Uchambuzi wa mgawanyiko ulio na nguvu
Faida za huduma
Takagi et al., Jarida la Mimea, 2013
● Ujanibishaji sahihi: Kuchanganya bulks na watu 30+30 hadi 200+200 ili kupunguza kelele ya nyuma; Utabiri wa Mgombea usiojulikana wa Mgombea wa Mkoa wa Mutatants.
● Uchambuzi kamili: Maelezo ya kina ya kazi ya jeni, pamoja na NR, SwissProt, Nenda, KEGG, COG, KOG, nk.
● Wakati wa kubadilika haraka: Ujanibishaji wa jeni wa haraka ndani ya siku 45 za kazi.
● Uzoefu wa kina: BMK imechangia katika maelfu ya ujanibishaji wa sifa, kufunika spishi tofauti kama mazao, bidhaa za majini, msitu, maua, matunda, nk.
Uainishaji wa huduma
Idadi ya watu:
Kutenganisha kizazi cha wazazi na phenotypes zinazopingana.
EG F2 kizazi, Kurudisha nyuma (BC), mstari wa ndani wa ndani (RIL)
Kuchanganya dimbwi
Kwa sifa za ubora: watu 30 hadi 50 (kiwango cha chini 20)/wingi
Kwa tratis ya kiwango cha juu: watu 5% hadi 10% walio na phenotypes zilizokithiri katika idadi ya watu (kiwango cha chini 30+30).
Iliyopendekezwa ya mpangilio wa kina
Angalau 20x/mzazi na 1x/mtu binafsi (kwa mfano kwa dimbwi la mchanganyiko wa watoto 30+30, kina cha mpangilio kitakuwa 30x kwa wingi)
Bioinformatics inachambua
● Kuongeza tena genome
● Usindikaji wa data
● SNP/Indel wito
● Uchunguzi wa Mkoa wa Mgombea
● Mshindi wa kazi ya jeni
Mahitaji ya sampuli na utoaji
Mahitaji ya mfano:
Nyuklia:
| Sampuli ya GDNA | Sampuli ya tishu |
| Mkusanyiko: ≥30 ng/μl | Mimea: 1-2 g |
| Kiasi: ≥2 μg (volumn ≥15 μl) | Wanyama: 0.5-1 g |
| Usafi: OD260/280 = 1.6-2.5 | Damu nzima: 1.5 ml |
Mtiririko wa kazi ya huduma
Ubunifu wa majaribio
Uwasilishaji wa mfano
Uchimbaji wa RNA
Ujenzi wa maktaba
Mpangilio
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
1.Usanifu wa uchambuzi wa msingi wa umbali wa Euclidean (ED) kutambua mkoa wa mgombea. Katika takwimu ifuatayo
X-axis: nambari ya chromosome; Kila dot inawakilisha thamani ya ED ya SNP. Mstari mweusi unahusiana na thamani ya ED iliyowekwa. Thamani ya juu ya ED inaonyesha ushirika muhimu zaidi kati ya Tovuti na phenotype. Mstari mwekundu unawakilisha kizingiti cha chama muhimu.
Uchambuzi wa Ushirikiano kwa msingi wa SNP-index
X-axis: nambari ya chromosome; Kila dot inawakilisha thamani ya index ya SNP. Mstari mweusi unasimama kwa thamani ya SNP-index. Thamani kubwa ni, chama ni muhimu zaidi.
Kesi ya BMK
Tabia kuu ya athari ya kiwango cha athari ya FNL7.1 inasimamia protini nyingi za kiinitete zinazohusiana na urefu wa shingo ya matunda kwenye tango
Imechapishwa: Jarida la Baiolojia ya Panda, 2020
Mkakati wa Kuweka:
Wazazi (Jin5-508, YN): genome nzima inayojitokeza kwa 34 × na 20 ×.
Mabwawa ya DNA (50 yenye urefu na 50 na fupi-fupi): inajumuisha tena kwa 61 × na 52 ×
Matokeo muhimu
Katika utafiti huu, idadi ya watu wanaotenganisha (F2 na F2: 3) ilitolewa kwa kuvuka mstari wa tango la muda mrefu Jin5-508 na shingo fupi yn. Mabwawa mawili ya DNA yalijengwa na watu 50 wenye shingo ndefu na watu 50 wenye shingo fupi. QTL ya athari kubwa iligunduliwa kwenye CHR07 na uchambuzi wa BSA na ramani ya jadi ya QTL. Kanda ya mgombea ilipunguzwa zaidi na ramani nzuri, maelezo ya jeni na majaribio ya transgenic, ambayo yalifunua jeni muhimu katika kudhibiti urefu wa shingo, CSFNL7.1. Kwa kuongezea, polymorphism katika mkoa wa ukuzaji wa CSFNL7.1 ilipatikana kuhusishwa na usemi unaolingana. Mchanganuo zaidi wa phylogenetic ulipendekeza kwamba locus ya FNL7.1 ina uwezekano mkubwa wa kutoka India.
 Ramani ya QTL katika uchambuzi wa BSA ili kubaini mkoa wa mgombea unaohusishwa na urefu wa shingo ya tango |  Profaili za LOD za QTL ya urefu wa tango iliyotambuliwa kwenye CHR07 |
Xu, X., et al. "Tabia kuu ya athari ya athari ya kawaida ya FNL7.1 hufunga protini nyingi za kiinitete zinazohusiana na urefu wa shingo ya matunda kwenye tango." Jarida la Biotechnology 18.7 (2020).
