BMKMANU S3000_SPATIAL TRANCRIPTOME
BMKMANU S3000 Mpango wa Ufundi wa Spoti
Vipengee
- Azimio: 3.5 µm
- kipenyo cha doa: 2.5 µm
- Idadi ya matangazo: takriban milioni 4
- 3 Fomati za eneo linalowezekana: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm au 15 mm * 20 mm
- Kila bead ya barcoded imejaa primers zilizo na sehemu 4:
• Mkia wa aina nyingi (DT) kwa priming ya mRNA na muundo wa cDNA,
• Kitambulisho cha kipekee cha Masi (UMI) kusahihisha upendeleo wa kukuza
• Barcode ya anga
• Kufunga mlolongo wa sehemu ya kusoma 1 ya mpangilio
- H&E na madoa ya fluorescent ya sehemu
- Uwezo wa kutumia Teknolojia ya Sehemu ya Kiini: Ujumuishaji wa Madoa ya H&E, Madoa ya Fluorescent, na Utaratibu wa RNA ili kuamua mipaka ya kila seli na kupeana kwa usahihi kujieleza kwa kila seli. Kusindika uchambuzi wa chini wa spoti kulingana na bin ya seli.
- Inawezekana kufikia Uchambuzi wa Azimio la Multilevel: Uchambuzi rahisi wa ngazi nyingi kutoka 100um hadi 3.5 UM ili kutatua sifa tofauti za tishu katika azimio bora.
Manufaa ya BMKMANU S3000
-Mara mbili ya matangazo ya kukamata hadi milioni 4: na azimio bora la 3.5 Um, na kusababisha katika jeni la juu na ugunduzi wa UMI kwa seli. Hii inasababisha kuboresha nguzo za seli kulingana na maelezo mafupi, na maelezo mazuri ambayo yanafanana na muundo wa tishu.
- Azimio ndogo ya seli:Kila eneo la kukamata lilikuwa na matangazo ya barcoded milioni 2 na kipenyo cha 2.5 µm na nafasi ya 5 µm kati ya vituo vya doa, kuwezesha uchambuzi wa maandishi ya anga na azimio ndogo ya seli (5 µm).
-Mchanganuo wa azimio la ngazi nyingi:Uchambuzi rahisi wa kiwango cha aina nyingi kutoka 100 μM hadi 5 μM ili kutatua huduma tofauti za tishu katika azimio bora.
-Uwezo wa kutumia teknolojia ya sehemu ya "tatu katika slaidi":Kuchanganya Madoa ya Fluorescence, Madoa ya H&E, na mpangilio wa RNA kwenye slaidi moja, algorithm yetu ya "tatu-in-one" inawezesha kitambulisho cha mipaka ya seli kwa maandishi ya baadaye ya msingi wa seli.
-Sambamba na majukwaa mengi ya mpangilio: NG na mpangilio wa kusoma kwa muda mrefu unapatikana.
-Ubunifu rahisi wa eneo la kukamata kazi 1-8: saizi ya eneo la kukamata ni rahisi, ikiwezekana kutumia fomati 3 (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm na 15 mm * 20 mm)
-Huduma ya kusimamisha moja: inajumuisha uzoefu wote na hatua za msingi wa ustadi, pamoja na sehemu ya cryo, madoa, utaftaji wa tishu, barcoding ya anga, utayarishaji wa maktaba, mpangilio, na bioinformatics.
-Matokeo kamili ya bioinformatics na watumiaji wa matokeo:Kifurushi ni pamoja na uchambuzi wa 29 na takwimu 100 za ubora wa juu, pamoja na utumiaji wa programu iliyotengenezwa ya Inhouse ili kuibua na kubadilisha mgawanyiko wa seli na nguzo za doa.
-Uchambuzi wa data uliobinafsishwa na taswira: Inapatikana kwa maombi tofauti ya utafiti
-Timu ya ufundi yenye ujuzi sana: Pamoja na uzoefu katika aina zaidi ya 250 za tishu na spishi 100+ pamoja na binadamu, panya, mamalia, samaki na mimea.
-Sasisho za wakati halisi kwenye mradi mzima: na udhibiti kamili wa maendeleo ya majaribio.
-Uchambuzi wa pamoja wa hiari na mlolongo wa seli moja mRNA
Uainishaji wa huduma
| Mahitaji ya mfano | Maktaba | Mkakati wa mpangilio | Takwimu zilizopendekezwa | Udhibiti wa ubora |
| Sampuli za Cryo-zilizoingizwa za Oct (Kipenyo bora: takriban. 6 × 6 × 6 mm³) Vitalu 2 kwa sampuli 1 kwa majaribio, 1 kwa chelezo | Maktaba ya S3000 cDNA | Illumina PE150 | 160k PE inasoma kwa 100υm (250 GB) | Rin> 7 |
Kwa maelezo zaidi juu ya mwongozo wa maandalizi ya mfano na utiririshaji wa huduma, tafadhali jisikie huru kuzungumza na aMtaalam wa BMKGENE
Mtiririko wa kazi ya huduma
Katika awamu ya utayarishaji wa mfano, jaribio la uchimbaji wa RNA ya kwanza linafanywa ili kuhakikisha kuwa RNA ya hali ya juu inaweza kupatikana. Katika hatua ya uboreshaji wa tishu sehemu hizo zimebadilishwa na kuonyeshwa na hali ya upenyezaji wa kutolewa kwa mRNA kutoka kwa tishu huboreshwa. Itifaki iliyoboreshwa basi inatumika wakati wa ujenzi wa maktaba, ikifuatiwa na mpangilio na uchambuzi wa data.
