-
Hi-C-baserad kromatininteraktion
Hi-C är en metod designad för att fånga genomisk konfiguration genom att kombinera sonderande närhetsbaserade interaktioner och sekvensering med hög genomströmning. Metoden bygger på kromatintvärbindning med formaldehyd, följt av nedbrytning och återligering på ett sätt att endast fragment som är kovalent sammanlänkade kommer att bilda ligeringsprodukter. Genom att sekvensera dessa ligeringsprodukter är det möjligt att studera 3D-organisationen av genomet. Hi-C gör det möjligt att studera fördelningen av de delar av genomet som är lätt packade (A-fack, euchromatin) och mer sannolikt är transkriptionellt aktiva, och de regioner som är mer tätt packade (B-fack, Heterochromatin). Hi-C kan också användas för att lokalisera topologiskt associerade domäner (TADs), regioner av genomet som har vikta strukturer och som sannolikt har liknande uttrycksmönster, och för att identifiera kromatinslingor, DNA-regioner som är förankrade tillsammans av proteiner och som är ofta berikad med reglerande element. BMKGenes Hi-C-sekvenseringstjänst ger forskare möjlighet att utforska de rumsliga dimensionerna av genomik, vilket öppnar nya vägar för att förstå genomreglering och dess konsekvenser för hälsa och sjukdom.
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) är en teknik som utnyttjar antikroppar för att selektivt berika DNA-bindande proteiner och deras motsvarande genomiska mål. Dess integration med NGS möjliggör genomgående profilering av DNA-mål associerade med histonmodifiering, transkriptionsfaktorer och andra DNA-bindande proteiner. Detta dynamiska tillvägagångssätt möjliggör jämförelser av bindningsställen över olika celltyper, vävnader eller tillstånd. ChIP-Seqs applikationer sträcker sig från att studera transkriptionell reglering och utvecklingsvägar till att belysa sjukdomsmekanismer, vilket gör det till ett oumbärligt verktyg för att förstå genomiska regleringslandskap och föra fram terapeutiska insikter.
Plattform: Illumina NovaSeq
-
Helgenom-bisulfitsekvensering (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) står som guldstandardmetoden för djupgående utforskning av DNA-metylering, närmare bestämt den femte positionen i cytosin (5-mC), en pivotal regulator av genuttryck och cellulär aktivitet. Principen bakom WGBS involverar bisulfitbehandling, vilket inducerar omvandlingen av ometylerade cytosiner till uracil (C till U), samtidigt som metylerade cytosiner lämnas oförändrade. Denna teknik erbjuder enbasupplösning, vilket gör det möjligt för forskare att omfattande undersöka metylomen och upptäcka onormala metyleringsmönster förknippade med olika tillstånd, särskilt cancer. Genom att använda WGBS kan forskare få oöverträffade insikter i genomomfattande metyleringslandskap, vilket ger en nyanserad förståelse för de epigenetiska mekanismer som ligger till grund för olika biologiska processer och sjukdomar.
-
Analys för transposas-tillgängligt kromatin med hög genomströmningssekvensering (ATAC-seq)
ATAC-seq är en sekvenseringsteknik med hög genomströmning som används för genomomfattande kromatintillgänglighetsanalys. Det ger en djupare förståelse för de komplexa mekanismerna för global epigenetisk kontroll över genuttryck. Metoden använder ett hyperaktivt Tn5-transposas för att samtidigt fragmentera och tagga öppna kromatinregioner genom att infoga sekvenseringsadaptrar. Efterföljande PCR-amplifiering resulterar i skapandet av ett sekvenseringsbibliotek, som möjliggör en omfattande identifiering av öppna kromatinregioner under specifika rum-tidsförhållanden. ATAC-seq ger en holistisk bild av tillgängliga kromatinlandskap, till skillnad från metoder som enbart fokuserar på transkriptionsfaktorbindningsställen eller specifika histonmodifierade regioner. Genom att sekvensera dessa öppna kromatinregioner avslöjar ATAC-seq regioner som är mer benägna att aktiva regulatoriska sekvenser och potentiella transkriptionsfaktorbindningsställen, vilket ger värdefulla insikter om den dynamiska moduleringen av genuttryck över genomet.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) har dykt upp som ett kostnadseffektivt och effektivt alternativ till Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) inom DNA-metyleringsforskning. Medan WGBS ger omfattande insikter genom att undersöka hela arvsmassan vid enkelbasupplösning, kan dess höga kostnad vara en begränsande faktor. RRBS mildrar denna utmaning strategiskt genom att selektivt analysera en representativ del av genomet. Denna metod bygger på anrikningen av CpG-örika regioner genom MspI-klyvning följt av storleksval av 200-500/600 bps fragment. Följaktligen sekvenseras endast regioner proximala till CpG-öar, medan de med avlägsna CpG-öar exkluderas från analysen. Denna process, i kombination med bisulfitsekvensering, möjliggör högupplöst detektering av DNA-metylering, och sekvenseringsmetoden, PE150, fokuserar specifikt på ändarna av skären snarare än mitten, vilket ökar effektiviteten av metyleringsprofilering. RRBS är ett ovärderligt verktyg som möjliggör kostnadseffektiv DNA-metyleringsforskning och främjar kunskapen om epigenetiska mekanismer.
