Enkärnor RNA-sekvensering
Teknisk system
Isolering av kärnor uppnås med 10 × genomics Chromium ™, som består av åtta-kanals mikrofluidiksystem med dubbla korsningar. I detta system är en gelpärlor med streckkoder och primer, enzymer och en enda kärna inkapslade i nanoliter-storlek oljedropp, vilket genererar gelpärla-i-emulsion (GEM). När pärla har bildats utförs celllys och frisättning av streckkoder i varje pärla. mRNA transkriberas omvänd till cDNA -molekyler med 10 x streckkoder och UMI, som vidare är föremål för standard sekvenseringsbibliotekskonstruktion.
Drag
● Förberedelse av enkel-nuklei-suspension från frysta vävnader
● Bildning av gelpärla-i-emulsion (GEM) följt av cDNA-syntes
● Varje pärla i en pärla är laddad med primrar bestående av 4 sektioner:
Poly (DT) svans för mRNA -priming och cDNA -syntes,
Unik molekylär identifierare (UMI) för att korrigera förstärkningsförspänning
10x streckkod
Bindningssekvens för partiell läsning 1 sekvenseringsprimer
Fördelar
En-nukleus-RNA-sekvensering kringgår begränsningarna för encells-RNA-sekvensering, vilket möjliggör:
● Användningen av frysta prover och inte bara begränsade till färska prover
● Låg stress av frysta celler jämfört med enzymatisk behandling av färska celler, återspeglas i transkriptomdata i form av mindre stressinducerade gener
● Inget behov av förhandsborttagning av röda blodkroppar
● Obegränsad celldiameter
● Stora utbud av prover som är berättigade till analys, inklusive komplexa och bräckliga vävnadstyper som är benägna att cellklumpa eller förstöra under vävnadsdissociation
Prover som inte kan analyseras genom encells-RNA-sekvensering och är berättigade till enstaka kärnor RNA-sekvensering:
| Cell / vävnad | Resonera |
| Fryst fryst vävnad | Det går inte att få färska eller långbosatta organisationer |
| Muskelcell, megakaryocyt, fett ... | Celldiametern är för stor för att komma in i instrumentet |
| Lever… | För ömtåligt för att bryta, inte kan skilja enstaka celler |
| Neuroncell, hjärna ... | Mer känslig, lätt att stressa, kommer att ändra sekvenseringsresultaten |
| Bukspottkörtel, sköldkörtel ... | Rik på endogena enzymer, som påverkar produktionen av enkelcellsuspension |
En-nukleus vs enkelcell
| Enfjädrande | Encell |
| Obegränsad celldiameter | Celldiameter: 10-40 μm |
| Materialet kan vara fryst vävnad | Materialet måste vara färsk vävnad |
| Låg stress av frysta celler | Enzymbehandling kan orsaka cellstressreaktion |
| Inga röda blodkroppar behöver tas bort | Röda blodkroppar måste tas bort |
| Kärnkraftsuttrycker bioinformation | Hela cellen uttrycker bioinformation |
Specifikationer
| Provkrav | Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data rekommenderas | Kvalitetskontroll |
| Djurvävnad ≥ 200 mg Växtvävnad ≥ 400 mg | 10x genomik SN cDNA -bibliotek | Illumina PE150 | 100k PE läser per cell (100-200 GB) | 700-1200 kärnor/μL och kärnkraftsintegritet observeras under mikroskop |
För mer information om exemplar för att förbereda vägledning och servicearbetsflöde, vänligen prata med enBmkgene expert
Servicearbetsflöde
Inkluderar följande analys:
● Kvalitetskontroll: Antal celler, gendetektering, exakt identifiering av celler, RNA -molekyler och expressionskvantifiering
● Inre provanalys:
Cellkluster och klusteranteckning
Differentialuttrycksanalys: Identifiering av DEG i kluster
Funktionell kommentar och anrikning av klusterreglering
● Inter-gruppanalys:
Datakombination
Differentialuttrycksanalys: Identifiering av DEG i grupper
Funktionell kommentar och anrikning av gruppdegs
● Avancerad analys:
Cellcykelanalys
Pseudotimeanalys
Cellkommunikationsanalys (cellfonedb)
Gene Set Enrichment Analys (GSEA)
Innerprovanalys
Cellkluster:
Differentialuttrycksanalys: kluster degs
Intergruppsanalys
Differentialuttrycksanalys: Grupp DEGS
Avancerad analys:
Pseudotime -analys:
Cellcykelanalys:
Utforska de framsteg som underlättas av BMKGenes enkel-nukleus RNA-sekvenseringstjänster med 10x krom i dessa presenterade publikationer:
Wang, L. et al. (2021) 'Enkelcells transkriptomisk analys avslöjar lunglandskapet i steroidresistent astmaförvärring',Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 118 (2), sid. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) 'Ett globalt regleringsnätverk för dysreglerad genuttryck och onormal metabolisk signalering i immunceller i mikromiljön i gravarnas sjukdom och hashimotos sköldkörtel',Frontiers in Immunology, 13, s. 879824. DOI: 10.3389/fimmu.2022.879824/bibtex.
Tian, H. et al. (2023) 'Enkelcellstranskriptom upptäcker heterogenitet och immunsvar från leukocyter efter vaccination med inaktiverad Edwardsiella Tarda i flundra (Paralichthys olivaceus)',Vattenbruk, 566, s. 739238. DOI: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) 'Fotodynamisk terapi förbättrar resultatet av immunkontrollhämmare via ombyggnad av anti-tumörimmunitet hos patienter med gastrisk cancer',Magcancer, 26 (5), s. 798–813. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/mätvärden.
