Plattform | Biblioteksstorlek | Teoretiskt datautbyte (per cell) | Enkelbasnoggrannhet | Ansökningar |
Nanopore | 8KB, 10KB, 20KB, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90 GB/cell | 85-92% | SV-samtal, de novo, fullängdsekvensering, Iso-seq, genanteckning, detektion av DNA-metylering |
● Över 5 års erfarenhet på PacBio sekvenseringsplattform med tusentals stängda projekt med olika arter.
● Bmkgene är en officiell partner för Oxford Nanopore, med dubbel plattform RNA/DNA -certifiering.
● Det finns mainstream -modeller av sequencers med fullständig utrustning och tillräcklig sekvenseringsgenomströmning.
● Baserat på Nanopore -plattformen har mer än 10 djur- och växtdevo -undersökningar publicerats i internationellt kända tidskrifter.
Provtyp | Belopp | Koncentration (Qubit ®) | Volym | Renhet | Andra |
Genomisk DNA | Beror på datakrav | ≥20ng/μl | ≥15 ul | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230≥1,5 ; Clear Peak vid 260 nm , inga föroreningar | Koncentration måste mätas med qubit och qubit/nanopore ≤ 2 |
Total RNA | ≥1,2 ug | ≥100 μg/μl | ≥15 ul | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5 ; Inga föroreningar | RIN -värde ≥7,5 |
Datakvalitetsbedömning av DNA -prov
Tabell 1. Statistik om ren data.
Bmkid | rawsqnum | rå | rentseqnum | städning | rensning | rensning | rengöring | rentmaxel | rentmeanqual |
DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25,90 | 28,014 | 15 764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
Datakvalitetsbedömning av RNA -prov
Tabell 1. Statistik om ren data.
Filnamn | Klientid | Readnum | Basenum | N50 | Efterlevnad | Maxlängd | Momentqscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8 947 708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129 227 | Q12 |
Bild 1. Läs längdfördelningen
Bild 2. Kvalitetsscore -fördelning av rena data
Bild 3. Längd och kvalitetsscore -fördelning av rena data