Reducerad representation Bisulfite Sekvensering (RRB)
Reducerad representation Bisulfite-sekvensering (RRB) har framkommit som ett kostnadseffektivt och effektivt alternativ till hela genombisulfit-sekvensering (WGBS) i DNA-metyleringsforskning. Medan WGB: er ger omfattande insikter genom att undersöka hela genomet vid en enda basupplösning, kan dess höga kostnader vara en begränsande faktor. RRB: er mildrar strategiskt denna utmaning genom att selektivt analysera en representativ del av genomet. Denna metod förlitar sig på anrikning av CPG-örika regioner genom MSPI-klyvning följt av storleksval av 200-500/600 bps fragment. Följaktligen sekvenseras endast regioner som är proximala till CPG -öar, medan de med avlägsna CPG -öar utesluts från analysen. Denna process, i kombination med bisulfit-sekvensering, möjliggör högupplösta detektion av DNA-metylering, och sekvenseringsmetoden, PE150, fokuserar specifikt på insatserna snarare än mitten, vilket ökar effektiviteten i metyleringsprofilering. RRBS är ett ovärderligt verktyg som möjliggör kostnadseffektiv DNA-metyleringsforskning och främjar kunskap om epigenetiska mekanismer.
Servicefunktioner
● Kräver ett referensgenom.
● Lambda DNA används för att övervaka bisulfitomvandlingseffektivitet.
● MSPI -matsmältningseffektiviteten övervakas också.
● Dubbel enzym matsmältning för växtprover.
● Sekvensering på Illumina Novaseq.
Servicefördelar
●Kostnadseffektivt och effektivt alternativ till WGBS: Aktivera analysen genomförs till en lägre kostnad och med lägre provkrav.
●Komplett plattform:Ge one-stop utmärkt service från provbehandling, bibliotekskonstruktion och sekvensering till bioinformatikanalys.
●Omfattande expertis: Med RRBS-sekvenseringsprojekt framgångsrikt genomförda över ett brett spektrum av arter, ger Bmkgene över ett decennium av erfarenhet, ett mycket skickligt analysteam, omfattande innehåll och utmärkt stöd efter försäljning.
Tjänstespecifikationer
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderad datautgång | Kvalitetskontroll |
| MSPI digererad och bisulfitbehandlad bibliotek | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Bisulfite -omvandling> 99% MSPI skärande effektivitet> 95% |
Provkrav
| Koncentration (ng/ul) | Totalt belopp (μg) |
| |
| Genomisk DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Begränsad nedbrytning eller förorening |
Servicearbetsflöde
Provleverans
Bibliotekskonstruktion
Sekvensering
Dataanalys
Efterförsäljningstjänster
Inkluderar följande analys:
● Rå sekvenseringskvalitetskontroll;
● Kartläggning till referensgenom;
● Detektion av 5 mc metylerade baser och motividentifiering;
● Analys av metyleringsfördelning och provjämförelse;
● Analys av differentiellt metylerade regioner (DMR);
● Funktionell kommentar av gener associerade med DMR.
Kvalitetskontroll: matsmältningseffektivitet (i genomkartläggning)
Kvalitetskontroll: Bisulfite -omvandling (i extraktion av metyleringsinfo)
Metyleringskarta: 5mc metylering genom hela distributionen
Exempeljämförelse: Huvudkomponentanalys
Differentiellt metylerade regioner (DMR) -analys: Värmekartan
Utforska forskningsframstegen som underlättas av BmkGenes hela genom Bisulfite -sekvenseringstjänster genom en kuraterad samling publikationer.
Li, Z. et al. (2022) 'Hög trofast omprogrammering till Leydig-liknande celler genom CRISPR-aktivering och paracrinfaktorer',PNAS NEXUS, 1 (4). doi: 10.1093/pnasnexus/pgac179.
Tian, H. et al. (2023) 'Genombrett DNA-metyleringsanalys av kroppssammansättning i kinesiska monozygotiska tvillingar',European Journal of Clinical Investigation, 53 (11), sid. E14055. doi: 10.1111/eci.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNA-metylering och midja-till-höft-förhållande: En epigenombredd associeringsstudie i kinesiska monozygotiska tvillingar',Journal of Endocrinological Investigation, 45 (12), s. 2365–2376. doi: 10.1007/s40618-022-01878-4.
