-
Metagenomisk sekvensering -NGS
Ett metagenom är en samling av det totala genetiska materialet från en blandad gemenskap av organismer, såsom miljö- och mänskliga metagenomer. Den innehåller genom från både odlingsbara och oodlingsbara mikroorganismer. Hagelgevärs metagenomisk sekvensering med NGS möjliggör studiet av dessa intrikata genomiska landskap inbäddade i miljöprover genom att tillhandahålla mer än taxonomisk profilering, vilket också ger granulära insikter om arternas mångfald, överflödsdynamik och komplexa populationsstrukturer. Utöver taxonomiska studier erbjuder shotgun-metagenomik också ett funktionellt genomikperspektiv, vilket möjliggör utforskning av kodade gener och deras förmodade roller i ekologiska processer. Slutligen bidrar etableringen av korrelationsnätverk mellan genetiska element och miljöfaktorer till en holistisk förståelse av det invecklade samspelet mellan mikrobiella samhällen och deras ekologiska bakgrund. Sammanfattningsvis står metagenomisk sekvensering som ett centralt instrument för att reda ut de genomiska krångligheterna hos olika mikrobiella samhällen, vilket belyser de mångfacetterade förhållandena mellan genetik och ekologi inom dessa komplexa ekosystem.
Plattformar: Illumina NovaSeq och DNBSEQ-T7
-
Metagenomisk sekvensering-TGS
Ett metagenom är en samling av genetiskt material från en blandad gemenskap av organismer, såsom miljö- och mänskliga metagenomer. Den innehåller genom från både odlingsbara och oodlingsbara mikroorganismer. Metagenomisk sekvensering möjliggör studiet av dessa intrikata genomiska landskap inbäddade i ekologiska prover genom att tillhandahålla mer än taxonomisk profilering. Det erbjuder också ett funktionellt genomikperspektiv genom att utforska de kodade generna och deras förmodade roller i miljöprocesser. Medan traditionella hagelgevärsmetoder med Illumina-sekvensering har använts i stor utsträckning i metagenomiska studier, har tillkomsten av Nanopore och PacBio långläst sekvensering förändrat området. Nanopore och PacBio-teknologi förbättrar nedströms bioinformatiska analyser, särskilt metagenommontering, vilket säkerställer mer kontinuerliga sammansättningar. Rapporter indikerar att Nanopore-baserad och PacBio-baserad metagenomik framgångsrikt har genererat kompletta och slutna bakteriegenom från komplexa mikrobiomer (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Att integrera Nanopore-läsningar med Illumina-läsningar ger ett strategiskt tillvägagångssätt för felkorrigering, vilket minskar Nanopores inneboende låga noggrannhet. Denna synergistiska kombination utnyttjar styrkorna hos varje sekvenseringsplattform och erbjuder en robust lösning för att övervinna potentiella begränsningar och förbättra precisionen och tillförlitligheten i metagenomiska analyser.
Plattform: Nanopore PromethION 48, Illumia och PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S och 18S rRNA-generna, tillsammans med Internal Transcribed Spacer (ITS)-regionen, fungerar som pivotala molekylära fingeravtrycksmarkörer på grund av deras kombination av mycket konserverade och hypervariabla regioner, vilket gör dem till ovärderliga verktyg för att karakterisera prokaryota och eukaryota organismer. Amplifiering och sekvensering av dessa regioner erbjuder en isoleringsfri metod för att undersöka den mikrobiella sammansättningen och mångfalden över olika ekosystem. Medan Illumina-sekvensering vanligtvis riktar sig till korta hypervariabla regioner som V3-V4 av 16S och ITS1, har det visats att överlägsen taxonomisk annotering kan uppnås genom att sekvensera hela längden av 16S, 18S och ITS. Detta omfattande tillvägagångssätt resulterar i högre procentandelar av exakt klassificerade sekvenser, vilket uppnår en upplösningsnivå som sträcker sig till artidentifiering. PacBios Single-Molecule Real-Time (SMRT) sekvenseringsplattform utmärker sig genom att tillhandahålla mycket exakta långa avläsningar (HiFi) som täcker fullängdsamplikonerna, vilket konkurrerar med precisionen hos Illumina-sekvensering. Denna förmåga tillåter forskare att uppnå en oöverträffad fördel - en panoramautsikt över det genetiska landskapet. Den utökade täckningen höjer avsevärt upplösningen i artanteckningar, särskilt inom bakterie- eller svampsamhällen, vilket möjliggör en djupare förståelse av mikrobiella populationers krångligheter.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Amplikonsekvensering med Illumina-teknologi, specifikt inriktad på 16S, 18S och ITS genetiska markörer, är en kraftfull metod för att reda ut fylogenin, taxonomi och artöverflöd inom mikrobiella samhällen. Detta tillvägagångssätt involverar sekvensering av de hypervariabla regionerna av genetiska markörer för hushållning. Ursprungligen introducerades som ett molekylärt fingeravtryck avWoeses et al1977 har denna teknik revolutionerat mikrobiomprofilering genom att möjliggöra isoleringsfria analyser. Genom sekvensering av 16S (bakterier), 18S (svampar) och Internal Transcribed Spacer (ITS, svampar), kan forskare identifiera inte bara rikliga arter utan också sällsynta och oidentifierade. Amplikonsekvensering har blivit allmänt antagen som ett centralt verktyg och har blivit avgörande för att urskilja differentiella mikrobiella sammansättningar i olika miljöer, inklusive människans mun, tarmar, avföring och vidare.
