MRNA -sekvensering i full längd -pacbio
Drag
● cDNA-syntes från poly-A mRNA följt av biblioteksförberedelser
● Sekvensering i CCS -läge, genererar HIFI -läsningar
● Sekvensering av transkript i full längd
● Analysen kräver inte ett referensgenom; Det kan dock användas
● Bioinformatisk analys möjliggör analys av transkript isoform lncRNA, genfusioner, poly-adenylering och genstruktur
Servicefördelar
●Hög noggrannhet: HiFi läser med noggrannhet> 99,9% (Q30), jämförbar med NGS
● Alternativ skarvningsanalys: sekvensering av hela transkripten möjliggör identifiering och karakterisering av isoform
●Omfattande expertis: Med en meritlista av att genomföra över 1100 PacBio fullängd transkriptomprojekt och bearbeta över 2300 prover ger vårt team en mängd erfarenhet till varje projekt.
●Stöd efter försäljning: Vårt åtagande sträcker sig utöver projektets slutförande med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningsassistans och Q & A-sessioner för att hantera eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data rekommenderas | Kvalitetskontroll |
| Polya berikat mRNA CCS -bibliotek | Pacbio -uppföljare ii Pacbio revio | 20/40 GB 5/10 m CCS | Q30≥85% |
Exempelkrav:
Nukleotider:
● Växter:
Rot, stam eller kronblad: 450 mg
Blad eller frö: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Djur:
Hjärta eller tarmen: 300 mg
Viscera eller hjärna: 240 mg
Muskel: 450 mg
Ben, hår eller hud: 1g
● Arthropods:
Insekter: 6G
Kräftdjur: 300 mg
● Helblod: 1 rör
● Celler: 106 celler
| Conc. (Ng/μl) | Belopp (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Begränsat eller inget protein- eller DNA -förorening visas på gel. | För växter: rin≥7,5; För djur: rin≥8,0; 5,0 ≥ 28S/18S≥1,0; Begränsad eller ingen baslinjehöjning |
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (tennfolie rekommenderas inte)
Provmärkning: grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Dry-Ice: Prover måste packas i påsar och begravas i torr-is.
2. RNAStable -rör: RNA -prover kan torkas i RNA -stabiliseringsrör (t.ex. RNASTABLE®) och levereras i rumstemperatur.
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA -extraktion
Bibliotekskonstruktion
Sekvensering
Dataanalys
Efterförsäljningstjänster
Inkluderar följande analys:
● Rå datakvalitetskontroll
● Alternativ polyadenyleringsanalys (APA)
● Fusionstranskriptanalys
● Alternativ skarvningsanalys
● Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) Analys
● Nyhetstranskriptionsanalys: Förutsägelse av kodningssekvenser (CDS) och funktionell kommentar
● LncRNA -analys: Förutsägelse av lncRNA och mål
● Microsatelite Identification (SSR)
Busco -analys
Alternativ skarvningsanalys
Alternativ polyadenyleringsanalys (APA)
Funktionell kommentar av nya transkript
Utforska de framsteg som underlättas av BMKGenes nanopore mRNA-sekvenseringstjänster i full längd i denna presenterade publikation.
Ma, Y. et al. (2023) 'Jämförande analys av PacBio och Ont RNA -sekvenseringsmetoder för Nemopilema nomurai Venom Identification', Genomics, 115 (6), s. 110709. DOI: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'The Developmental Dynamics of the Populus STEM Transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17 (1), s. 206–219. doi: 10.1111/pbi.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamiska förändringar i askorbinsyrainnehåll under fruktutveckling och mognad av aktinidia latifolia (en askorbatrik fruktgröda) och de tillhörande molekylmekanismerna', International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), s. 5808. DOI: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Effektiv förutsägelse av biosyntetiska väggener involverade i bioaktiva polyfylliner i Paris Polyphylla', Communications Biology 2022 5: 1, 5 (1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Kombinerade PacBio Iso-seq och Illumina RNA-seq-analys av Tuta Absolutu (Meyrick) transkriptom och cytokrom P450-gener', Insekter, 14 (4), s. 363. DOI: 10.3390/insekter14040363/s1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'En undersökning av transkriptomkomplexitet med användning av PacBio enkelmolekyle realtidsanalys i kombination med Illumina RNA-sekvensering för en bättre förståelse av ricinolic acidbiosyntes i Ricinus Communis', BMC Genomics, 20 (1), s. 1–17. doi: 10.1186/s12864-019-5832-9.
