Exclusive Agency for Korea

条形banner-03

Produkter

Hi-C-baserad kromatininteraktion

Hi-C är en metod designad för att fånga genomisk konfiguration genom att kombinera sonderande närhetsbaserade interaktioner och sekvensering med hög genomströmning. Metoden bygger på kromatintvärbindning med formaldehyd, följt av nedbrytning och återligering på ett sätt att endast fragment som är kovalent sammanlänkade kommer att bilda ligeringsprodukter. Genom att sekvensera dessa ligeringsprodukter är det möjligt att studera 3D-organisationen av genomet. Hi-C gör det möjligt att studera fördelningen av de delar av genomet som är lätt packade (A-fack, euchromatin) och mer sannolikt är transkriptionellt aktiva, och de regioner som är mer tätt packade (B-fack, Heterochromatin). Hi-C kan också användas för att lokalisera topologiskt associerade domäner (TADs), regioner av genomet som har vikta strukturer och som sannolikt har liknande uttrycksmönster, och för att identifiera kromatinslingor, DNA-regioner som är förankrade tillsammans av proteiner och som är ofta berikad med reglerande element. BMKGenes Hi-C-sekvenseringstjänst ger forskare möjlighet att utforska de rumsliga dimensionerna av genomik, vilket öppnar nya vägar för att förstå genomreglering och dess konsekvenser för hälsa och sjukdom.


Servicedetaljer

Bioinformatik

Demo resultat

Utvalda publikationer

Servicefunktioner

● Sekvensering på Illumina NovaSeq med PE150.

● Service kräver vävnadsprover, istället för extraherade nukleinsyror, för att tvärbinda med formaldehyd och bevara DNA-proteininteraktionerna.

● Hi-C-experimentet involverar restriktion och slutreparation av de klibbiga ändarna med biotin, följt av cirkularisering av de resulterande trubbiga ändarna samtidigt som interaktionerna bevaras. DNA:t dras sedan ner med streptavidinkulor och renas för efterföljande biblioteksberedning.

Servicefördelar

Optimal Restriction Enzyme Design: för att säkerställa en hög Hi-C effektivitet på olika arter med upp till 93 % giltiga interaktionspar.

Omfattande expertis och publikationsregister:BMKGene har stor erfarenhet av >2000 Hi-C-sekvenseringsprojekt från 800 olika arter och olika patent. Över 100 publicerade fall med en ackumulerad effektfaktor på över 900.

Högkvalificerade bioinformatikteam:med interna patent och mjukvaruupphovsrätt för Hi-C-experiment och dataanalys och en egenutvecklad visualiseringsdatamjukvara.

Support efter försäljning:Vårt engagemang sträcker sig längre än att slutföra projekt med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att ta itu med eventuella frågor relaterade till resultaten.

Omfattande anteckning: vi använder flera databaser för att funktionellt kommentera generna med identifierade variationer och utföra motsvarande anrikningsanalys, vilket ger insikter om flera forskningsprojekt.

Servicespecifikationer

Bibliotek

Sekvenseringsstrategi

Rekommenderad datautgång

Hi-C signalupplösning

Hi-C bibliotek

Illumina PE150

Kromatinslinga: 150x

TAD: 50x

Kromatinslinga: 10Kb

TAD: 40Kb

Servicekrav

Provtyp

Erforderligt belopp

Djurvävnad

≥2g

Helblod

≥2mL

Svampar

≥1g

Växt- ung vävnad

1 g/alikvot, 2-4 alikvoter rekommenderas

Odlade celler

≥1x107


  • Tidigare:
  • Nästa:

  • 图片98

    Inkluderar följande analys:

    ● Rådata QC;

    ● QC för kartläggning och Hi-C-bibliotek: giltiga interaktionspar och Interaction Decay Exponents (IDEs);

    ● Genomomfattande interaktionsprofilering: cis/trans-analys och Hi-C-interaktionskarta;

    ● Analys av distribution av A/B-fack;

    ● Identifiering av TAD och kromatinslingor;

    ● Differentialanalys av 3D-kromatinstrukturelement bland prover och motsvarande funktionell annotering av associerade gener.

    Cis och trans proportionsfördelning

    图片99

     

    Värmekarta över kromosomala interaktioner mellan prover

    图片100

     

    Genomfördelning av A/B-fackBild 23

     

    Genomomfattande distribution av kromatinslingor

     

    图片102

     

    Visualisering av TAD

    图片103

     

    Utforska forskningsframstegen som underlättas av BMKGenes Hi-C-sekvenseringstjänster genom en kurerad samling publikationer.

     

     

    Meng, T. et al. (2021) "En jämförande integrerad multiomics-analys identifierar CA2 som ett nytt mål för chordoma",Neuro-onkologi, 23(10), s. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

    Xu, L. et al. (2021) "3D-disorganisering och omarrangemang av genom ger insikter i patogenesen av NAFLD genom integrerad Hi-C, Nanopore och RNA-sekvensering",Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), s. 3150-3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.

    få en offert

    Skriv ditt meddelande här och skicka det till oss

    Skicka ditt meddelande till oss: