Prokaryot RNA -sekvensering
Drag
● RNA -provbearbetning involverade rRNA -utarmning följt av riktningsförberedelse av RNA -bibliotek.
● Bioinformatisk analys baserad på anpassning till ett referensgenom
● Analys inkluderar genuttryck och DEG men också transkriptstruktur och sRNA -analys
Servicefördelar
●Rigorös kvalitetskontroll: Vi implementerar kärnkontrollpunkter över alla steg, från prov- och biblioteksförberedelser till sekvensering och bioinformatik. Denna noggranna övervakning säkerställer leverans av resultat av hög kvalitet.
●Strandspecifik sekvenseringsdata: På grund av att RNA-bibliotekets förberedelse är riktad, vilket möjliggör identifiering av antisensutskrifter.
●Komplett analys anpassad till prokaryota transkriptomer: Den bioinformatiska rörledningen inkluderar inte bara analys av genuttrycket utan också analys av transkriptstrukturen, inklusive identifiering av operoner, UTR: er och promotorer. Det inkluderar också analys av SRNA, nämligen kommentarer och förutsägelse av sekundär struktur och mål.
●Stöd efter försäljning: Vårt åtagande sträcker sig utöver projektets slutförande med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningsassistans och Q & A-sessioner för att hantera eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data rekommenderas | Kvalitetskontroll |
| rRNA uttömt riktningsbibliotek | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Exempelkrav:
| Conc. (Ng/μl) | Belopp (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8-2,0 OD260/230 = 1,0-2,5 Begränsat eller inget protein- eller DNA -förorening visas på gel. | Rin≥6,5 |
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (tennfolie rekommenderas inte)
Provmärkning: grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Dry-Ice: Prover måste packas i påsar och begravas i torr-is.
2. RNAStable -rör: RNA -prover kan torkas i RNA -stabiliseringsrör (t.ex. RNASTABLE®) och levereras i rumstemperatur.
Servicearbetsflöde
Provleverans
Bibliotekskonstruktion
Sekvensering
Dataanalys
Efterförsäljningstjänster
Bioinformatisk analys av arbetsflöde
Inkluderar följande analys:
● Rå datakvalitetskontroll
● Justering till referensgenomet
● Bibliotekskvalitetsbedömning: RNA -fragmentering slumpmässighet, infoga storlek och sekvenseringsmättnad
● Funktionell kommentar av förutsagda kodningsgener
● Uttrycksanalys: Korrelation och huvudkomponentanalys (PCA)
● Differentialgenuttryck (DEG)
● Funktionell kommentar och anrikning av DEG
● SRNA -analys: Förutsägelse, kommentar, mål och sekundärstruktur förutsägelse
● Transkriptstrukturanalys: operoner, start- och slutpositioner, otranslated region (UTS), promotor och SNP/indelanalys
Sekvenseringsmättnad
Funktionell kommentar av kodande gener
Korrelation mellan prover
Differential Expressed Genes (DEGS) Analys
Funktionell anrikningsanalys
sRNA -kommentar
Utforska de framsteg som underlättas av BMKGenes nanopore mRNA-sekvenseringstjänster i full längd i denna presenterade publikation.
Guan, CP et al. (2018) 'Globala transkriptomförändringar av biofilmbildande Staphylococcus epidermidis svarar på totala alkaloider av Sophorea alopecuroides',Polsk tidskrift för mikrobiologi, 67 (2), sid. 223. DOI: 10.21307/PJM-2018-024.
