Evolutionär genetik
Servicefördelar
Takagi et al.,Anläggningsjournalen, 2013
●Omfattande bioinformatisk analys:vilket möjliggör uppskattning av genetisk mångfald, som återspeglar den evolutionära potentialen hos arter och avslöjar tillförlitlig fylogenetisk relation mellan arter med minimerad påverkan av konvergent evolution och parallell utveckling
●Valfri anpassad analys: såsom uppskattningen av divergenstid och hastighet baserad på variationer på nukleotid- och aminosyror.
●Omfattande expertis och publiceringsposter: Bmkgene har samlat massiv erfarenhet av befolknings- och evolutionära genetikprojekt i över 15 år, som täcker tusentals arter etc. och bidragit till över 1000 projekt på hög nivå publicerad i Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etc.
● Högt skickligt bioinformatikteam och kort analyscykel: Med stor erfarenhet av avancerad genomikanalys levererar BMKGenes team omfattande analyser med en snabb vändningstid.
● Stöd efter försäljning:Vårt åtagande sträcker sig utöver projektets slutförande med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningsassistans och Q & A-sessioner för att hantera eventuella frågor relaterade till resultaten.
Servicespecifikationer och krav
| Typ av sekvensering | Rekommenderad befolkningsskala | Sekvenseringsstrategi | Nukleotidkrav |
| Hela genomsekvensering | ≥ 30 individer, med ≥ 10 individer från varje undergrupp
| 10x | Koncentration: ≥ 1 ng/ ul Totalt belopp ≥ 30ng Begränsad eller ingen nedbrytning eller förorening |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Taggdjup: 10x Antal taggar: <400 MB: WGS rekommenderas <1 GB: 100k taggar 1 GB > 2 GB: 300k taggar Max 500k taggar | Koncentration ≥ 5 ng/| il Totalt belopp ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5 Agarosgel: ingen eller begränsad nedbrytning eller förorening
|
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
Bibliotekskonstruktion
Sekvensering
Dataanalys
Efterförsäljningstjänster
Tjänsten inkluderar analys av befolkningsstrukturen (fylogenetiskt träd, PCA, befolkningsstratifieringsdiagram), befolkningsdiversitet och val av befolkning (kopplingsjämvikt, selektivt sopval av fördelaktiga platser). Tjänsten kan också inkludera anpassad analys (t.ex. divergenstid, genflöde).
*Demoresultat som visas här är alla från genom som publiceras med Bmkgene
1. Utvecklingsanalys innehåller konstruktion av fylogenetiskt träd, befolkningsstruktur och PCA baserat på genetiska variationer.
Filogenetiskt träd representerar taxonomiska och evolutionära förhållanden mellan arter med gemensam förfader.
PCA syftar till att visualisera närhet mellan underpopulationer.
Befolkningsstrukturen visar närvaron av genetiskt distinkt underpopulation i termer av allelfrekvenser.
Chen, et. al.,PNA, 2020
2.selektivt svep
Selektivt svep hänvisar till en process genom vilken en fördelaktig plats väljs och frekvenser för länkade neutrala platser ökas och de för olänkade platser minskas, vilket resulterar i minskning av regional.
Genomfattande detektion på selektiva svepregioner bearbetas genom att beräkna populationens genetiska index （π ， FST, Tajimas D) av alla SNP inom ett glidfönster (100 kb) vid ett visst steg (10 kb).
Nukleotiddiversitet (π）
Tajimas D
Fixeringsindex (FST)
Wu, et. al.,Molekylväxt, 2018
3. Genflöde
Wu, et. al.,Molekylväxt, 2018
4.Demografisk historia
Zhang, et. al.,Nature Ecology & Evolution, 2021
5.Divergensid
Zhang, et. al.,Nature Ecology & Evolution, 2021
Utforska framstegen som underlättas av BMKGenes evolutionära genetikstjänster genom en kuraterad samling publikationer:
Hassanyar, Ak et al. (2023) 'Upptäckt av SNP-molekylära markörer och kandidatgener associerade med sacbroodvirusresistens i apis cerana cerana-larver av helgenome resequencencing',International Journal of Molecular Sciences, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) "Upptäckt av en vild, genetiskt ren kinesisk jätte Salamander skapar nya bevarandemöjligheter",Zoologisk forskning, 2022, vol. 43, nummer 3, sidor: 469-480, 43 (3), s. 469–480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Fylogeografiskt mönster och befolkningsutveckling Historia av inhemsk Elymus Sibiricus L. på Qinghai-Tibetan Plateau',Gränser inom växtvetenskap, 13, s. 882601. DOI: 10.3389/fpls.2022.882601/bibtex.
Wang, J. et al. (2022) 'Genomiska insikter i Longan-utvecklingen från en genomnivå för kromosomnivå och befolkningsgenomik av Longan-anslutningar',Trädgårdsforskning, 9. doi: 10.1093/h/UHAC021.
