Pacbio i full längd transkriptom

PACBIO full längd transkriptomsekvensering, ISOSEQ, möjliggör exakt identifiering av transkriptisoformer, belyser alternativ polyadenylering och skarvning och leder till mer exakt genuttrycksanalys. BMKCLOUD PACBIO i full längd transkriptomrörledning är utformad för att analysera cDNA-bibliotek som sekvenseras i Circular Consensus Sequencing (CCS) -läge och identifierar icke-chimära (FLNC) -sekvenser i full längd (FLNC), som sedan grupperas till icke-redundanta transkript. En efterföljande BUSCO -analys bedömer fullständigheten av transkriptomenheten. Från det monterade transkriptomet utförs flera analyser: alternativ skarvning, enkel sekvensupprepning (SSR), förutsägelse av lncRNA och motsvarande målgener, förutsägelse av nya gener, genfamiljanalys, transkriptionsfaktoranalys och funktionell annotering av transkript.