mRNA-seq (ngs) med referensgenom

mRNA-seq (ngs) med referensgenom

RNA-seq är ett standardverktyg över livs- och grödvetenskaper som överbryggar klyftan mellan genom och proteomer. Dess styrka ligger i att upptäcka nya transkript och kvantifiera deras uttryck i en analys. Det används allmänt för jämförande transkriptomiska studier, belyser gener relaterade till olika egenskaper eller fenotyper, som att jämföra mutanter med vildtyper eller avslöja genuttryck under specifika förhållanden. BmkCloud mRNA (referens) APP integrerar expressionskvantifiering, differentiell expressionsanalys (DEG) och sekvensstrukturanalyser i mRNA-seq (NGS) bioinformatik-rörledning och sammanslagningar styrkorna i liknande programvara, vilket säkerställer bekvämlighet och användarvänlighet. Användare kan ladda upp sina RNA-seq-data till molnet, där appen erbjuder en omfattande, one-stop bioinformatisk analyslösning. Dessutom prioriterar den kundupplevelse och erbjuder personlig verksamhet anpassad till användarnas specifika behov. Användare kan ställa in parametrar och skicka in rörledningsuppdraget av sig själva, kontrollera den interaktiva rapporten, visa data/diagram och fullständig databrytning, till exempel: målgenval, funktionell kluster, diagramming, etc.

Demoresultat

Dataledning

Importkrav

Huvudanalys

Hänvisning

Demoresultat

Dataledning

Importkrav

Plattform:Illumina, MGI
Strategi:RNA-seq
Layout: Paried, Clean-Data.
Bibliotekstyp:fr-unstranded, fr-firststrand eller fr-sekundstrand
Läs längd:150 bp
Filtyp:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz eller *.fq.gz. Systemet kommerkoppla automatiskt. Fastq -filer enligt deras filnamn,t.ex. *_1.fastq i par med *._ 2.Fastq.
Antal prover:Det finns inga begränsningar för antaletav prover, men analystiden kommer att öka när antaletprover växer.
Rekommenderat databelopp:6 g per prov

Huvudanalys

Huvudanalysen och bioinformatiska verktyg för mRNA-seq (referens)Rörledningen är som följer:

1. Rawdata Kvalitetskontroll:

• Borttagning av sekvenser av låg kvalitet, adaptersekvenser,etc;

• Verktyg: Internt utvecklad rörledning;

2. Justering av data till ett referensgenom:

• Justera läsningar med en skarvmedveten algoritm motReferensgenom.

• Verktyg:Hisat2, samtooler

3. Bibliotekskvalitetsanalys:

• Infoga längdanalys, sekvensmättnadsanalys osv.

• Verktyg:samtooler;

4. Sekvensstrukturanalys:

• Alternativ skarvningsanalys, optimering av genstruktur,ny genprognos, etc;

• Verktyg:Strängtie, gffompare, Gatk,DIAMANT, TolkarochHmmer.

5. Differentialuttrycksanalys:

• DEG-screening, samrelationsanalys, funktionellberikning;

•Olika visualiseringsresultat;

•RmedSegseq, Deseq2, ggplot2, Dexseq

Hänvisning

1. Kim, Daehwan et al. ”Grafbaserad genominriktning ochgenotypning med Hisat2 och Hisat-genotyp. ”NaturBioteknik37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. ”Genomanalysverktygssatsen: aMapReduce-ramverk för analys av nästa generations DNAsekvenseringsdata. ”Genomforskning20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. ”Sekvensjustering/kartformat ochSamtools. ”Bioinformatik25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea, Mihaela et al. “Stringtie möjliggör förbättradRekonstruktion av ett transkriptom från RNA-seq läser. ”NaturBioteknik33 (2015): 290-295.

5. Kärlek, Michael I. et al. ”Modererad uppskattning av vikningsförändringar ochDispersion för RNA-seq-data med DESEQ2. ”GenomBiologi15 (2014): n. pag.

6. Eddy, Sean R .. "Accelererade profil HMM -sökningar."PloS Beräkningsbiologi7 (2011): n. pag.

mRNA-seq (ngs) med referensgenom

mRNA-seq (ngs) med referensgenom

få en offert

Skicka ditt meddelande till oss: