Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Ingia

Bidhaa

Mpangilio wa urefu wa mRNA -PacBio

Upangaji wa urefu kamili wa mRNA -Picha Iliyoangaziwa ya PacBio

Ingawa mpangilio wa mRNA unaotegemea NGS ni zana inayoweza kutumika nyingi ya kukadiria usemi wa jeni, utegemezi wake katika usomaji mfupi huzuia matumizi yake katika uchanganuzi changamano wa maandishi. Kwa upande mwingine, mpangilio wa PacBio (Iso-Seq) hutumia teknolojia iliyosomwa kwa muda mrefu, kuwezesha mpangilio wa nakala za urefu kamili za mRNA. Mbinu hii hurahisisha uchunguzi wa kina wa uunganishaji mbadala, uunganishaji wa jeni, na uunganishaji wa aina nyingi. Hata hivyo, kuna chaguo nyingine za ukadiriaji wa usemi wa jeni kutokana na kiasi kikubwa cha data kinachohitajika. Teknolojia ya upangaji ya PacBio inategemea mpangilio wa molekuli moja, wakati halisi (SMRT), kutoa faida tofauti katika kunasa nakala za urefu kamili za mRNA. Mbinu hii ya kibunifu inahusisha kutumia miongozo ya mawimbi ya modi sifuri (ZMWs) na visima vilivyotengenezwa kwa umbo dogo ambavyo huwezesha uchunguzi wa wakati halisi wa shughuli ya polimerasi ya DNA wakati wa mfuatano. Ndani ya hizi ZMWs, polimerasi ya DNA ya PacBio inaunganisha safu ya ziada ya DNA, na kutoa usomaji mrefu ambao unachukua nakala zote za mRNA. Uendeshaji wa PacBio katika hali ya Mfuatano wa Makubaliano ya Mduara (CCS) huongeza usahihi kwa kupanga tena na tena molekuli sawa. Usomaji wa HiFi uliozalishwa una usahihi unaolinganishwa na NGS, unaochangia zaidi katika uchanganuzi wa kina na wa kuaminika wa vipengele changamano vya nakala.

Jukwaa: PacBio Sequel II; PacBio Revio

Wasiliana Nasi

Maelezo ya Huduma

Bioinformatics

Matokeo ya Onyesho

Machapisho Yanayoangaziwa

Vipengele

● Usanisi wa cDNA kutoka poly-A mRNA ikifuatiwa na utayarishaji wa maktaba

● Kupanga katika modi ya CCS, kutengeneza usomaji wa HiFi

● Mpangilio wa manukuu ya urefu kamili

● Uchambuzi hauhitaji jenomu ya marejeleo; hata hivyo, inaweza kuajiriwa

● Uchanganuzi wa habari za kibiolojia huwezesha uchanganuzi wa nakala za isoform lncRNA, muunganisho wa jeni, uunganishaji wa aina nyingi na muundo wa jeni.

Faida za Huduma

●Usahihi wa Juu: HiFi inasoma kwa usahihi >99.9% (Q30), kulinganishwa na NGS

● Uchanganuzi Mbadala wa Kuunganisha: mpangilio wa nakala zote huwezesha utambulisho wa isoform na uainishaji

●Utaalamu wa Kina: kwa rekodi ya kukamilisha zaidi ya miradi 1100 ya nakala ya PacBio ya urefu kamili na kuchakata zaidi ya sampuli 2300, timu yetu huleta uzoefu mwingi kwa kila mradi.

●Usaidizi wa Baada ya Mauzo: Ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha huduma cha miezi 3 baada ya kuuza. Katika wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.

Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji

Maktaba

Mkakati wa mpangilio

Data iliyopendekezwa

Udhibiti wa Ubora

Maktaba ya PolyA iliyoboresha mRNA CCS

Muendelezo wa PacBio II

PacBio Revio

20/40 Gb

5/10 M CCS

Q30≥85%

Mahitaji ya Sampuli:

Nucleotides:

● Mimea:

Mizizi, shina au petal: 450 mg

Majani au Mbegu: 300 mg

Matunda: 1.2 g

● Mnyama:

Moyo au utumbo: 300 mg

Viscera au Ubongo: 240 mg

Misuli: 450 mg

Mifupa, Nywele au Ngozi: 1g

● Arthropoda:

Wadudu: 6g

Crustacea: 300 mg

● Damu nzima: bomba 1

● Seli: 10⁶seli

Conc.(ng/μl)

Kiasi (μg)

Usafi

Uadilifu

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Uchafuzi wa protini au DNA umepunguzwa au haujaonyeshwa kwenye jeli.

