Eukaryot mRNA-analys (referensbaserade och de novo-alternativ tillgängliga)
Denna pipeline använder NGS RNA-Seq-data som indata och producerar resultat från flera nedströmsanalyser inklusive men inte begränsat till: kvalitetsbedömning av sekvenseringsdata,de novotranskriptionsplatsannotering, variabel splitsningsanalys, differentialexpressionsanalys, funktionsannotering och anrikningsanalys.
Lång icke-kodande RNA-analys
Långa icke-kodande RNA (lncRNA) är icke-kodande transkript med längder längre än 200 nt och kända för att spela roller i kromatinorganisation och -reglering. Teknik för sekvensering med hög genomströmning och bioinformatik har gett vår förståelse av lncRNA-sekvenser och positioneringsinformation för att identifiera lncRNA med avgörande regulatoriska funktioner. Denna pipeline tillhandahåller lncRNA-analys utöver analyser som nämns i pipeline för eukaryot mRNA-analys.
16S/18S/ITS amplikonsekvensering
Amplicon Sequencing pipeline för analys av mikrobiell mångfald utvecklades baserat på många års erfarenhet av analys av mikrobiell mångfaldsprojekt. Pipelinen innehåller standardiserad grundläggande analys, som täcker det vanliga analysinnehållet i aktuell mikrobiell forskning och personlig analys. Analysrapporten är rik och omfattande, med möjlighet att utföra olika personliga analyser. Dessutom kan prover och grupper modifieras i farten för ytterligare anpassning och kontroll.
Hagelgevär Metagenomics Analys
Shotgun Metagenomic Analysis pipeline använder NGS-data från blandade genomiska material som extraherats från miljöprover. Inkluderade analyser ger detaljerad information om arternas mångfald och förekomst, populationsstruktur, fylogenetisk relation, funktionella gener och korrelationsnätverk med miljöfaktorer.
NGS-WGS Variantanalys
NGS-WGS Variant Analysis är en integrerad variantdetektionspipeline som utför datakvalitetskontroll, sekvensjustering, annotering och genmutationsanalys. Pipelinen följer GATK bästa praxis för SNP- och InDel-detektion och använder Manta för strukturella variantanrop.
Genome Wide Association Study (GWAS)
GWAS pipeline är en nedströmsanalys som tar tidigare genererade VCF-filer och motsvarande fenotypdata för en kohort av individer som input. Med hjälp av specifika statistiska metoder syftar GWAS till att avslöja genomomfattande nukleotidvariationer korrelerade med fenotypiska skillnader. Det spelar en avgörande roll för att utforska funktionella gener associerade med komplexa mänskliga sjukdomar och intrikata egenskaper hos växter och djur.
Bulk Segregation Analysis (BSA)
BSA-analys involverar sammanslagning av individer med extrema fenotypiska egenskaper från en segregerande population. Genom att jämföra differentiella loci mellan de poolade proverna identifierar detta tillvägagångssätt snabbt nära kopplade molekylära markörer associerade med målgener. Den används i stor utsträckning vid genetisk kartläggning av växter och djur och är ett värdefullt verktyg för markörassisterad avel.
Evolutionär genetikanalys
Arbetsflödet för Evolutionary Genetics Analysis utnyttjar BMKGENEs omfattande erfarenhet av genetiska evolutionsprojekt och inkluderar fylogenetisk trädkonstruktion, länkojämviktsanalys, genetisk mångfaldsbedömning, selektiv svepidentifiering, släktskapsanalys, huvudkomponentanalys och populationsstrukturkarakterisering.
