo, SV wito, nk.

CCS

15-20 kb

14 hadi 40 GB/Kiini (Sequel II)

70 hadi 110 GB/Kiini (Revio)

Inategemea sampuli

Takriban. 99%

De novo, SNP/indel/SV wito, iso-seq,

Ulinganisho wa utendaji na huduma za Revio na Sequel II

Masharti	Mfumo wa II	Mfumo wa Revio	Ongezeko
Wiani wa juu	Zmws milioni 8	Zmws milioni 25	3x
Hatua za kujitegemea	1	4	4x
Nyakati fupi za kukimbia	Masaa 30	Masaa 24	1.25x
30x hifi genomes ya binadamu / mwaka	88	1,300	15x jumla

Faida za huduma

● Uzoefu zaidi ya miaka 8 kwenye jukwaa la mpangilio wa Pacbio na maelfu ya miradi iliyofungwa na spishi anuwai.

● Imewekwa kikamilifu na majukwaa ya hivi karibuni ya mpangilio wa Pacbio, Revio ili kuhakikisha upangaji wa kutosha wa mpangilio.

● Wakati wa kugeuza haraka, mavuno ya data ya juu na data sahihi zaidi.

● Imechangia katika mamia ya machapisho ya msingi wa Pacbio.

Mahitaji ya mfano

Aina ya mfano

Kiasi

Mkusanyiko （Qubit ®）

Kiasi

Usafi

Wengine

DNA ya genomic

Inategemea mahitaji ya data

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280 = 1.7-2.2;
OD260/230 = 1.8-2.5 ；
Wazi kilele saa 260 nm,Hakuna uchafu

Mkusanyiko unahitaji kupimwa na qubit na qubit/nanopore = 0.8-2.5

Jumla ya RNA

≥1.2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280 = 1.7-2.5;
OD260/230 = 0.5-2.5 ；Hakuna uchafu

Thamani ya RIN ≥7.5

5≥28s/18s≥1

Utiririshaji wa huduma

Utayarishaji wa mfano

Ujenzi wa maktaba

Mpangilio

Uchambuzi wa data

Uwasilishaji wa Mradi

Zamani: Huduma ya Utaratibu wa Mtengenezaji wa OEM mRNA-Muda mrefu usio na mpangilio

Ifuatayo: Maktaba za Illumina zilizotengenezwa hapo awali

1.in mavuno ya data ya nyumba

Takwimu zinazozalishwa kutoka seli 63 za CCS (kutoka spishi 26)

Takwimu-Pacbio-CCS-15 KB	Wastani	Max	Min	Kati
Mazao - Subreads (GB)	421.12	544.27	221.38	426.58
Yiled - CCS (GB)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polymerase N50	145,651	175,430	118,118	144,689
Subreads n50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
Wastani wa urefu wa polymerase	67,995	89,379	49,664	66,433
Wastani wa Urefu wa Urefu	15,866	21,036	11,657	16,012
Wastani wa urefu wa CC	14,489	19,074	8,575	14,655

Takwimu zinazozalishwa kutoka kwa seli 16 za CLR (kutoka spishi 76)

Data-pacbio-clr-30kb	Wastani	Max	Min	Kati
Mazao - Subreads (GB)	142.20	291.40	50.55	142.49
Polymerase N50	39,456	121,191	15,389	35,231
Subreads n50	28,490	41,012	14,430	29,063
Wastani wa urefu wa polymerase	22,063	48,886	8,747	21,555
Wastani wa Urefu wa Urefu	17,720	27,225	8,293	17,779

2.Data QC - DemoTakwimu juu ya mavuno ya data

Mfano	CCS inasoma NUM	Jumla ya besi za CCS (BP)	CCS inasoma N50 (BP)	CCS inamaanisha urefu (BP)	CCS Long Soma (BP)	Misingi ya Subreads (BP)	Kiwango cha CCS (%)
Pb_bmkxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27