MRNA-sekvenseringsn-nanopore i full längd
Drag
● Fångst av poly-A mRNA följt av cDNA-syntes och biblioteksförberedelser
● Sekvensering av transkript i full längd
● Bioinformatisk analys baserad på anpassning till ett referensgenom
● Bioinformatisk analys inkluderar inte bara uttryck vid gen- och isoformnivå utan också analys av lncRNA, genfusioner, poly-adenylering och genstruktur
Servicefördelar
●Kvantifiering av uttryck på isoformnivån: Aktivera detaljerad och korrekt uttrycksanalys, avslöja förändringar som kan maskeras vid analys av hela genuttrycket
●Minskade databehov:Jämfört med nästa generations sekvensering (NGS) uppvisar nanopore sekvensering lägre datakrav, vilket möjliggör motsvarande nivåer av genuttryckskvantifieringsmättnad med mindre data.
●Högre noggrannhet av uttryckskvantifiering: både på gen- och isoformnivå
●Identifiering av ytterligare transkriptomisk information: Alternativ polyadenylering, fusionsgener och lcnrna och deras målgener
●Omfattande expertis: Vårt team ger en mängd erfarenhet till varje projekt, efter att ha slutfört över 850 nanopore transkriptomprojekt i full längd och behandlas över 8 000 prover.
●Stöd efter försäljning: Vårt åtagande sträcker sig utöver projektets slutförande med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningsassistans och Q & A-sessioner för att hantera eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data rekommenderas | Kvalitetskontroll |
| Poly A berikad | Illumina PE150 | 6/12 GB | Genomsnittlig kvalitetsresultat: Q10 |
Exempelkrav:
Nukleotider:
| Conc. (Ng/μl) | Belopp (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Begränsat eller inget protein- eller DNA -förorening visas på gel. | För växter: rin≥7.0; För djur: rin≥7,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; Begränsad eller ingen baslinjehöjning |
● Växter:
Rot, stam eller kronblad: 450 mg
Blad eller frö: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Djur:
Hjärta eller tarmen: 300 mg
Viscera eller hjärna: 240 mg
Muskel: 450 mg
Ben, hår eller hud: 1g
● Arthropods:
Insekter: 6G
Kräftdjur: 300 mg
● Helblod: 1 rör
● Celler: 106 celler
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (tennfolie rekommenderas inte)
Provmärkning: grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Dry-Ice: Prover måste packas i påsar och begravas i torr-is.
2. RNAStable -rör: RNA -prover kan torkas i RNA -stabiliseringsrör (t.ex. RNASTABLE®) och levereras i rumstemperatur.
Servicearbetsflöde
Nukleotider:
Provleverans
Bibliotekskonstruktion
Sekvensering
Dataanalys
Efterförsäljningstjänster
Servicearbetsflöde
Vävnad:
Experimentdesign
Provleverans
RNA -extraktion
Bibliotekskonstruktion
Sekvensering
Dataanalys
Efterförsäljningstjänster
● Rå databehandling
● Transkriptidentifiering
● Alternativ skarvning
● Uttryckskvantifiering i gennivå och isoformnivå
● Differentialuttrycksanalys
● Funktion Annotation och anrikning (DEGS och DETS)
Alternativ skarvningsanalys
Alternativ polyadenyleringsanalys (APA)
lncRNA -förutsägelse
Annotering av nya gener
Kluster av dets
Protein-proteinnätverk i DEG
Utforska de framsteg som underlättas av BMKGenes nanopore mRNA-sekvenseringstjänster i full längd genom en kuraterad samling publikationer.
Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetisk och transkriptionell aktivering av den sekretoriska kinase FAM20C som en onkogen i gliom', Journal of Genetics and Genomics, 50 (6), s. 422–433. doi: 10.1016/j.jgg.2023.01.008.
Han, Z. et al. (2023) 'Transkriptomsekvensering i full längd av lymfocyter svarar på IFN-y avslöjar ett Th1-skewed immunsvar i flundra (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. DOI: 10.1016/j.fsi.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Jämförande analys av PacBio och Ont RNA -sekvenseringsmetoder för Nemopilema nomurai Venom Identification', Genomics, 115 (6), s. 110709. DOI: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-seq-analys avslöjar olika funktionella tendens mellan exosomer och mikrovesiklar härrörande från HUMSC', stamcellforskning och terapi, 14 (1), s. 1–13. doi: 10.1186/s13287-023-03491-5/tabeller/6.
