Nanopore transkriptom i full längd

Nanopore-transkriptomsekvensering är en kraftfull metod för sekvensering av cDNA i full längd som exakt identifierar och kvantifierar transkriptisoformer. BMKCloud Nanopore transkriptomrörledning i full längd är utformad för att analysera RNA-seq-data genererade på nanopore-plattformen mot ett välkvalitativt välannoterat referensgenom, vilket ger kvalitativ och kvantitativ analys på både gen- och transkriptnivå. Efter kvalitetskontroll erhålls i full längd icke-chimära (FLNC) -sekvenser och konsensussekvenser mappas till referensgenomet för att avlägsna redundanta transkript. Från denna transkriptuppsättning kvantifieras uttryck och differentiellt uttryckta gener och transkript identifieras och kommenteras funktionellt. Rörledningen inkluderar också alternativ polyadenylering (APA) -analys, alternativ skarvningsanalys, enkel sekvensupprepning (SSR) -analys, förutsägelse av lncRNA och motsvarande mål, förutsägelse av kodningssekvenser (CDS), genfamiljanalys, transkriptionsfaktoranalys, förutsägelse av nya gener och funktionell kommentar av transkript.