-
Omsekvensering av hela genomet av bakterier och svampar
Projekt för återsekvensering av helgenom av bakterier och svamp är avgörande för att främja mikrobiell genomik genom att möjliggöra komplettering och jämförelse av mikrobiella genom. Detta underlättar fermenteringsteknik, optimering av industriella processer och utforskning av sekundära metabolismvägar. Dessutom är omsekvensering av svampar och bakterier avgörande för att förstå miljöanpassning, optimera stammar och avslöja genetisk evolutionsdynamik, med breda implikationer inom medicin, jordbruk och miljövetenskap.
-
Prokaryotisk RNA-sekvensering
RNA-sekvensering möjliggör en omfattande profilering av alla RNA-transkript i celler under specifika förhållanden. Denna banbrytande teknologi fungerar som ett kraftfullt verktyg som avslöjar invecklade genuttrycksprofiler, genstrukturer och molekylära mekanismer förknippade med olika biologiska processer. RNA-sekvensering, som är allmänt antagen inom grundforskning, klinisk diagnostik och läkemedelsutveckling, ger insikter i krångligheterna med cellulär dynamik och genetisk reglering. Vår prokaryota RNA-provbearbetning är skräddarsydd för prokaryota transkriptomer, som involverar rRNA-utarmning och riktningsbiblioteksberedning.
Plattform: Illumina NovaSeq
-
Metatranskriptomsekvensering
Med hjälp av Illuminas sekvenseringsteknologi avslöjar BMKGENEs metatranskriptomsekvenseringstjänst det dynamiska genuttrycket av en mångfald av mikrober, som sträcker sig över eukaryoter till prokaryoter och virus, inom naturliga miljöer som jord, vatten, hav, avföring och tarmarna. Vår omfattande tjänst ger forskare möjlighet att fördjupa sig i komplexa mikrobiella samhällens fullständiga genuttrycksprofiler. Utöver taxonomisk analys underlättar vår metatranskriptomsekvenseringstjänst utforskning av funktionell anrikning, och belyser differentiellt uttryckta gener och deras roller. Upptäck en mängd biologiska insikter när du navigerar i de komplexa landskapen av genuttryck, taxonomisk mångfald och funktionell dynamik inom dessa olika miljönischer.
-
De novo Fungal Genome Assembly
BMKGENE erbjuder mångsidiga lösningar för svampgenom, som tillgodoser olika forskningsbehov och önskad genomkompletthet. Att använda enbart kortläst Illumina-sekvensering möjliggör generering av ett utkast till genom. Kortläsningar och långlästa sekvensering med Nanopore eller Pacbio kombineras för ett mer förfinat svampgenom med längre sammansättningar. Integrering av Hi-C-sekvensering förbättrar dessutom kapaciteten ytterligare, vilket möjliggör uppnåendet av ett fullständigt kromosomnivågenom.
-
De novo bakteriegenomsamling
Vi tillhandahåller en komplett tjänst för montering av bakteriegenom, vilket garanterar 0 luckor. Detta är möjligt genom att integrera långlästa sekvenseringsteknologier, såsom Nanopore och PacBio för montering och kortläsningssekvensering med Illumina för monteringsvalidering och felkorrigering av ONT-läsningar. Vår tjänst tillhandahåller det kompletta bioinformatiska arbetsflödet från montering, funktionskommentarer och avancerad bioinformatisk analys, för att uppfylla specifika forskningsmål. Denna tjänst möjliggör utveckling av exakta referensgenom för olika genetiska och genomiska studier. Dessutom utgör den basen för tillämpningar som stamoptimering, genteknik och utveckling av mikrobiell teknologi, vilket säkerställer tillförlitliga och luckorfria genomiska data som är avgörande för att främja vetenskapliga insikter och bioteknisk innovation.
