Bmkmanu S3000_Spatial Transcriptome
Bmkmanu S3000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Drag
- Upplösning: 3,5 um
- Spotdiameter: 2,5 um
- Antal platser: cirka 4 miljoner
- 3 Möjliga fångstområdesformat: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm eller 15 mm * 20 mm
- Varje streckkodad pärla är laddad med primrar bestående av 4 sektioner:
• Poly (DT) svans för mRNA -priming och cDNA -syntes,
• Unik Molecular Identifier (UMI) för att korrigera förstärkningsförspänning
• Rumslig streckkod
• Bindande sekvens för partiell läsning 1 sekvenseringsprimer
- H&E och fluorescerande färgning av sektioner
- Möjlighet att använda cellsegmenteringsteknik: integration av H & E -färgning, fluorescerande färgning och RNA -sekvensering för att bestämma gränserna för varje cell och korrekt tilldela genuttryck till varje cell. Bearbetning nedströms rumslig profileringsanalys baserad på cellfack.
- Möjligt för att uppnå analys av flera nivåer: flexibel analys av flera nivåer som sträcker sig från 100um till 3,5 um för att lösa olika vävnadsfunktioner med optimal upplösning.
Fördelar med Bmkmanu S3000
-Fördubbling av fångstplatser till 4 miljoner: med en förbättrad upplösning på 3,5 um, vilket leder till i högre gen- och UMI -detektion per cell. Detta resulterar i förbättrad kluster av celler baserade på transkriptionella profiler, med finare detaljer som matchar vävnadsstrukturen.
- Undercellulär upplösning:Varje fångstområde innehöll> 2 miljoner rumsliga streckkodade fläckar med en diameter av 2,5 um och ett avstånd på 5 um mellan spotcentra, vilket möjliggör rumslig transkriptomanalys med undercellulär upplösning (5 um).
-Flernivåupplösningsanalys:Flexibel analys av flera nivåer som sträcker sig från 100 μm till 5 μm för att lösa olika vävnadsfunktioner vid optimal upplösning.
-Möjlighet att använda "tre i en bild" -cellsegmenteringsteknologi:Genom att kombinera fluorescensfärgning, H & E-färgning och RNA-sekvensering på en enda bild, ger vår "tre-i-ett" -analysalgoritm identifiering av cellgränser för efterföljande cellbaserad transkriptomik.
-Kompatibel med flera sekvenseringsplattformar: Både NGS och långlästa sekvensering finns.
-Flexibel design av 1-8 aktivt fångstområde: Storleken på fångstområdet är flexibel, vilket är möjligt att använda 3 format (6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm och 15 mm * 20 mm)
-Enstaka service: Integrerar all erfarenhet och färdighetsbaserade steg, inklusive kryoavsnitt, färgning, vävnadsoptimering, rumslig streckkodning, biblioteksförberedelser, sekvensering och bioinformatik.
-Omfattande bioinformatik och användarvänlig visualisering av resultat:Paketet inkluderar 29 analyser och 100+ högkvalitativa siffror, i kombination med användning av inhouse-utvecklad programvara för att visualisera och anpassa celldelning och spotkluster.
-Anpassad dataanalys och visualisering: Finns för olika forskningsförfrågningar
-Högt skickligt tekniskt team: med erfarenhet av över 250 vävnadstyper och 100+ arter inklusive mänskliga, mus, däggdjur, fisk och växter.
-Realtidsuppdateringar på hela projektet: med full kontroll över experimentella framsteg.
