● Sekvensering på Illumina NovaSeq med PE150.
● Service kräver vävnadsprover, istället för extraherade nukleinsyror, för att tvärbinda med formaldehyd och bevara DNA-proteininteraktionerna.
● Hi-C-experimentet involverar restriktion och slutreparation av de klibbiga ändarna med biotin, följt av cirkularisering av de resulterande trubbiga ändarna samtidigt som interaktionerna bevaras. DNA:t dras sedan ner med streptavidinkulor och renas för efterföljande biblioteksberedning.
●Optimal Restriction Enzyme Design: för att säkerställa en hög Hi-C effektivitet på olika arter med upp till 93 % giltiga interaktionspar.
●Omfattande expertis och publikationsregister:BMKGene har stor erfarenhet av >2000 Hi-C-sekvenseringsprojekt från 800 olika arter och olika patent. Över 100 publicerade fall med en ackumulerad effektfaktor på över 900.
●Högkvalificerade bioinformatikteam:med interna patent och mjukvaruupphovsrätt för Hi-C-experiment och dataanalys och en egenutvecklad visualiseringsdatamjukvara.
●Support efter försäljning:Vårt engagemang sträcker sig längre än att slutföra projekt med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att ta itu med eventuella frågor relaterade till resultaten.
●Omfattande anteckning: vi använder flera databaser för att funktionellt kommentera generna med identifierade variationer och utföra motsvarande anrikningsanalys, vilket ger insikter om flera forskningsprojekt.
Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderad datautgång | Hi-C signalupplösning |
Hi-C bibliotek | Illumina PE150 | Kromatinslinga: 150x TAD: 50x | Kromatinslinga: 10Kb TAD: 40Kb |
Provtyp | Erforderligt belopp |
Djurvävnad | ≥2g |
Helblod | ≥2mL |
Svampar | ≥1g |
Växt- ung vävnad | 1 g/alikvot, 2-4 alikvoter rekommenderas |
Odlade celler | ≥1x107 |
Inkluderar följande analys:
● Rådata QC;
● QC för kartläggning och Hi-C-bibliotek: giltiga interaktionspar och Interaction Decay Exponents (IDEs);
● Genomomfattande interaktionsprofilering: cis/trans-analys och Hi-C-interaktionskarta;
● Analys av distribution av A/B-fack;
● Identifiering av TAD och kromatinslingor;
● Differentialanalys av 3D-kromatinstrukturelement bland prover och motsvarande funktionell annotering av associerade gener.
Cis och trans proportionsfördelning
Värmekarta över kromosomala interaktioner mellan prover
Genomomfattande distribution av kromatinslingor
Visualisering av TAD
Utforska forskningsframstegen som underlättas av BMKGenes Hi-C-sekvenseringstjänster genom en kurerad samling publikationer.
Meng, T. et al. (2021) "En jämförande integrerad multiomics-analys identifierar CA2 som ett nytt mål för chordoma",Neuro-onkologi, 23(10), s. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) "3D-disorganisering och omarrangemang av genom ger insikter i patogenesen av NAFLD genom integrerad Hi-C, Nanopore och RNA-sekvensering",Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), s. 3150-3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.