-
Jämförande genomik
Jämförande genomik innebär undersökning och jämförelse av hela genomets sekvenser och strukturer mellan olika arter. Detta fält strävar efter att avslöja utvecklingen av arter, avkoda genfunktioner och belysa de genetiska regleringsmekanismerna genom att identifiera konserverade eller divergerande sekvensstrukturer och element över olika organismer. En omfattande jämförande genomikstudie omfattar analyser som genfamiljer, evolutionär utveckling, helgenomdupliceringshändelser och effekterna av selektiva tryck.
-
Evolutionär genetik
Populations- och evolutionär genetisk analysplattform är etablerad på basen av enorm erfarenhet som samlats inom BMK FoU-team i åratal. Det är ett användarvänligt verktyg speciellt för forskare som inte har bioinformatik som huvudämne. Den här plattformen möjliggör grundläggande evolutionär genetikrelaterad basanalys inklusive fylogenetisk trädkonstruktion, länkojämviktsanalys, genetisk mångfaldsbedömning, selektiv svepanalys, släktskapsanalys, PCA, populationsstrukturanalys, etc.
-
Hi-C Based Genome Assembly
Hi-C är en metod utformad för att fånga kromosomkonfigurationer genom att kombinera sonderande närhetsbaserade interaktioner och sekvensering med hög genomströmning. Intensiteten av dessa interaktioner tros vara negativt korrelerad med fysiskt avstånd på kromosomerna. Därför används Hi-C-data för att styra klustringen, ordningen och orienteringen av sammansatta sekvenser i ett utkast till genom och förankra dem på ett visst antal kromosomer. Denna teknik möjliggör en genomsamling på kromosomnivå i avsaknad av en populationsbaserad genetisk karta. Varje enskilt genom behöver ett Hi-C.
-
Plant/Animal De Novo Genome Sequencing
De Novosekvensering avser konstruktionen av en arts hela genom med hjälp av sekvenseringsteknologier i frånvaro av ett referensgenom. Introduktionen och det breda antagandet av tredje generationens sekvensering, med längre läsningar, har avsevärt förbättrat genomsamlingen genom att öka överlappningen mellan läsningar. Denna förbättring är särskilt relevant när man hanterar utmanande genom, såsom de som uppvisar hög heterozygositet, ett högt förhållande av repetitiva regioner, polyploider och regioner med repetitiva element, onormala GC-innehåll eller hög komplexitet som vanligtvis är dåligt sammansatta med hjälp av kortläst sekvensering ensam.
Vår one-stop-lösning tillhandahåller integrerade sekvenseringstjänster och bioinformatisk analys som levererar ett högkvalitativt de novo sammansatt genom. En första genomundersökning med Illumina ger uppskattningar av genomstorlek och komplexitet, och denna information används för att vägleda nästa steg av långläst sekvensering med PacBio HiFi, följt avde novosammansättning av contigs. Den efterföljande användningen av HiC-montering möjliggör förankring av contigs till genomet, vilket ger en sammansättning på kromosomnivå. Slutligen annoteras genomet genom genförutsägelse och genom sekvensering av uttryckta gener, med tillgripande av transkriptom med korta och långa läsningar.
-
Människans hela exomsekvensering
Human Whole Exome Sequencing (hWES) är allmänt erkänd som en kostnadseffektiv och kraftfull sekvenseringsmetod för att lokalisera sjukdomsorsakande mutationer. Trots att de endast utgör cirka 1,7 % av hela genomet, spelar exoner en avgörande roll genom att direkt återspegla profilen för totala proteinfunktioner. Särskilt i det mänskliga genomet manifesterar över 85% av mutationer relaterade till sjukdomar inom de proteinkodande regionerna. BMKGENE erbjuder en omfattande och flexibel mänsklig hel exome-sekvenseringstjänst med två olika exon-fångststrategier tillgängliga för att uppfylla olika forskningsmål.
-
Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Genotypning med hög genomströmning, särskilt på storskaliga populationer, är ett grundläggande steg i genetiska associationsstudier och ger en genetisk grund för funktionell genupptäckt, evolutionär analys, etc. Istället för djupgående omsekvensering av hela genomet,Reduced Representation Genome Sequencing (RRGS)används ofta i dessa studier för att minimera sekvenseringskostnaden per prov samtidigt som rimlig effektivitet vid upptäckt av genetiska markörer bibehålls. RRGS uppnår detta genom att smälta DNA med restriktionsenzymer och fokusera på ett specifikt fragmentstorleksområde, och därigenom sekvensera endast en bråkdel av genomet. Bland de olika RRGS-metodikerna är Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF) ett anpassningsbart och högkvalitativt tillvägagångssätt. Denna metod, utvecklad oberoende av BMKGene, optimerar restriktionsenzymuppsättningen för varje projekt. Detta säkerställer genereringen av ett betydande antal SLAF-taggar (400-500 bps regioner av genomet som sekvenseras) som är likformigt fördelade över genomet samtidigt som man effektivt undviker repetitiva regioner, vilket säkerställer den bästa genetiska markörupptäckten.
-
Illumina färdiga bibliotek
Illumina sekvenseringsteknologi, baserad på Sequencing by Synthesis (SBS), är en globalt anammad NGS-innovation, ansvarig för att generera över 90 % av världens sekvenseringsdata. Principen för SBS involverar avbildning av fluorescensmärkta reversibla terminatorer när varje dNTP tillsätts och därefter klyvs för att möjliggöra inkorporering av nästa bas. Med alla fyra reversibla terminatorbundna dNTP: er närvarande i varje sekvenseringscykel, minimerar naturlig konkurrens inkorporeringsbias. Denna mångsidiga teknologi stöder både enkellästa och parade bibliotek, vilket tillgodoser en rad genomiska applikationer. Illumina-sekvenseringens förmåga och precision med hög genomströmning positionerar den som en hörnsten i genomikforskning, vilket ger forskare möjlighet att reda ut genomens krångligheter med oöverträffad detalj och effektivitet.
Vår förtillverkade bibliotekssekvenseringstjänst gör det möjligt för kunder att förbereda sekvenseringsbibliotek från olika källor (mRNA, helgenom, amplikon, 10x-bibliotek, bland annat). Därefter kan dessa bibliotek skickas till våra sekvenseringscenter för kvalitetskontroll och sekvensering i Illumina-plattformar.