Utiririshaji kamili wa huduma unajumuisha sasisho za wakati halisi na uthibitisho wa mteja ili kudumisha kitanzi cha majibu ya msikivu, kuhakikisha utekelezaji wa mradi laini.
Takwimu zinazozalishwa na BMKMANU S3000 zinachambuliwa kwa kutumia programu "BSTMatrix", ambayo imeundwa kwa uhuru na BMKGENE, ikitoa kiwango cha seli na matrix ya gene ya azimio la multilevel. Kutoka hapo, ripoti ya kawaida hutolewa ambayo ni pamoja na udhibiti wa ubora wa data, uchambuzi wa mfano wa ndani na uchambuzi wa kikundi.
- Udhibiti wa ubora wa data:
- Pato la data na usambazaji wa alama ya ubora
- Ugunduzi wa jeni kwa kila doa
- chanjo ya tishu
- Uchambuzi wa mfano wa ndani:
- Utajiri wa jeni
- Spot nguzo, pamoja na uchambuzi wa mwelekeo uliopunguzwa
- Uchambuzi wa kujieleza tofauti kati ya nguzo: kitambulisho cha jeni la alama
- Maelezo ya kazi na utajiri wa jeni la alama
- Uchambuzi wa kikundi
-Kuchanganya tena kwa matangazo kutoka kwa sampuli zote mbili (kwa mfano. Wagonjwa na kudhibiti) na nguzo tena
- Utambulisho wa jeni la alama kwa kila nguzo
- Maelezo ya kazi na utajiri wa jeni la alama
- Tofauti ya kujieleza ya nguzo moja kati ya vikundi
Kwa kuongezea, BMKGENE iliendeleza "BSTViewer" ni zana inayopendeza ya watumiaji ambayo inamwezesha mtumiaji kuibua kujieleza kwa jeni na nguzo za doa katika maazimio tofauti.
BMKGENE inatoa huduma za utaftaji wa anga kwa azimio sahihi la seli moja (kulingana na bin ya seli au bin ya mraba ya multilevel kutoka 100um hadi 3.5um).
Takwimu za maelezo ya anga kutoka kwa sehemu za tishu kwenye slide ya S3000 iliyofanywa vizuri kama ilivyo hapo chini.
Uchunguzi wa 1: Ubongo wa panya
Uchambuzi wa sehemu ya ubongo wa panya na S3000 ilisababisha kitambulisho cha seli ~ 94 000, na mpangilio wa wastani wa jeni ~ 2000 kwa seli. Azimio lililoboreshwa la UM 3.5 lilisababisha nguzo ya kina ya seli kulingana na muundo wa maandishi, na nguzo za seli zinaiga miundo ya tofauti ya ubongo. Hii inazingatiwa kwa urahisi kwa kuibua usambazaji wa seli zilizounganishwa kama oligodendrocyte na seli za microglia, ambazo karibu ziko katika kijivu na nyeupe, mtawaliwa.
Uchunguzi wa 2: kiinitete cha panya
Uchambuzi wa sehemu ya kiinitete cha panya na S3000 ilisababisha kitambulisho cha seli ~ 2200 000, na mpangilio wa wastani wa jeni ~ 1600 kwa seli. Azimio lililoboreshwa la 3.5 UM lilisababisha nguzo za kina za seli kulingana na mifumo ya maandishi, na nguzo 12 katika eneo la jicho na vikundi 28 katika eneo la ubongo.
Uchambuzi wa mfano wa ndani wa nguzo:
Kitambulisho cha jeni la alama na usambazaji wa anga:
-Azimio la juu la seli ndogo: Ikilinganishwa na slaidi ya S1000, kila eneo la kukamata la S3000 lilikuwa na matangazo ya barcoded milioni 4 na kipenyo cha 2,5 µm na umbali wa 3.5 µm kati ya vituo vya doa, kuwezesha uchambuzi wa maandishi ya anga na azimio la juu la seli ndogo (Bin ya mraba: 3.5 µm).
- Ufanisi wa juu wa kukamata: Ikilinganishwa na slide ya S1000, ongezeko la wastani kutoka 30% hadi 70%, ongezeko la wastani kutoka 30% hadi 60%
Mpango wa S1000 Chip:
Mpango wa S3000 Chip:
