Exclusive Agency for Korea

BMKCloud ingia

Bidhaa

16S/18S/mpangilio wake wa Amplicon-Pacbio

16S/18S/picha yake ya mpangilio wa Amplicon-Pacbio

Jeni la 16S na 18S rRNA, pamoja na mkoa wa ndani wa spacer (yake), hutumika kama alama muhimu za kuchapa vidole kwa sababu ya mchanganyiko wao wa mikoa iliyohifadhiwa na inayoweza kutofautisha, ikifanya kuwa zana muhimu kwa tabia ya viumbe vya prokaryotic na eukaryotic. Uboreshaji na mpangilio wa mikoa hii hutoa njia ya kutengwa ya kuchunguza muundo wa microbial na utofauti katika mazingira anuwai. Wakati mpangilio wa Illumina kawaida hulenga mikoa fupi inayoweza kufikiwa kama V3-V4 ya 16S na ITS1, imeonyeshwa kuwa maelezo ya juu ya ushuru yanaweza kufikiwa kwa kufuata urefu kamili wa 16S, 18S, na yake. Njia hii kamili husababisha asilimia kubwa ya mlolongo ulioainishwa kwa usahihi, kufikia kiwango cha azimio ambalo linaenea kwa kitambulisho cha spishi. Jukwaa la mpangilio wa wakati mmoja wa Pacbio (SMRT) linasimama kwa kutoa usomaji sahihi wa muda mrefu (HIFI) ambao hufunika amplicons za urefu kamili, zinazojumuisha usahihi wa mpangilio wa Illumina. Uwezo huu unaruhusu watafiti kupata faida isiyoweza kulinganishwa - maoni ya paneli ya mazingira ya maumbile. Jalada lililopanuliwa linainua sana azimio katika maelezo ya spishi, haswa ndani ya jamii za bakteria au kuvu, kuwezesha uelewa wa kina wa ugumu wa idadi ya watu.

Wasiliana nasi

Maelezo ya huduma

Bioinformatics

Matokeo ya Demo

Machapisho yaliyoangaziwa

Huduma za huduma

● Jukwaa la mpangilio: Pacbio Revio

● Njia ya mpangilio: CCS (HIFI inasoma)

● Uboreshaji wa mkoa wa lengo ikifuatiwa na kuunganisha tandem ya amplicons kabla ya maandalizi ya maktaba ya Hifi SMRT Bell

Faida za huduma

●Azimio la juu la ushuru: tUtaratibu wa Han Short-amplicon,kuwezesha viwango vya juu vya uainishaji wa OTU katika kiwango cha spishi.

●Kupiga simu kwa msingi sahihi: Njia ya Pacbio CCS (HIFI inasoma).

●Kutengwa-bure: Utambulisho wa haraka wa muundo wa microbial katika sampuli za mazingira.

●Inatumika sana: Masomo ya jamii ya microbial tofauti.

●Uchambuzi kamili wa bioinformatic: Kifurushi cha hivi karibuni cha QIIME2 (ufahamu wa kiwango cha ikolojia ya microbial) na uchambuzi tofauti katika suala la hifadhidata, maelezo, OTU/ASV.

●Utaalam mkubwa: Pamoja na maelfu ya miradi ya mpangilio wa Amplicon iliyofanywa kila mwaka, BMKgene inaleta zaidi ya muongo mmoja wa uzoefu, timu ya uchambuzi wenye ujuzi, yaliyomo kamili, na msaada bora wa baada ya mauzo.

Uainishaji wa huduma

Maktaba	Mkakati wa mpangilio	Takwimu zilizopendekezwa
Amplicon	Pacbio Revio	10/30/50 K tags (CCS)

Mahitaji ya mfano

Mkusanyiko (ng/µl)	Jumla ya kiasi (µg)	Kiasi (µl)
≥5	≥0.3	≥20

Uwasilishaji wa mfano uliopendekezwa

Fungia sampuli katika nitrojeni kioevu kwa masaa 3-4 na uhifadhi katika nitrojeni kioevu au -80 kwa uhifadhi wa muda mrefu. Usafirishaji wa sampuli na barafu kavu inahitajika.

Mtiririko wa kazi ya huduma

Uwasilishaji wa mfano

Ujenzi wa maktaba

Mpangilio

Uchambuzi wa data

Huduma za baada ya kuuza

Zamani: 16S/18S/Amplicon Sequenting-NGS yake

Ifuatayo: Assay ya chromatin inayopatikana kwa transposase na mpangilio wa juu wa kupita (ATAC-seq)

Ni pamoja na uchambuzi ufuatao:

● Udhibiti wa ubora wa data mbichi

● OTU Clustering/De-Noise (ASV)

● Maelezo ya OTU

● Uchambuzi wa utofauti wa Alpha: Faharisi nyingi, pamoja na Shannon, Simpson na Ace.

● Uchambuzi wa utofauti wa Beta

● Uchambuzi wa kikundi

● Uchambuzi wa uunganisho: kati ya sababu za mazingira na muundo wa nje na utofauti

● Utabiri wa jeni wa 16S

Historia ya usambazaji wa taxonomic

Mti wa usambazaji wa jamii phylogenetic

Uchambuzi wa Tofauti za Alfa: Ace

Kielelezo

Uchambuzi wa Tofauti za Beta: PCOA

Uchambuzi wa kikundi: ANOVA

Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za mpangilio wa BMKGENE's Amplicon na Pacbio kupitia mkusanyiko wa machapisho.

Gao, X. na Wang, H. (2023) 'Uchambuzi wa kulinganisha wa maelezo mafupi ya bakteria na kazi wakati wa kurekebisha na uvumbuzi tofauti (regreen dhidi ya nyasi) katika kondoo wa alpine merino na hatua mbili zinazokua kwenye meadow ya alpine', Fermentation, 9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 (9 1), p. 16. Doi: 10.3390/Fermentation9010016/s1.

Li, S. et al. . Doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. . 1487. Doi: 10.1002/jsfa.11482.

Yang, J. et al. . Katika mafadhaiko ya oxazolone yaliyosababishwa na oxidative katika zebrafish ya watu wazima ', antioxidants 2023, vol. 12, ukurasa 192, 12 (1), p. 192. Doi: 10.3390/antiox12010192.