mRNA-seq (NGS) – De novo

mRNA-sekvensering möjliggör profilering av alla mRNA-transkript i celler under specifika förhållanden och är en mycket använd teknologi inom olika forskningsområden. BMKCloud De novo mRNA-seq pipeline är utformad för att analysera poly-A-berikade sekvenseringsbibliotek när inget referensgenom är tillgängligt. Pipelinen börjar med kvalitetskontroll, följt avde novoavskriftssammansättning och val av unigen set. Unigenstrukturanalysen förutsäger kodande sekvens (CDS) och enkla sekvensupprepningar (SSR). Därefter hittar differentialexpressionsanalysen differentiellt uttryckta gener (DEG) bland de testade förhållandena, följt av funktionell annotering och berikning av DEG för att extrahera biologiska insikter.