Kwa mimea: RIN≥7.5;

Kwa wanyama: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

mwinuko mdogo au hakuna msingi

Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa

Chombo: 2 ml centrifuge tube (bati foil haifai)

Sampuli ya kuweka lebo: Kundi+ kunakili mfano A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Usafirishaji:

1. Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kuingizwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.

2. Mirija ya RNAstable: Sampuli za RNA zinaweza kukaushwa kwenye mirija ya kusawazisha ya RNA (km RNAstable®) na kusafirishwa kwenye joto la kawaida.

Mtiririko wa Kazi ya Huduma

Muundo wa majaribio

Utoaji wa sampuli

Uchimbaji wa RNA

Ujenzi wa maktaba

Kufuatana

Uchambuzi wa data

Huduma za baada ya kuuza

Iliyotangulia: Mpangilio wa mRNA wa yukariyoti-NGS

Inayofuata: Upangaji wa Urefu Kamili wa mRNA-Nanopore

Inajumuisha uchambuzi ufuatao:

● Udhibiti wa ubora wa data ghafi

● Uchambuzi Mbadala wa Polyadenylation (APA)

● Uchanganuzi wa manukuu ya muunganisho

● Uchanganuzi Mbadala wa Kuunganisha

● Uchanganuzi wa Kulinganisha wa Orthologi za Nakala Moja ya Universal (BUSCO).

● Uchambuzi wa manukuu ya riwaya: ubashiri wa mfuatano wa usimbaji (CDS) na ufafanuzi wa utendaji

● Uchambuzi wa lncRNA: ubashiri wa lncRNA na malengo

● Kitambulisho cha MicroSatelite (SSR)

Uchambuzi wa BUSCO

Uchanganuzi Mbadala wa Kuunganisha

Uchambuzi Mbadala wa Polyadenylation (APA)

Ufafanuzi wa kiutendaji wa nakala za riwaya

Gundua maendeleo yanayowezeshwa na huduma za mpangilio kamili za mRNA za BMKGene za Nanopore katika chapisho hili lililoangaziwa.

Ma, Y. na wengine. (2023) 'Uchambuzi linganishi wa mbinu za mpangilio wa PacBio na ONT RNA kwa utambuzi wa sumu ya Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Chao, Q. et al. (2019) 'Mienendo ya ukuzaji wa nakala ya shina la Populus', Jarida la Baiolojia ya Mimea, 17(1), uk. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.

Deng, H. et al. (2022) 'Mabadiliko Makubwa katika Maudhui ya Asidi ya Ascorbic wakati wa Ukuzaji wa Matunda na Uvunaji wa Actinidia latifolia (Zao la Matunda lenye Utajiri wa Ascorbate) na Mbinu Zilizounganishwa za Molekuli', Jarida la Kimataifa la Sayansi ya Molekuli, 23(10), uk. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.

Hua, X. et al. (2022) 'Utabiri mzuri wa jeni za njia ya kibayolojia inayohusika katika polyphyllins hai huko Paris polyphylla', Biolojia ya Mawasiliano 2022 5:1, 5(1), uk. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.

Liu, M. na wenzake. (2023) 'PacBio Iso-Seq pamoja na Illumina RNA-Seq Uchambuzi wa Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome na Cytochrome P450 Genes', Wadudu, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.

Wang, Lijun na wengine. (2019) 'Utafiti wa uchangamano wa nukuu kwa kutumia uchanganuzi wa wakati halisi wa PacBio pamoja na mpangilio wa Illumina RNA kwa ufahamu bora wa usanisi wa asidi ya ricinoleic katika Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), ukurasa wa 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.