Eukaryot mRNA-sekvensering-NGS
Drag
● Infångning av poly-mRNA före biblioteksberedning
● Valfri riktningsberedning av mRNA-bibliotek för att möjliggöra erhållande av strängspecifika sekvenseringsdata
● Bioinformatisk analys av genuttryck och transkriptionsstruktur
Fördelar
●Omfattande expertis: Vårt team har bearbetat över 600 000 prover på BMKgene, som spänner över olika provtyper som cellkulturer, vävnader och kroppsvätskor. Vi tillför en mängd erfarenhet till varje projekt och har framgångsrikt genomfört över 100 000 mRNA-Seq-projekt inom olika forskningsdomäner.
●Rigorös kvalitetskontroll: Vi implementerar centrala kontrollpunkter över alla stadier, från prov- och biblioteksberedning till sekvensering och bioinformatik. Denna noggranna övervakning säkerställer leverans av konsekvent högkvalitativa resultat, vilket försäkrar dig om att ditt projekt är i pålitliga händer.
●Omfattande anteckning: Vi använder flera databaser för att funktionellt kommentera de differentiellt uttryckta generna (DEG) och utföra motsvarande anrikningsanalyser. Detta omfattande tillvägagångssätt ger insikter i de cellulära och molekylära processerna som ligger bakom transkriptomsvaret, vilket säkerställer att du är fullt informerad om ditt projekts resultat.
●Support efter försäljning: Vårt engagemang sträcker sig längre än att slutföra projekt med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att ta itu med eventuella frågor relaterade till resultaten.
Exempel på krav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data rekommenderas | Kvalitetskontroll |
| Poly A berikad | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85 % |
Exempelkrav:
Nukleotider:
| Konc.(ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet | |
| Standardbibliotek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontamination visas på gelen. | För växter: RIN≥4,0; För djur: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjning |
| Riktningsbibliotek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontamination visas på gelen. | För växter: RIN≥4,0; För djur: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjning |
● Växter:
Rot, stjälk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frö: 300 mg
Frukt: 1,2 g
●Djur:
Hjärta eller tarm: 300 mg
Inälvor eller hjärna: 240 mg
Muskel: 450 mg
Ben, hår eller hud: 1g
● Leddjur:
Insekter: 6g
Kräftdjur: 300 mg
● Helblod: 1 rör
● Celler: 106 celler
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (tunnfolie rekommenderas inte)
Provmärkning: Grupp+replikat t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Transport:
1. Torris: Proverna måste packas i påsar och grävas ner i torris.
2. RNA-bordsrör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och skickas i rumstemperatur.
Service Arbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
Bioinformatik
Eukaryot Arbetsflöde för mRNA-sekvensanalys
Bioinformatik
ØKvalitetskontroll av rådata
ØReferensgenomanpassning
ØTranskriptionsstrukturanalys
ØKvantifiering av uttryck
ØDifferentiell uttrycksanalys
ØFunktionsanteckning och berikning
Referens Genome Alignment
Datamättnad
Provkorrelation och bedömning av biologiska replikat
Differentiellt uttryckta gener (DEG)
Funktionell anteckning av DEG
Funktionell berikning av DEG
Utforska framstegen som underlättas av BMKGenes eukaryota NGS mRNA-sekvenseringstjänster genom en utvald samling publikationer.
Huang, L. et al. (2023) "Triclosan och triklokarban försvagar guldfiskarnas luktförmåga genom att begränsa igenkänning av luktämnen, störa luktsignaltransduktion och störa luktinformationsbehandling", Water Research, 233, sid. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) "Aspergillus fumigatus kapar mänsklig p11 för att omdirigera svamphaltiga fagosomer till icke-nedbrytande väg", Cell Host & Microbe, 31(3), s. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'TCP Transcription Factors Involved in Shoot Development of Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)', Frontiers in Plant Science, 13, sid. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) "Chrysanthemum lavandulifolium-genomet och den molekylära mekanismen bakom olika typer av capitulum", Horticulture Research, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) "En kaskad nanoreaktor för att förbättra sonodynamisk terapi på kolorektal cancer via synergistisk ROS-förstärkning och autofagiblockering", Nano Today, 49, sid. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
