Lång icke-kodande sekvensering-Illumina
Servicefördelar
●Gemensam analys av mRNA och lncRNA: genom att kombinera kvantifieringen av mRNA-transkript med studiet av lncRNA och deras mål, är det möjligt att få en fördjupad överblick av den regleringsmekanism som ligger till grund för det cellulära svaret.
●Omfattande expertis: Vårt team tillför en mängd erfarenhet till varje projekt, med en meritlista av att bearbeta över 23 000 prover på BMK som spänner över olika provtyper och lncRNA-projekt.
●Rigorös kvalitetskontroll: Vi implementerar centrala kontrollpunkter över alla stadier, från prov- och biblioteksberedning till sekvensering och bioinformatik. Denna noggranna övervakning säkerställer leverans av konsekvent högkvalitativa resultat.
●Support efter försäljning: Vårt engagemang sträcker sig längre än att slutföra projekt med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att ta itu med eventuella frågor relaterade till resultaten.
Exempel på krav och leverans
| Bibliotek | Plattform | Rekommenderad data | Data QC |
| rRNA-utarmat riktningsbibliotek | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85 % |
Nukleotider:
| Konc.(ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontamination visas på gelen. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjning |
● Växter:
Rot, stjälk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frö: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Djur:
Hjärta eller tarm: 450 mg
Inälvor eller hjärna: 240 mg
Muskel: 600 mg
Ben, hår eller hud: 1,5 g
● Leddjur:
Insekter: 9g
Kräftdjur: 450 mg
● Helblod:2 rör
● Celler: 106 celler
● Serum och plasma: 6 ml
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (tunnfolie rekommenderas inte)
Provmärkning: Grupp+replikat t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Torris: Proverna måste packas i påsar och grävas ner i torris.
2. RNAstabila rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och skickas i rumstemperatur.
Service Arbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
Bioinformatik
Analys av differentiellt genuttryck (DEG).
Kvantifiering av lncRNA-uttryck – klustring
Anrikning av lncRNA-målgener
Gemensam mRNA och lncRNA positionsanalys – Circos plot (mittcirkeln är mRNA och inre cicrlce är lncRNA)
Utforska framstegen som underlättas av BMKGenes lncRNA-ekvenstjänster genom en utvald samling publikationer.
Ji, H. et al. (2020) 'Identifiering, funktionell förutsägelse och nyckel-lncRNA-verifiering av köldstressrelaterade lncRNA i råttlever', Scientific Reports 2020 10:1, 10(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) "Integrative Transcriptomic Analysis Reveals the Immune Mechanism for a CyHV-3-resistant Common Carp Strain", Frontiers in Immunology, 12, sid. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omics integrationsbaserad prioritering av konkurrerande nätverk för endogen RNA-reglering i småcellig lungcancer: Molecular Characteristics and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, sid. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Genetisk dissektion av gensamuttrycksnätverket som ligger till grund för fotosyntes i Populus', Plant Biotechnology Journal, 18(4), s. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) "A Global Regulatory Network for Dysregulated Gene Expression and Abnormal Metabolic Signaling in Immune Cells in the Microenvironment of Graves' Disease and Hashimoto's Thyroiditis", Frontiers in Immunology, 13, sid. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
