CircRNA

Cirkulära RNA (circRNA) är icke-kodande RNA som bildar cirkulära strukturer och har flera reglerande roller, inklusive att konkurrera med miRNA om målgener och proteinbindning. BMKCloud circRNA-pipeline är designad för analys av rRNA-utarmade bibliotek med ett välkommenterat referensgenom av hög kvalitet. Analysen börjar med lästrimning och kvalitetskontroll, följt av läsning av anpassning till referensgenomet och förutsägelse av nya circRNAs, tillsammans med identifiering av kända circRNAs från databaser. Motsvarande miRNA-mål och cirRNA-värdar identifieras därefter. Differentiell expressionsanalys avslöjar differentiellt uttryckta circRNAs, och motsvarande värdar är funktionellt kommenterade för att extrahera berikade biologiska funktioner.