Nakala ya Spatial ya BMKMANU S1000
Mpango wa Kiufundi wa BMKMANU S1000
Vipengele
● Azimio: 5 µM
● Kipenyo cha Mahali: 2.5 µM
● Idadi ya nafasi: takriban Milioni 2
● Miundo 3 ya eneo linalowezekana la kunasa: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm au 15 mm * 20 mm
● Kila ushanga wenye barcode hupakiwa na vianzio vinavyojumuisha sehemu 4:
poly(dT) mkia kwa uanzishaji wa mRNA na usanisi wa cDNA
Kitambulishi cha Kipekee cha Molekuli (UMI) ili kurekebisha upendeleo wa ukuzaji
Msimbo pau wa anga
Mfululizo wa kisheria wa kitangulizi cha mpangilio 1 cha kusoma kwa sehemu
● Madoa ya H&E na fluorescent ya sehemu
● Uwezekano wa kutumiateknolojia ya mgawanyiko wa seli: ujumuishaji wa uwekaji madoa wa H&E, rangi ya umeme, na mpangilio wa RNA ili kubainisha mipaka ya kila seli na kugawa kwa usahihi usemi wa jeni kwa kila seli.
Faida za BMKMANU S1000
●Azimio la seli ndogo: Kila eneo la kunasa lilikuwa na Nafasi za > Misimbo milioni 2 za anga zenye kipenyo cha 2.5 µm na nafasi ya 5 µm kati ya vituo vya doa, kuwezesha uchanganuzi wa nukuu za anga na mwonekano mdogo wa seli (5 µm).
●Uchambuzi wa Azimio la ngazi nyingi:Uchanganuzi unaonyumbulika wa ngazi mbalimbali kuanzia 100 μm hadi 5 μm ili kutatua vipengele mbalimbali vya tishu kwa msongo bora zaidi.
●Uwezekano wa Kutumia Teknolojia ya Kutenganisha Seli ya “Tatu katika slaidi moja”:Kuchanganya uwekaji rangi wa fluorescence, upakaji wa rangi ya H&E, na mpangilio wa RNA kwenye slaidi moja, kanuni yetu ya uchanganuzi ya "tatu-kwa-moja" huwezesha utambuzi wa mipaka ya seli kwa nakala zinazofuata za msingi wa seli.
●Sambamba na Majukwaa mengi ya Kufuatana: NGS na mpangilio uliosomwa kwa muda mrefu unapatikana.
●Muundo Rahisi wa Eneo 1-8 la Kukamata Amilishi: Ukubwa wa eneo la kukamata ni rahisi, inawezekana kutumia fomati 3 (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm na 15 mm * 20 mm)
●Huduma ya kusimama moja: Inajumuisha hatua zote za uzoefu na ujuzi, ikiwa ni pamoja na kugawanyika kwa cryo, uwekaji madoa, uboreshaji wa tishu, uwekaji wa alama za anga, utayarishaji wa maktaba, mpangilio na bioinformatics.
●Bioinformatics Kina na Utazamaji Rafiki wa Mtumiaji wa Matokeo:kifurushi kinajumuisha uchanganuzi 29 na takwimu 100+ za ubora wa juu, pamoja na matumizi ya programu iliyotengenezwa ndani ya nyumba ili kuibua na kubinafsisha mgawanyiko wa seli na nguzo za doa.
●Uchambuzi na Taswira ya Data Iliyobinafsishwa: inapatikana kwa maombi tofauti ya utafiti
●Timu ya Ufundi yenye ujuzi wa hali ya juu: mwenye uzoefu katika zaidi ya aina 250 za tishu na spishi 100+ ikijumuisha binadamu, panya, mamalia, samaki na mimea.
●Masasisho ya Wakati Halisi kwenye Mradi Mzima: kwa udhibiti kamili wa maendeleo ya majaribio.
●Uchambuzi wa Hiari wa Pamoja na Mpangilio wa seli Moja ya mRNA
Vipimo vya huduma
|
Sampuli Mahitaji
| Maktaba |
Mkakati wa mpangilio
| Data ilipendekezwa | Udhibiti wa Ubora |
| Sampuli za cryo zilizopachikwa OCT, vitalu 3 kwa kila sampuli | Maktaba ya cDNA ya S1000 | Illumina PE150 (jukwaa zingine zinapatikana) | 100K PE usomaji kwa 100 uM (Gb 60-150) | RIN>7 |
Kwa maelezo zaidi kuhusu mwongozo wa maandalizi ya sampuli na mtiririko wa huduma, tafadhali jisikie huru kuzungumza na aBMKGENE mtaalam
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Katika awamu ya maandalizi ya sampuli, jaribio la awali la uchimbaji mwingi wa RNA hufanywa ili kuhakikisha kuwa RNA ya ubora wa juu inaweza kupatikana. Katika hatua ya uboreshaji wa tishu sehemu hutiwa madoa na kuonekana na hali ya upenyezaji wa kutolewa kwa mRNA kutoka kwa tishu huboreshwa. Itifaki iliyoboreshwa basi inatumika wakati wa ujenzi wa maktaba, ikifuatiwa na mpangilio na uchambuzi wa data.
Mtiririko kamili wa huduma unahusisha masasisho ya wakati halisi na uthibitisho wa mteja ili kudumisha kitanzi cha maoni kinachojibu, kuhakikisha utekelezaji wa mradi mzuri.
Data inayozalishwa na BMKMANU S1000 inachambuliwa kwa kutumia programu ya "BSTMatrix", ambayo imeundwa kwa kujitegemea na BMKGENE, ikitoa Gene Expression Matrix. Kuanzia hapo, ripoti ya kawaida inatolewa ambayo inajumuisha udhibiti wa ubora wa data, uchanganuzi wa sampuli ya ndani na uchanganuzi wa vikundi.
● Udhibiti wa Ubora wa Data:
Matokeo ya data na usambazaji wa alama za ubora
Utambuzi wa jeni kwa kila sehemu
Kufunika kwa tishu
● Uchambuzi wa sampuli ya ndani:
Utajiri wa jeni
Mkusanyiko wa doa, ikijumuisha uchanganuzi wa vipimo uliopunguzwa
Uchanganuzi tofauti wa usemi kati ya vikundi: utambulisho wa jeni za alama
Ufafanuzi wa kiutendaji na uboreshaji wa jeni za alama
● Uchambuzi wa vikundi mbalimbali:
Kuunganishwa upya kwa madoa kutoka kwa sampuli zote mbili (km. zenye magonjwa na udhibiti) na kuunganishwa tena
Utambulisho wa jeni za alama kwa kila nguzo
Ufafanuzi wa kiutendaji na uboreshaji wa jeni za alama
Usemi wa Tofauti wa nguzo moja kati ya vikundi
Zaidi ya hayo, BMKGENE ilitengeneza "BSTViewer" ni zana ambayo ni rafiki kwa mtumiaji ambayo humwezesha mtumiaji kuibua taswira ya usemi wa jeni na mikusanyiko ya doa katika maazimio tofauti.
BMKGene ilitengeneza programu ya taswira ya kirafiki ya mtumiaji
BSTViewer inakusanya nguzo katika ubora wa ngazi nyingi
BSTCellViewer: mgawanyiko wa seli moja kwa moja na mwongozo
Uchambuzi wa sampuli za ndani
Ukusanyaji wa doa:
Utambulisho wa jeni za alama na usambazaji wa anga:
Uchambuzi wa vikundi
Mchanganyiko wa data kutoka kwa vikundi vyote viwili na kikundi tena:
Jeni za alama za vikundi vipya:
Gundua maendeleo yanayowezeshwa na huduma za nakala za anga za BMKGene kwa teknolojia ya BMKManu S1000 katika chapisho hili lililoangaziwa:
Wimbo, X. et al. (2023) 'Manukuu ya anga hufichua seli za klorenkaima inayotokana na mwanga zinazohusika katika kukuza urejeshaji wa risasi kwenye nyanya',Kesi za Chuo cha Kitaifa cha Sayansi cha Merika la Amerika, 120(38), uk. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Wewe, Y. et al. (2023) 'Ulinganisho wa kimfumo wa njia za unukuzi wa anga kulingana na mpangilio',bioRxiv, uk. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
