Värmekarta
Heatmap-verktyget accepterar en matrisdatafil som indata och låter användare filtrera, normalisera och klustra data. Det primära användningsfallet för värmekartor är klusteranalys av genuttrycksnivå mellan olika prover.
Genanteckning
Genanteckningsverktyget utför genkommentarer baserat på sekvensjustering av indata FASTA-filer mot olika databaser.
Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)
BLAST-verktyget är en BMKCloud integrerad version av NCBI BLAST och kan användas för att utföra samma funktioner med hjälp av data som laddats upp till BMKCloud-kontot.
CDS_UTR-förutsägelse
CDS_UTR Prediction-verktyget är utformat för att förutsäga kodande regioner (CDS) och icke-kodande regioner (UTR) i givna transkriptionssekvenser baserat på BLAST-resultat mot kända proteindatabaser och ORF-prediktionsresultat.
Manhattan Plot
Manhattan Plot-verktyget möjliggör visning av experiment med höga prover och används ofta i genomomfattande associationsstudier (GWAS).
Circos diagram
CIRCOS Diagram-verktyget ger effektiv visualisering av hur genomiska egenskaper är fördelade över genomet. Gemensamma funktioner inkluderar kvantitativa loki, SNP, InDels, strukturella och kopia nummervarianter.
Genontologi (GO) Anrikning
GO Enrichment-verktyget tillhandahåller funktionell anrikningsanalys. Den primära mjukvaran i detta verktyg är TopGO-Bioconductor-paketet, som inkluderar differentialexpressionsanalys, GO-anrikningsanalys och visualisering av resultaten.
Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA)
WGCNA är en allmänt använd metod för datautvinning för att upptäcka gensamuttrycksmoduler. Det är tillämpligt på olika uttrycksdatauppsättningar inklusive mikroarray- och NGS-genexpressionsdata.
InterProScan
InterProScan-verktyget tillhandahåller InterPro proteinsekvensanalys och klassificering.
GO KEGG Anrikning
GO KEGG-anrikningsverktyget är designat för att generera ett GO-anrikningshistogram, KEGG-anrikningshistogram och KEGG-anrikningsväg baserat på en tillhandahållen genuppsättning och motsvarande anteckning.