PacBio 2+3 fullängds mRNA-lösning
Drag
● Studiedesign:
Poolat prov sekvenserat med PacBio för att identifiera transkriptionsisoformer
Separata prover (replikat och betingelser som ska testas) sekvenseras medNGS för att kvantifiera transkriptionsuttryck
● PacBio-sekvensering i CCS-läge, genererar HiFi-avläsningar
● Sekvensering av fullängdsavskrifterna
● Analys kräver inte ett referensgenom; den kan dock användas
● Bioinformatisk analys inkluderar inte bara uttryck på gen- och isoformnivå utan också analys av lncRNA, genfusioner, polyadenylering och genstruktur
Fördelar
● Hög noggrannhet: HiFi läser med en noggrannhet >99,9 % (Q30), jämförbart med NGS
● Alternativ splitsningsanalys: sekvensering av alla transkript möjliggör identifiering och karakterisering av isoform.
● Kombination av PacBio och NGS styrkor: möjliggör kvantifiering av uttryck på isoformnivå, avslöjar förändring som kan maskeras när man analyserar hela genuttrycket
● Omfattande expertis: med en meritlista av att slutföra över 1100 PacBio transkriptomprojekt i full längd och bearbeta över 2300 prover, tillför vårt team en mängd erfarenhet till varje projekt.
● Support efter försäljning: vårt engagemang sträcker sig längre än att slutföra projekt med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att ta itu med eventuella frågor relaterade till resultaten.
Exempel på krav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data rekommenderas | Kvalitetskontroll |
| PolyA-berikat mRNA CCS-bibliotek | PacBio uppföljare II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85 % |
| Poly A berikad | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85 % |
Nukleotider
|
| Konc.(ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| Illumina bibliotek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontamination visas på gelen. | För växter: RIN≥4,0; För djur: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjning |
| PacBio bibliotek | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontamination visas på gelen. | Växter: RIN≥7,5 Djur: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjning |
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (tunnfolie rekommenderas inte)
Provmärkning: Grupp+replikat t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Torris:Prover måste packas i påsar och grävas ner i torris.
2. RNAstabila rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och skickas i rumstemperatur.
Innehåller följande analys:
Kvalitetskontroll av rådata
Alternativ polyadenyleringsanalys (APA)
Fusion transkript analys
Alternativ splitsningsanalys
Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) analys
Ny transkriptanalys: förutsägelse av kodande sekvenser (CDS) och funktionell annotering
lncRNA-analys: förutsägelse av lncRNA och mål
MicroSatelite Identification (SSR)
Analys av differentiellt uttryckta transkript (DET).
Analys av differentiellt uttryckta gener (DEG).
Funktionell annotering av DEG och DET
BUSCO analys
Alternativ splitsningsanalys
Alternativ polyadenyleringsanalys (APA)
Differentiellt uttryckta gener (DEG) och transkript (DETs9 analys
Protein-Protein interaktionsnätverk av DETs och DEGs
Utforska framstegen som underlättas av BMKGenes PacBio 2+3 mRNA-sekvensering i full längd genom en kurerad samling publikationer.
Chao, Q. et al. (2019) 'The developmental dynamics of the Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) "Dynamiska förändringar i askorbinsyrainnehåll under fruktutveckling och mognad av Actinidia latifolia (en askorbatrik fruktgröda) och de associerade molekylära mekanismerna", International Journal of Molecular Sciences, 23(10), sid. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Effektiv förutsägelse av biosyntetiska väggener involverade i bioaktiva polyfylliner i Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) "Kombinerad PacBio Iso-Seq och Illumina RNA-Seq Analysis of the Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome and Cytochrome P450 geners", Insects, 14(4), sid. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) "En undersökning av transkriptomkomplexitet med PacBio enmolekyls realtidsanalys kombinerat med Illumina RNA-sekvensering för en bättre förståelse av ricinolsyrabiosyntes i Ricinus communis", BMC Genomics, 20(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURE/7.
