Icke-referensbaserad mRNA-sekvensering-NGS
Drag
● Fångst av poly mRNA före biblioteksförberedelser
● Oberoende av något referensgenom: Baserat på de novo-montering av transkript, genererar en lista över unigener som är kommenterade med flera databaser (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, EGGNOG, PFAM, GO, KEGG)
● Omfattande bioinformatisk analys av genuttryck och transkriptstruktur
Servicefördelar
●Omfattande expertis: Med en meritlista av bearbetning över 600 000 prover på BMKGene, som sträcker sig över olika provtyper som cellkulturer, vävnader och kroppsvätskor, ger vårt team en mängd erfarenheter till varje projekt. Vi har framgångsrikt stängt över 100 000 mRNA-seq-projekt inom olika forskningsdomäner.
●Rigorös kvalitetskontroll: Vi implementerar kärnkontrollpunkter över alla steg, från prov- och biblioteksförberedelser till sekvensering och bioinformatik. Denna noggranna övervakning säkerställer leverans av resultat av hög kvalitet.
● Omfattande kommentar: Vi använder flera databaser för att funktionellt kommentera de differentiellt uttryckta generna (DEG) och utföra motsvarande anrikningsanalys, vilket ger insikter om de cellulära och molekylära processerna som ligger till grund för transkriptomrespons.
●Stöd efter försäljning: Vårt åtagande sträcker sig utöver projektets slutförande med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningsassistans och Q & A-sessioner för att hantera eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data rekommenderas | Kvalitetskontroll |
| Poly A berikad | Illumina PE150 Dnbseq-t7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Exempelkrav:
Nukleotider:
| Conc. (Ng/μl) | Belopp (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Begränsat eller inget protein- eller DNA -förorening visas på gel. | För växter: rin≥4.0; För djur: Rin≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; Begränsad eller ingen baslinjehöjning |
● Växter:
Rot, stam eller kronblad: 450 mg
Blad eller frö: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Djur:
Hjärta eller tarmen: 300 mg
Viscera eller hjärna: 240 mg
Muskel: 450 mg
Ben, hår eller hud: 1g
● Arthropods:
Insekter: 6G
Kräftdjur: 300 mg
● Helblod: 1 rör
● Celler: 106 celler
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (tennfolie rekommenderas inte)
Provmärkning: grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Dry-Ice: Prover måste packas i påsar och begravas i torr-is.
2. RNAStable -rör: RNA -prover kan torkas i RNA -stabiliseringsrör (t.ex. RNASTABLE®) och levereras i rumstemperatur.
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA -extraktion
Bibliotekskonstruktion
Sekvensering
Dataanalys
Efterförsäljningstjänster
Bioinformatik
Transkriptommontering och urval av unigen
Unigen annotering
Exempelkorrelation och bedömning av biologiska replikat
Differentiellt uttryckta gener (DEG)
Funktionell kommentar av DEG
Funktionell anrikning av DEG
Utforska de framsteg som underlättas av Bmkgene Eukaryota NGS mRNA -sekvenseringstjänster genom en kuraterad samling publikationer.
Shen, F. et al. (2020) 'de novo transkriptommontering och könsförspände genuttryck i gonaderna av amur havskatt (silurus asotus)', genomik, 112 (3), s. 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Transkriptomanalys av sackarosmetabolism under svullnad och utveckling av lök i lök (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (september), s. 212763. DOI: 10.3389/FPLS.2016.01425/Bibtex.
Zhu, C. et al. (2017) 'De Novo Assembly, karaktärisering och kommentarer för transkriptomet av Sarcocheilichthys sinensis', PLoS One, 12 (2). doi: 10.1371/journal.pone.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'de novo transkriptomanalys ger insikter om salttoleransen för podocarpus macrophyllus under salthalt stress', BMC växtbiologi, 21 (1), s. 1–17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/siffror/9.
