Hi-C Based Genome Assembly
Hi-C är en metod utformad för att fånga kromosomkonfigurationer genom att kombinera sonderande närhetsbaserade interaktioner och sekvensering med hög genomströmning. Intensiteten av dessa interaktioner tros vara negativt korrelerad med fysiskt avstånd på kromosomerna. Därför används Hi-C-data för att styra klustringen, ordningen och orienteringen av sammansatta sekvenser i ett utkast till genom och förankra dem på ett visst antal kromosomer. Denna teknik möjliggör en genomsamling på kromosomnivå i avsaknad av en populationsbaserad genetisk karta. Varje enskilt genom behöver ett Hi-C.
Servicefunktioner
● Sekvensering på Illumina NovaSeq med PE150.
● Service kräver vävnadsprover, istället för extraherade nukleinsyror, för att tvärbinda med formaldehyd och bevara DNA-proteininteraktionerna.
● Hi-C-experimentet involverar restriktion och slutreparation av de klibbiga ändarna med biotin, följt av cirkularisering av de resulterande trubbiga ändarna samtidigt som interaktionerna bevaras. DNA:t dras sedan ner med streptavidinkulor och renas för efterföljande biblioteksberedning.
Servicefördelar
Översikt över Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Vetenskap, 2009)
●Eliminera behovet av genetiska populationsdata:Hi-C ersätter den väsentliga information som krävs för contig förankring.
●Hög markördensitet:vilket leder till ett högt förankringsförhållande över 90 %.
●Omfattande expertis och publikationsregister:BMKGene har stor erfarenhet av mer än 2000 fall av Hi-C Genome Assembly från 1000 olika arter och olika patent. Över 200 publicerade fall har en ackumulerad effektfaktor på över 2000.
●Mycket kompetent bioinformatikteam:med interna patent och mjukvaruupphovsrätt för Hi-C-experiment och dataanalys, möjliggör den egenutvecklade visualiseringsdatamjukvaran manuell blockflyttning, reversering, återkallelse och omställning.
●Support efter försäljning:Vårt engagemang sträcker sig längre än att slutföra projekt med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att ta itu med eventuella frågor relaterade till resultaten.
●Omfattande anteckning: vi använder flera databaser för att funktionellt kommentera generna med identifierade variationer och utföra motsvarande anrikningsanalys, vilket ger insikter om flera forskningsprojekt.
Servicespecifikationer
| Biblioteksförberedelser | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderad datautgång | Kvalitetskontroll |
| Hi-C bibliotek | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85 % |
Exempel på krav
| Vävnad | Erforderligt belopp |
| Djurens inälvor | ≥ 2 g |
| Djurmuskel | |
| Däggdjursblod | ≥ 2 ml |
| Fjäderfä/fiskblod | |
| Växt- färska blad | ≥ 3 g |
| Odlade celler | ≥ 1x107 |
| Insekt | ≥ 2 g |
Service Arbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
1) Rådata QC
2) Hi-C-bibliotek QC: uppskattning av giltiga Hi-C-interaktioner
3) Hi-C-montering: klustring av contigs i grupper, följt av contig-ordning inom varje grupp och tilldelning av contig-orientering
4) Hi-C utvärdering
Hi-C Library QC – uppskattning av Hi-C giltiga interaktionspar
Hi-C Assembly – statistik
Utvärdering efter montering – värmekarta över signalintensitet mellan fack
Utforska framstegen som underlättas av BMKGenes Hi-C-monteringstjänster genom en utvald samling publikationer.
Tian, T. et al. (2023) 'Genomsammansättning och genetisk dissektion av en framträdande torka-resistent majsgroddplasma', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'A Chromosome-Scale Assembly of the Asian Honeybee Apis cerana Genome', Frontiers in Genetics, 11, sid. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Avslöjar utvecklingen av tropanalkaloidbiosyntes genom att analysera två genom i familjen Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), s. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) "Genomer från Banyanträdet och pollinatorgetingen ger insikter i Fig-getingsamverkan", Cell, 183(4), s. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
