CircrNA-sekvensering
Drag
● RRNA-utarmning följt av riktningsbibliotekets förberedelse, vilket möjliggör strängspecifika sekvenseringsdata.
● Bioinformatiskt arbetsflöde möjliggör circRNA -förutsägelse och expressionskvantifiering
Servicefördelar
●Mer omfattande RNA -bibliotek:Vi använder rRNA-utarmning istället för linjär RNA-utarmning i vår pre-biblioteksberedning, vilket säkerställer att sekvenseringsdata inte bara innehåller circrNA utan också mRNA och lncRNA, vilket möjliggör gemensam analys av dessa datasätt
●Valfri analys av konkurrenskraftiga endogena RNA (CERNA) nätverk: Tillhandahålla djupare insikter i cellulära regleringsmekanismer
●Omfattande expertis: Med en meritlista över att bearbeta över 20 000 prover på BMKGene, som sträcker sig över olika provtyper och LNCRNA -projekt, ger vårt team en mängd erfarenheter till varje projekt.
●Rigorös kvalitetskontroll: Vi implementerar kärnkontrollpunkter över alla steg, från prov- och biblioteksförberedelser till sekvensering och bioinformatik. Denna noggranna övervakning säkerställer leverans av resultat av hög kvalitet.
● Stöd efter försäljning: Vårt åtagande sträcker sig utöver projektets slutförande med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningsassistans och Q & A-sessioner för att hantera eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Plattform | Rekommenderad data | Data QC |
| rRNA uttömt riktningsbibliotek | Illumina PE150 | 16-20 GB | Q30≥85% |
Exempelkrav:
Nukleotider:
| Conc. (Ng/μl) | Belopp (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Begränsat eller inget protein- eller DNA -förorening visas på gel. | Rin≥6,0; 5.0≥28S/18S≥1.0; Begränsad eller ingen baslinjehöjning |
● Växter:
Rot, stam eller kronblad: 450 mg
Blad eller frö: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Djur:
Hjärta eller tarmen: 450 mg
Viscera eller hjärna: 240 mg
Muskel: 600 mg
Ben, hår eller hud: 1,5 g
● Arthropods:
Insekter: 9G
Kräftdjur: 450 mg
● Helblod:2 rör
● Celler: 106 celler
● Serum och plasma: 6 ml
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (tennfolie rekommenderas inte)
Provmärkning: grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Dry-Ice: Prover måste packas i påsar och begravas i torr-is.
2. RNAStable -rör: RNA -prover kan torkas i RNA -stabiliseringsrör (t.ex. RNASTABLE®) och levereras vid rumstemperatur.
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA -extraktion
Bibliotekskonstruktion
Sekvensering
Dataanalys
Efterförsäljningstjänster
Bioinformatik
Circrna -förutsägelse: kromosomal distribution
Differentiellt uttryckta circRNA - vulkanplott
Differentiellt uttryckta circRNA - hierarkisk kluster
Funktionell anrikning av Circrnas värdgener
Utforska forskningsframstegen som underlättas av Bmkgene 'CircRNA -sekvenseringstjänster genom en kuraterad samling publikationer.
Wang, X. et al. (2021) 'CPSF4 reglerar circRNA -bildning och mikroRNA -medierad gendämpning i hepatocellulärt karcinom', Oncogen 2021 40:25, 40 (25), s. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) 'x oo-responsiv transkriptom avslöjar rollen för den cirkulära RNA133 i sjukdomsresistens genom att reglera uttryck av Osarab i ris', fytopatologiforskning, 5 (1), s. 1–14. doi: 10.1186/s42483-023-00188-8/siffror/6.
Y, H. et al. (2023) 'CPSF3 modulerar balansen mellan cirkulära och linjära transkript i hepatocellulärt karcinom'. doi: 10.21203/Rs.3.RS-2418311/v1.
Zhang, Y. et al. (2023) 'Omfattande utvärdering av circRNA i cirrhotisk kardiomyopati före och efter levertransplantation', International Immunopharmacology, 114, p. 109495. DOI: 10.1016/j.intimp.2022.109495.
