-
BMKMANU S3000_Spatialt transkriptom
Spatial transcriptomics står i spetsen för vetenskaplig innovation, vilket ger forskare möjlighet att fördjupa sig i komplicerade genuttrycksmönster i vävnader samtidigt som deras rumsliga kontext bevaras. Bland olika plattformar har BMKGene utvecklat BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip, med en förbättrad upplösning på 3,5 µm, som når det subcellulära intervallet och möjliggör flernivåupplösningsinställningar. S3000-chippet, med cirka 4 miljoner fläckar, använder mikrobrunnar skiktade med pärlor laddade med rumsligt streckkodade infångningssonder. Ett cDNA-bibliotek, berikat med rumsliga streckkoder, förbereds från S3000-chippet och sekvenseras därefter på Illumina NovaSeq-plattformen. Kombinationen av rumsligt streckkodade prover och UMI:er säkerställer noggrannheten och specificiteten hos de genererade data. BMKManu S3000-chippet är extremt mångsidigt och erbjuder upplösningsinställningar i flera nivåer som kan finjusteras till olika vävnader och önskade detaljnivåer. Denna anpassningsförmåga positionerar chippet som ett enastående val för olika rumsliga transkriptomiska studier, vilket säkerställer exakt rumslig klustring med minimalt brus. Användningen av cellsegmenteringsteknologi med BMKManu S3000 möjliggör avgränsning av transkriptionsdata till cellgränserna, vilket resulterar i en analys som har direkt biologisk betydelse. Dessutom resulterar den förbättrade upplösningen av S3000 i ett högre antal gener och UMI som detekteras per cell, vilket möjliggör en mycket mer exakt analys av de rumsliga transkriptionsmönstren och klustring av celler.
-
Enkelkärnans RNA-sekvensering
Utvecklingen av encellsinfångning och anpassade bibliotekskonstruktionstekniker, i kombination med sekvensering med hög genomströmning, har revolutionerat studier av genuttryck på cellnivå. Detta genombrott möjliggör djupare och mer omfattande analys av komplexa cellpopulationer, övervinner begränsningarna som är förknippade med att medelvärdesberäkning av genuttryck över alla celler och bevara den verkliga heterogeniteten inom dessa populationer. Medan encellig RNA-sekvensering (scRNA-seq) har obestridliga fördelar, stöter den på utmaningar i vissa vävnader där skapandet av en encellssuspension visar sig vara svårt och kräver färska prover. På BMKGene tar vi itu med detta hinder genom att erbjuda RNA-sekvensering med en kärna (snRNA-seq) med hjälp av den senaste 10X Genomics Chromium-teknologin. Detta tillvägagångssätt breddar spektrumet av prover som är mottagliga för transkriptomanalys på encellsnivå.
Isoleringen av kärnor åstadkoms genom det innovativa 10X Genomics Chromium-chipet, med ett åtta-kanals mikrofluidiksystem med dubbla korsningar. Inom detta system är gelkulor som innehåller streckkoder, primers, enzymer och en enda kärna inkapslade i nanoliterstora oljedroppar och bildar Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Efter GEM-bildning sker cellys och streckkodsfrisättning inom varje GEM. Därefter genomgår mRNA-molekyler omvänd transkription till cDNA, som innehåller 10X streckkoder och Unique Molecular Identifiers (UMI). Dessa cDNA:n utsätts sedan för standardsekvenseringsbibliotekskonstruktion, vilket underlättar en robust och omfattande utforskning av genuttrycksprofiler på encellsnivå.
Plattform: 10× Genomics Chromium och Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics är en banbrytande teknologi som gör det möjligt för forskare att undersöka genuttrycksmönster i vävnader samtidigt som de bevarar deras rumsliga kontext. En kraftfull plattform inom denna domän är 10x Genomics Visium i kombination med Illumina-sekvensering. Principen för 10X Visium ligger på ett specialiserat chip med ett avsett infångningsområde där vävnadssnitt placeras. Detta fångstområde innehåller streckkodade fläckar, som var och en motsvarar en unik rumslig plats i vävnaden. De fångade RNA-molekylerna från vävnaden märks sedan med unika molekylära identifierare (UMI) under den omvända transkriptionsprocessen. Dessa streckkodade fläckar och UMI: er möjliggör exakt rumslig kartläggning och kvantifiering av genuttryck vid en encellsupplösning. Kombinationen av rumsligt streckkodade prover och UMI:er säkerställer noggrannheten och specificiteten hos de genererade data. Genom att använda denna Spatial Transcriptomics-teknologi kan forskare få en djupare förståelse för den rumsliga organisationen av celler och de komplexa molekylära interaktionerna som förekommer inom vävnader, vilket ger ovärderliga insikter i de mekanismer som ligger bakom biologiska processer inom flera områden, inklusive onkologi, neurovetenskap, utvecklingsbiologi, immunologi och botaniska studier.
Plattform: 10X Genomics Visium och Illumina NovaSeq
