Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Arbetsflöde
Tekniskt schema
Servicefunktioner
● Sekvensering på NovaSeq med PE150.
● Biblioteksförberedelser med dubbel streckkodning, vilket möjliggör sammanslagning av över 1000 prover.
● Denna teknik kan användas med eller utan ett referensgenom, med olika bioinformatiska pipelines för varje fall:
Med referensgenom: SNP och InDel upptäckt
Utan referensgenom: provklustring och SNP-upptäckt
● Ii silicomultipla restriktionsenzymkombinationer i pre-designstadiet screenas för att hitta de som genererar en enhetlig fördelning av SLAF-taggar längs genomet.
● Under förexperimentet testas tre enzymkombinationer i 3 prover för att generera 9 SLAF-bibliotek, och denna information används för att välja den optimala restriktionsenzymkombinationen för projektet.
Servicefördelar
●Upptäckt av hög genetisk markör: Integrering av ett dubbelt streckkodssystem med hög genomströmning möjliggör samtidig sekvensering av stora populationer, och lokusspecifik förstärkning förbättrar effektiviteten, vilket säkerställer att taggnummer uppfyller de olika kraven i olika forskningsfrågor.
● Lågt beroende av genomet: Det kan appliceras på arter med eller utan referensgenom.
●Flexibel schemadesign: Enkel-enzym, dubbel-enzym, multi-enzym matsmältning och olika typer av enzymer kan alla väljas för att tillgodose olika forskningsmål eller arter. Dei silicofördesign utförs för att säkerställa en optimal enzymdesign.
● Hög effektivitet i enzymatisk matsmältning: Ledningen av eni silicofördesign och ett förexperiment säkerställde optimal design med jämn fördelning av SLAF-taggar på kromosomen (1 SLAF-tagg/4Kb) och reducerad repetitiv sekvens (<5%).
●Omfattande expertis: Vårt team tillför en mängd erfarenhet till varje projekt, med en meritlista av att stänga över 5000 SLAF-Seq-projekt på hundratals arter, inklusive växter, däggdjur, fåglar, insekter och vattenlevande organismer.
● Egenutvecklat bioinformatiskt arbetsflöde: BMKGENE utvecklade ett integrerat bioinformatiskt arbetsflöde för SLAF-Seq för att säkerställa tillförlitligheten och noggrannheten hos den slutliga utmatningen.
Servicespecifikationer
| Typ av analys | Rekommenderad befolkningsskala | Sekvenseringsstrategi | |
| Djup av taggsekvensering | Taggnummer | ||
| Genetiska kartor | 2 föräldrar och >150 avkommor | Föräldrar: 20x WGS Offsping: 10x | Genomstorlek: <400 Mb: WGS rekommenderas <1 Gb: 100 000 taggar 1-2Gb:: 200K taggar >2Gb: 300K taggar Max 500 000 taggar |
| Genome-Wide Association Studies (GWAS) | ≥200 prover | 10x | |
| Genetisk evolution | ≥30 prover, med >10 prover från varje undergrupp | 10x | |
Servicekrav
Koncentration ≥ 5 ng/µL
Total mängd ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Agarosgel: ingen eller begränsad nedbrytning eller kontaminering
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör
(För de flesta av proverna rekommenderar vi att inte konservera i etanol)
Provmärkning: Proverna måste vara tydligt märkta och identiska med det inlämnade provinformationsformuläret.
Försändelse: Torris: Proverna måste först packas i påsar och grävas ner i torris.
Service arbetsflöde
Prov QC
Pilotexperiment
SLAF-experiment
Biblioteksförberedelser
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
Innehåller följande analys:
- Sekvenseringsdata QC
- SLAF-taggutveckling
Kartläggning till referensgenom
Utan referensgenom: klustring
- Analys av SLAF-taggar.: statistik, fördelning över genomet
- Markörupptäckt: SNP, InDel, SNV, CV-anrop och anteckning
Fördelning av SLAF-taggar på kromosomer:
Fördelning av SNP på kromosomer:
SNP-anteckning
| År | Tidning | IF | Titel | Ansökningar |
| 2022 | Naturkommunikation | 17,694 | Genomisk grund för giga-kromosomerna och giga-genomet hos trädpionen Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Ny fytolog | 7,433 | Domesticeringsfotspår förankrar genomiska regioner av agronomisk betydelse i sojabönor | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Genomomfattande artificiella intrång av Gossypium barbadense i G. hirsutum avslöjar överlägsna ställen för samtidig förbättring av bomullsfiberkvalitet och -utbyte egenskaper | SLAF-Evolutionär genetik |
| 2019 | Molekylär växt | 10,81 | Populationsgenomisk analys och De Novo Assembly avslöjar ursprunget till Weedy Ris som ett evolutionärt spel | SLAF-Evolutionär genetik |
| 2019 | Naturgenetik | 31,616 | Genomsekvens och genetisk mångfald hos den vanliga karpen, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage karta |
| 2014 | Naturgenetik | 25,455 | Genomet av odlad jordnöt ger insikt i baljväxtkaryotyper, polyploida evolution och odling av grödor. | SLAF-Linkage karta |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9,803 | Identifiering av ST1 avslöjar ett urval som involverar lifting av frömorfologi och oljeinnehåll under sojaböntämning | SLAF-Marker utveckling |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6,208 | Identifiering och utveckling av DNA-markörer för en Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomisk kromosomsubstitution | SLAF-Marker utveckling |
| År | Tidning | IF | Titel | Ansökningar |
| 2023 | Gränser inom växtvetenskap | 6,735 | QTL-kartläggning och transkriptomanalys av sockerhalt under fruktmognad av Pyrus pyrifolia | Genetisk karta |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8,154 | Identifiering av ST1 avslöjar ett urval som involverar lifting av frömorfologi och oljeinnehåll under sojaböntemering
| SNP ringer |
| 2022 | Gränser inom växtvetenskap | 6,623 | Genome-Wide Association Mapping of Hulless Barely Phenotypes in Drought Environment.
| GWAS |
