lncrna

Långa icke-kodande RNA (lncRNA) är RNA längre än 200 nukleotider med låg kodningspotential men med kritiska regulatoriska funktioner. BMKCloud lncRNA-pipeline är designad för att analysera rRNA-utarmade bibliotek med ett högkvalitativt, välkommenterat referensgenom, genom att analysera lncRNA- och mRNA-uttryck tillsammans. Efter läsning av trimning och kvalitetskontroll anpassas läsningar till referensgenomet för att sammanställa transkript, och efterföljande genstrukturanalys avslöjar alternativ splitsning och nya gener. Transkript identifieras som mRNA eller lncRNA, och differentiell uttrycksanalys identifierar differentiellt uttryckta lncRNA, deras mål och differentiellt uttryckta gener (DEGS). Både DEG och differentiellt uttryckta lncRNA-mål är funktionellt kommenterade för att hitta berikade funktionella kategorier.