Sekvensering av hela genomet av växter/djur
Servicefunktioner
● Biblioteksförberedelser kan vara standard eller PCR-fria
● Finns i 4 sekvenseringsplattformar: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 eller PacBio Revio.
● Bioinformatisk analys fokuserad på detektion av varianter: SNP, InDel, SV och CNV
Servicefördelar
●Omfattande expertis och publikationsregister: Ackumulerad erfarenhet av genomsekvensering för över 1000 arter har resulterat i över 1000 publicerade fall med en kumulativ effektfaktor på över 5000.
●Omfattande bioinformatikanalys: Inklusive variantanrop och funktionskommentarer.
● Support efter försäljning:Vårt engagemang sträcker sig längre än att slutföra projekt med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att ta itu med eventuella frågor relaterade till resultaten.
●Omfattande anteckning: Vi använder flera databaser för att funktionellt kommentera generna med identifierade variationer och utföra motsvarande anrikningsanalys, vilket ger insikter om flera forskningsprojekt.
Servicespecifikationer
| Varianter ska identifieras | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderat djup |
| SNP och InDel | Illumina NovaSeq PE150 eller MGI T7 | 10x |
| SV och CNV (mindre exakt) | 30x | |
| SV och CNV (mer exakt) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV och CNV | PacBio Revio | 10x |
Exempel på krav
| Vävnad eller extraherade nukleinsyror | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Djurens inälvor | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Djurmuskel | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Däggdjursblod | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Fjäderfä/fiskblod | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Växt- färska blad | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Odlade celler |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insekts mjukvävnad/individ | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Extraherat DNA
| Koncentration: ≥ 1 ng/µL Mängd: ≥ 30 ng Begränsad eller ingen nedbrytning eller kontaminering
| Koncentration Belopp
OD260/280
OD260/230
Begränsad eller ingen nedbrytning eller kontaminering
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/flödescell/prov
1,7-2,2
≥1,5 | Koncentration Belopp
OD260/280
OD260/230
Begränsad eller ingen nedbrytning eller kontaminering | ≥ 50 ng/µL 10 µg/flödescell/prov
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| PCR-fri biblioteksförberedelse: Koncentration≥ 40 ng/µL Mängd ≥ 500 ng | |||||
Service Arbetsflöde
Provleverans
DNA-extraktion
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Dataleverans
Innehåller följande analys:
- Kvalitetskontroll av rådata
- Statistik över anpassning till referensgenom
- Variantidentifiering: SNP, InDel, SV och CNV
- Funktionell anteckning av varianter
Statistik över anpassning till referensgenom – sekvensering av djupfördelning
SNP-anrop bland flera prover
InDel-identifiering – statistik över InDel-längden i CDS-regionen och den genomomfattande regionen
Variantfördelning över genomet – Circos plot
Funktionell annotering av gener med identifierade varianter – Gene Ontology
Chai, Q. et al. (2023) "A glutation S-transferas GhTT19 bestämmer blombladspigmentering genom att reglera antocyaninackumulering i bomull", Plant Biotechnology Journal, 21(2), sid. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) "Hevea brasiliensis-genomet på kromosomnivå ger nya verktyg för genomisk avel och värdefulla platser för att höja gummiutbytet", Plant Biotechnology Journal, 21(5), s. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Genome of the estuarine oyster ger insikter om klimatpåverkan och adaptiv plasticitet', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), s. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Analys av genom- och metyleringsförändringar hos kinesiska inhemska kycklingar över tid ger insikt i artbevarande', Communications Biology, 5(1), s. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