-Valfri gemensam analys med encells mRNA-sekvensering
Tjänstespecifikationer
| Provkrav | Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data rekommenderas | Kvalitetskontroll |
| Oct-Embedded Cryo-prover (Optimal diameter: Ca. 6 × 6 × 6 mm³) 2 block per prov 1 för experiment, 1 för säkerhetskopiering | S3000 cDNA -bibliotek | Illumina PE150 | 160K PE läser per 100M (250 GB) | Rin> 7 |
För mer information om exemplar för att förbereda vägledning och servicearbetsflöde, vänligen prata med enBmkgene expert
Servicearbetsflöde
I provberedningsfasen utförs en initial bulk-RNA-extraktionsstudie för att säkerställa att ett högkvalitativt RNA kan erhållas. I vävnadsoptimeringsstadiet är sektionerna färgade och visualiserade och permeabiliseringsförhållandena för mRNA -frisättning från vävnad optimeras. Det optimerade protokollet tillämpas sedan under bibliotekskonstruktion, följt av sekvensering och dataanalys.
Det kompletta arbetsflödet i service innebär realtidsuppdateringar och klientbekräftelser för att upprätthålla en lyhörd återkopplingsslinga, vilket säkerställer smidig projektutförande.
Uppgifterna som genererats av Bmkmanu S3000 analyseras med hjälp av programvaran "BstMatrix", som är oberoende designad av Bmkgene, vilket genererar en cellnivå och flernivåupplösningsgenuttrycksmatris. Därifrån genereras en standardrapport som inkluderar datakvalitetskontroll, analys av innerprov och analys av grupper.
- Datakvalitetskontroll:
- Dataproduktion och kvalitetsscore -distribution
- Gendetektering per plats
- vävnadstäckning
- Analys av innerprov:
- Generikhet
- Spot Clustering, inklusive reducerad dimensionsanalys
- Differentialuttrycksanalys mellan kluster: identifiering av markörgener
- Funktionell kommentar och anrikning av markörgener
- intergruppsanalys
-Omlagning av fläckar från båda proverna (t.ex. sjuka och kontroll) och omkluster
- Identifiering av markörgener för varje kluster
- Funktionell kommentar och anrikning av markörgener
- Differentialuttryck av samma kluster mellan grupper
Dessutom är Bmkgene-utvecklade "BSTViewer" ett användarvänligt verktyg som gör det möjligt för användaren att visualisera genuttrycket och spotkluster vid olika upplösningar.
BMKGene erbjuder rumsliga profileringstjänster med exakt encellsupplösning (baserat på cellfack eller multilevel fyrkantig bin från 100um till 3.5um).
Rumslig profileringsdata från vävnadssektioner på S3000 -gliden presterade bra och nedan.
Fallstudie 1: Mushjärna
Analys av en mushjärnsektion med S3000 resulterade i identifiering av ~ 94 000 celler, med en median sekvensering av ~ 2000 gener per cell. Den förbättrade upplösningen på 3,5 um resulterade i en mycket detaljerad kluster av cellerna baserade på transkriptionella mönster, med kluster av celler som efterliknar hjärndifferentierade strukturer. Detta observeras lätt genom att visualisera fördelningen av celler som är klusterade som oligodendrocyter och mikrogliaceller, som nästan uteslutande är belägna i grå respektive vitmaterial.
Fallstudie 2: Musembryo
Analys av en musembryo -sektion med S3000 resulterade i identifiering av ~ 2200 000 celler, med en median sekvensering av ~ 1600 gener per cell. Den förbättrade upplösningen på 3,5 um resulterade i en mycket detaljerad kluster av cellerna baserade på transkriptionella mönster, med 12 kluster i ögatområdet och 28 kluster i hjärnans område.
Inre provanalys Cellkluster:
Markörgener Identifiering och rumslig distribution:
-Högre undercellulär upplösning: Jämfört med S1000-bild, innehöll varje fångstområde på S3000> 4 miljoner rumsliga streckkodade fläckar med en diameter på 2,5 um och ett avstånd av 3,5 um mellan spotcentra, vilket möjliggör rumslig transkriptomanalys med högre subcellulär upplösning (fyrkantig fack: 3,5 um).
- Högre fångsteffektivitet: Jämfört med S1000 -bild, median_umi ökar från 30% till 70%, median_gene ökar från 30% till 60%
Schema för S1000 -chip:
Schema för S3000 -chip:
