T2T genommontering, gapfritt genom
1stTvå risgenom1
Titel: Montering och validering av två gapfria referensgenom för Xian/Indica Rice avslöjar insikter i växtcentromerarkitektur
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Publicerad tid: 01 januari 2021.
Institutet: Huazhong Agricultural University, Kina
Materiel
O. sativa xian/indicaRisvarianter 'Zhenshan 97 (ZS97)' och 'Minghui 63 (MH63)
Sekvenseringsstrategi
NGS Reads + HiFi läser + CLR läser + bionano + hi-c
Data:
ZS97: 8.34 GB （~ 23X） HIFI läser + 48,39 GB (~ 131x) CLR läser + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionano Irys Cells Celler
MH63: 37,88 GB (~ 103x) HIFI läser + 48,97 GB (~ 132x) CLR läser + 28 GB (~ 76x) NGS + 2 Bionano Irys Celler
Figur 1 Två gapfria genomer av ris (MH63 och ZS97)
2ndBanangenom2
Titel: Telomere-till-telomere gaplösa kromosomer av banan med hjälp av nanopore-sekvensering
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Publicerad tid: 17 april 2021.
Institute: Université Paris-Saclay, Frankrike
Materiel
DubbeltalMusa acuminatasppmalaccensis(DH-pahang)
Sekvensstrategi och data:
Hiseq2500 PE250-läge+ Minion/ Prometion (93 GB, ~ 200x)+ Optisk karta (DLE-1+ BSPQ1)
Tabell 1 Jämförelse av Musa Acuminata (DH-PAHANG) genomenheter
Figur 2 Musa Genomes arkitekturjämförelse
3rdPhaeodactylum tricornutum genom3
Titel: Telomere-till-telomere genommontering avP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Publicerad tid: 04 maj 2021
Institutet: Western University, Kanada
Materiel
Phaeodactylum tricornutum(Kultursamling av alger och Protozoa CCAP 1055/1)
Sekvensstrategi och data:
1 Oxford Nanopore Minion Flow Cell + A 2 × 75 Pared-end Mid-Output Nextseq 550 Run
Figur 3 Arbetsflöde för genom-till-telomere-genomenhet
4thMänskligt CHM13 -genom4
Titel: Den kompletta sekvensen för ett mänskligt genom
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Publicerad tid: 27 maj 2021
Institutet: National Institute of Health (NIH), USA
Material: Cellinje CHM13
Sekvensstrategi och data:
30 × PACBIO Circular Consensus Sequencing (HIFI), 120 × Oxford Nanopore Ultra-Long Read Sekvensering, 100 × Illumina PCR-fri sekvensering (ILMN), 70 × Illumina / arima Genomics HI-C (HI-C), Bionano Optical Maps, och Strand-seq
Tabell 2 Jämförelse av GRCH38 och T2T-CHM13 Human Genome Assemblies
Hänvisning
1.Sergey Nurk et al. Den fullständiga sekvensen för ett mänskligt genom. BIORXIV 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al. Telomere-till-telomere gaplösa kromosomer av banan med användning av nanopore-sekvensering. BIORXIV 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al. Telomere-till-telomere genommontering av phaeodactylum tricornutum. BIORXIV 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al. Montering och validering av två gapfria referensgenom för Xian/Indica-ris avslöjar insikter i växtcentromerearkitektur. BIORXIV 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Posttid: Jan-06-2022